Beranda>Terkait pemrograman>Kode sumber Delphi
Unduh

Penampil Struktur ICN3D

Galeri dengan contoh langsung, tutorial

Tentang ICN3D

"Saya melihat dalam 3D" (ICN3D) viewer struktur tidak hanya penampil 3D berbasis web, tetapi juga alat analisis struktur secara interaktif atau dalam mode batch menggunakan skrip nodejs berdasarkan paket NPM ICN3D. ICN3D menyinkronkan tampilan struktur 3D, interaksi 2D, dan urutan dan anotasi 1D. Tampilan khusus pengguna dapat disimpan dalam URL pendek atau gambar PNG. Paket lengkap ICN3D termasuk Three.js dan JQuery ada di direktori "Dist" setelah Anda mendapatkan kode sumber dengan tombol "kode". Anda dapat mengklik file "index.html" di direktori "Dist" untuk meluncurkan versi lokal ICN3D.

  • Lihat struktur 3D di ICN3D : Buka tautan https://www.ncbi.nlm.nih.gov/struktur/ICN3D, masukkan ID PDB, dan klik "LOAD". Anda juga dapat mengklik menu "File" ke "Buka File" atau masukkan ID lainnya.

    Seperti yang disebutkan dalam menu "Bantuan> Petunjuk Transformasi", Anda dapat menggunakan tombol mouse kiri untuk rotasi, roda mouse tengah untuk memperbesar, dan tombol mouse kanan untuk terjemahan.

    Poin terpenting tentang penggunaan ICN3D adalah pilihan saat ini. Operasi apa pun pada warna, gaya, dll. Sedang mengerjakan pilihan saat ini. Secara default, semua atom dipilih. Setelah Anda memilih subset apa pun, operasi Anda hanya akan berfungsi pada subset. Anda dapat mengganti pilihan menggunakan sakelar di sebelah menu bantuan.

  • Pandangan VR dan AR dalam ICN3D : Virtual Reality (VR) dan augmented reality (AR) pandangan ditampilkan dalam video ini.

    Anda dapat membuka bowser di headset Virtual Reality (VR) Anda dan melihat struktur 3D di ICN3D. Kemudian klik tombol "Masukkan VR" di tengah bawah browser Anda untuk memasuki tampilan VR. Anda dapat memilih residu dengan tombol pemicu, buka menu dengan tombol Squeeze dan klik menu dengan pemicu, navigasikan dengan jempol ditekan ke depan/ke belakang dan tekan pemicunya. Ada menu untuk pilihan, gaya, warna, dan analisis tertentu. Anda perlu membuat satu pilihan sebelum mengklik tombol interaksi dan membuat dua pilihan sebelum mengklik tombol Jarak.

    Tampilan augmented reality (AR) saat ini hanya tersedia untuk tampilan ICN3D di browser Chrome menggunakan ponsel Android. Anda dapat melihat struktur 3D di ICN3D dan klik tombol "Mulai AR" di pusat bawah untuk melihat struktur 3D di lingkungan Anda. Anda dapat mengetuk dua kali dengan cepat di layar untuk menemukan struktur 3D yang diminimalkan di lokasi yang disadap, dan jepit untuk skala struktur 3D.

  • Buat Tampilan 3D Kustom : Anda pertama -tama membuka menu "File", lalu pilih subset di menu "Pilih", lihat saja subset yang dipilih dengan mengklik "Lihat saja Pilihan" di menu tampilan, akhirnya ubah gaya atau warna dalam menu "gaya" dan "warna".

    Setiap operasi memiliki perintah yang sesuai sebagaimana tercantum di https://www.ncbi.nlm.nih.gov/struktur/icn3d/icn3d.html#commands. Perintah ini akan muncul di jendela perintah/log tepat di bawah layar 3D. Untuk melihat semua perintah sebelumnya, Anda dapat mengklik "Bagikan Tautan" di menu "File". URL asli dan URL pendek dapat digunakan untuk menampilkan tampilan khusus Anda.

  • Simpan Pekerjaan Anda : Anda dapat menyimpan "ICN3D PNG Image" di menu "File> Simpan File". File PNG dan file HTML disimpan. Klik file HTML untuk melihat gambar PNG, yang ditautkan ke tampilan khusus melalui URL Shorten. Gambar "ICN3D PNG" yang diunduh itu sendiri juga dapat digunakan sebagai input di menu "File> Open File" untuk mereproduksi tampilan khusus. Anda dapat menggabungkan file HTML ini untuk menghasilkan galeri Anda sendiri.

    "ICN3D PNG Image" juga dapat disimpan di server web (mis., Https://figshare.com, https://zenodo.org). The PNG image can then be loaded into iCn3D via the URL, eg, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/icn3d/?type=icn3dpng&url=https://api.figshare.com/v2/file/download/39125801, or https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?type=icn3dpng&url=https://zenodo .org/API/File/1A3325C8-0C84-4F1E-BE2C-C143B08C6563/3GVU-XCXR6FSTMXHXR3O1A.PNG, di mana URL gambar PNG diambil dari gumpalan JSON di https://zenodo.org/api/records/7599970.

    Anda juga dapat menyimpan "Bagikan Tautan" di menu "File" untuk dibagikan dengan kolega Anda. URL ini seumur hidup. Anda dapat mengklik "Replay Every Step> On" In "File" Menu untuk mempelajari bagaimana tampilan khusus dihasilkan.

    Semua URL "Bagikan Tautan" dapat menampilkan tampilan asli menggunakan versi ICN3D yang diarsipkan dengan mengklik "Buka File> Bagikan Tautan di Vered Ver." Dalam menu "File".

  • Skrip Python untuk Struktur Proses Batch : Skrip Python dapat digunakan untuk memproses struktur 3D (misalnya, ekspor struktur sekunder, gambar PNG, atau output analisis) dalam mode batch. Contoh skrip berada di ICN3DPython.

  • Node.js Script Menggunakan NPM "ICN3D" untuk Batch Proses Struktur : Anda dapat mengunduh paket NPM "ICN3D" untuk menulis skrip Node.js dengan memanggil fungsi ICN3D. Script ini dapat digunakan untuk memproses struktur 3D (misalnya, menghitung interaksi) dalam mode batch. Contoh skrip berada di ICN3DNode.

  • Anotasi untuk Struktur Alphafold : Untuk setiap struktur khusus seperti Struktur Alphafold, Anda dapat menunjukkan domain yang dilestarikan dan anotasi domain 3D. Untuk struktur Alphafold, Anda juga dapat menunjukkan anotasi SNP dan Clinvar.

  • Align Alphafold Struktur : Anda dapat menyelaraskan struktur Alphafold atau struktur PDB dengan menu "File> Align> Multiple Chains" atau "File> Align> Protein Complexes> Two AlphAfold Struktur". Anda juga dapat memuat struktur apa pun seperti biasa, lalu memuat file PDB khusus Anda dengan menu "File> Buka File> File PDB (ditambahkan)", lalu hubungkan struktur ini dengan menu "File> Pilihan Elign> dengan perataan struktur".

  • SNP alternatif dalam 3D : Anda dapat bergantian dalam tipe liar 3D dan mutan SNP dengan mengklik menu "Analisis> Sequences & Annotations", Tab "Detail", kotak centang "SNP", dan Mouseover pada SNP.

  • Delphi Electrostatic Potential : Anda dapat melihat potensi elektrostatik Delphi dalam menu "Analisis> Potensi Delphi".

  • Isoforms dan Exons : Anda dapat melihat isoform dan ekson dengan mengklik tombol "Tambah trek" di jendela "Sequences & Annotations" melalui menu "Analisis> Sequences & Annotations".

  • Simetri : Anda dapat menunjukkan simetri yang telah dialokasikan, atau menghitung simetri secara dinamis menggunakan symd.

  • Gunakan ICN3D di Jupyter Notebook : Anda dapat menggunakan ICN3D di Jupyter Notebook dengan widget "ICN3DPY". Instruksi ada di pypi.org/project/icn3dpy.

  • Kartun 2D dalam level rantai, domain, dan struktur sekunder : Anda dapat menggunakan klik "Analisis> Kartun 2D" untuk menunjukkan kartun 2D dalam level rantai, domain, dan struktur sekunder.

  • Peta kontak untuk residu yang dipilih : Anda dapat mengklik menu "Analisis> Peta Kontak" untuk menampilkan peta kontak interaktif untuk residu yang dipilih. Anda dapat mengekspor peta di PNG atau SVG.

  • Lebih banyak fitur tercantum di www.ncbi.nlm.nih.gov/struktur/icn3d/icn3d.html: situs pengikatan, antarmuka interaksi, pencetakan 3D, protein transmembran, peta allign, allign, peta allign, allign, allign, allign, allign, allign, allign, allign, allign, allign, atau DSN6, atau DSN6, atau DSN6, DSN6, DSN6, DSN6, DSN6, DSN6, DSN6, DSN6, DSN6, DSN6, DSN6, DSN6, DSN6, DSN6, DSN6, DSN6, DSN6, DSN6, DSN6, DSN6, DSN6, DSN6, DSN6, DSN6, DSN6, DSN6, DSN6, DSN6, DSN6, DSN6, DSN6, Urutan protein ke struktur, penyelarasan kembali, trek khusus, grafik yang diarahkan pada interaksi, area permukaan yang dapat diakses pelarut, dll.

Embed ICN3D dengan perpustakaan IFRAME atau JAVASCRIPT

ICN3D dapat disematkan di halaman web dengan memasukkan URL di html iframe, misalnya <iframe src = "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?mmdbid=1tup&width=300&height=300&showCommand=0&mobilemenu=1&showtitle=0" ligh = "320". " Metode ini selalu menunjukkan versi ICN3D terbaru.

Untuk menyematkan ICN3D dengan pustaka JavaScript, perpustakaan berikut perlu disertakan: jQuery, jQuery UI, Three.js, dan ICN3D Library. Tag div HTML untuk menahan penampil 3D ditambahkan. Widget ICN3D diinisialisasi dengan parameter yang ditentukan khusus "CFG": "Biarkan icn3dui = icn3d.icn3dui (CFG) baru; menunggu icn3dui.show3dstruktur ();". Beberapa widget ICN3D dapat disematkan dalam satu halaman. Silakan lihat kode sumber halaman contoh untuk referensi.

Pengguna dapat memilih untuk menampilkan versi ICN3D terbaru, atau versi ICN3D yang terkunci. Untuk menampilkan versi terbaru, gunakan file perpustakaan tanpa versi postfix seperti yang ditunjukkan pada halaman DOC ICN3D. Untuk menampilkan versi yang terkunci, gunakan file pustaka dengan versi postfix seperti yang ditunjukkan pada kode sumber halaman ICN3D. Jika input disediakan sebagai ID MMDB, kedua file perpustakaan dan cGI backend diversi sehingga layar 3D akan stabil.

Sumber Data

ICN3D menerima ID berikut:

  • MMDBAFID : Daftar PDB atau Alphafold Uniprot ID untuk penataan kembali, misalnya, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/struktur/icn3d/?mmdbafid=1hho,4n7n,p69905,p01942. Anda kemudian dapat memasukkan beberapa file PDB dengan menu "File> Buka File> File PDB (dapat ditambahkan)". Selanjutnya Anda dapat mengklik menu "File> Pilihan Elign> dengan perataan struktur" untuk meluruskan kembali semua struktur yang dimuat.
  • Protein : Nama Protein/Gen untuk Mencari Struktur Alphafold, misalnya, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/struktur/icn3d/?protein=tp53&showanno=1&showsets=1
  • MMDBID : NCBI MMDB ID, misalnya, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?mmdbid=1tup&showanno=1&show2d=1&showsets=1
  • bcifid atau mmtfid : biner cif id atau mmtf id, misalnya, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/struktur/icn3d/?bcifid=1tup&show2d=1&showsets=1
  • PDBID : PDB ID, misalnya, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?pdbid=1tup&showanno=1&showsets=1
  • AFID : Struktur Alphafold dengan ID Uniprot, mis.,
  • Refseqid : Struktur Alphafold dengan Aksesi Protein NCBI, misalnya, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/struktur/icn3d/?refseqid=np_001743.1&show2d=1&showsets=1
  • OPMID : Orientasi protein dalam membran (OPM) PDB ID, misalnya, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/struktur/icn3d/?opmid=6jxr&show2d=1&showsets=1
  • MMCIFID : ID MMCIF, mis.,
  • CID : ID senyawa pubchem, misalnya, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/struktur/icn3d/?cid=2244
  • Sejajarkan dua struktur : Dua ID PDB atau ID MMDB untuk penyelarasan struktur, misalnya, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/struktur/icn3d/?align=1hho,4n7n&showalignseq=1&show2d=1hho,4n7n&showalignseq=1&sshow2d=1H1HO,4N7N&showalignseq=1&sshow2d=1H1Ho,4nn7n&showalignseq=1&sshow2d=1H1Ho,4nn7n&showalignseq=1&sshow2d=1 &
  • Sejajarkan beberapa rantai : Setiap rantai ganda untuk penyelarasan struktur, misalnya, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?chainalign=1hho_a,4n7n_a&showalignseq=1&show2d=1&showets.
  • blast_rep_id dan query_id : aksesi protein ncbi dari urutan protein dan rantai struktur 3D untuk penyelarasan struktur-struktur, misalnya, ) Atur anotasi CDD; Setel situs anotasi; Atur Tampilan Tampilan Detail; Pilih Rantai 1TSR_A; Tampilkan seleksi] (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/struktur/icn3d/?from=icn3d&blast_rep_id=1tsr_a&query_id=np_001108451.1&Command=view Annotations; Setel nnotation; set detail; annotation; seleksi)

ICN3D juga menerima jenis file berikut: PDB, MMCIF, MOL2, SDF, XYZ, dan ICN3D PNG. File dapat dilewati melalui URL, misalnya, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/struktur/icn3d/?type=pdb&url=https://storage.googleapis.com/membranome-assets/pdb_files/proteins.com https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?type=mmcif&1gpk.cif, atau https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?type=icn3dpng&down=https://api.figshare.com/v2/file/download/39125801. Lihat halaman Bantuan atau halaman DOC untuk lebih jelasnya.

Perpustakaan pihak ketiga yang digunakan di Frontend

  • JQuery dan JQuery UI : Digunakan sebagai alat umum untuk menulis kode JavaScript. Beberapa fitur JQuery UI digunakan.
  • Three.js : Digunakan untuk mengatur tampilan 3D.
  • Grafik yang diarahkan oleh Force : "Grafik 2D (Force-Directed)" dalam menu "Analisis> Interaksi" didasarkan pada grafik yang diarahkan oleh Force.

Perpustakaan pihak ketiga yang digunakan di backend

  • Delphi : Digunakan untuk menghitung potensial elektrostatik secara dinamis dan dilisensikan dari Universitas Columbia.
  • Delphipka : Digunakan untuk menambahkan hidrogen dan muatan parsial ke protein dan nukleotida.
  • Open Babel : Digunakan untuk menambahkan hidrogen ke ligan, mengonversi PDB ke SVG, dan mengubah senyum ke PDB.
  • Antechamber : Digunakan untuk menambahkan muatan parsial ke ligan.
  • SYMD : Digunakan untuk menghitung simetri secara dinamis.
  • Scap/Jackal : Digunakan untuk memprediksi konformasi rantai samping secara dinamis.
  • TM-Align : Digunakan untuk menyelaraskan dua rantai struktur 3D.

Alat berdasarkan

  • IVIEW : Gambar objek 3D didasarkan pada IVIEW.
  • Glmol : Gambar kartun nukleotida didasarkan pada Glmol.
  • 3DMOL : Generasi permukaan dan pelabelan didasarkan pada 3DMOL.
  • Penampil NGL : Shader penipu didasarkan pada penampil NGL.
  • Litemol : Parser data kepadatan EM dari PDBE didasarkan pada litemol.
  • PY3DMOL : The Jupyter Notebook Widget "ICN3DPY" didasarkan pada py3dmol.
  • Orientasi protein dalam membran (OPM) : Data membran protein transmembran berasal dari OPM.
  • Membranome : Untuk struktur Alphafold, data membran protein transmembran spanning tunggal berasal dari membranome.
  • Modifikasi pasca-translasi (PTM) : Data PTM berasal dari Uniprot.
  • Uglymol : Peta kerapatan elektron dari peta CCP4 atau format MTZ didasarkan pada uglymol.

Bangunan

Jika Anda ingin membangun kode dengan mudah, Anda harus menginstal NodeJs dan NPM.

Selanjutnya, klon repositori ini, dan kemudian lakukan langkah -langkah pengaturan berikut dalam salinan ICN3D Anda yang berfungsi. 

 npm config set -g production false
npm install -g gulp
npm install
npm install [email protected]

delete package-lock.json

Baris pertama menetapkan default NPM sebagai dev sehingga semua modul akan diinstal. Baris kedua menginstal alat Gulp Build secara global, membuat perintah gulp tersedia pada baris perintah. Baris ketiga menginstal semua modul. Baris keempat mengubah versi Uglify-Js menjadi versi lama, yang tidak memampatkan nama kelas. Baris terakhir mungkin diperlukan untuk bangunan segar untuk menghapus paket lama-lock.json.

Anda hanya perlu melakukan langkah -langkah di atas sekali, untuk mengatur direktori kerja Anda. Sejak saat itu, untuk membangun, cukup masukkan: 

 gulp

Kontak

Silakan kirim semua komentar ke [email protected].

Mengutip

Bioinformatika. 2020 Jan 1; 36 (1): 131-135. doi: 10.1093/bioinformatika/btz502.

Untuk mengutip ICN3D, silakan referensi:

Wang J, Youkharibache P, Zhang D, Lanczycki CJ, Geer RC, MakeJ T, Phan L, Ward M, Lu S, Marchler GH, Wang Y, Bryant SH, Geer LY, Marchler-Bauer A. ICN3D, pemirsa 3D berbasis web untuk berbagi 1D/2D/3D 3D dari representasi bicure dari biang 1D/3D/3D. Bioinformatika . 2020 Jan 1; 36 (1): 131-135. (EPUB 2019 20 Juni.) DOI: 10.1093/Bioinformatika/BTZ502. PubMed PMID: 31218344, Teks Lengkap di Oxford Academic

Wang J, Youkharibache P, Marchler-Bauer A, Lanczycki C, Zhang D, Lu S, MakeJ T, Marchler GH, Cheng T, Chong LC, Zhao S, Yang K, Lin J, Cheng Z, Dunn R, Malkaram Sa, Tai CH, Enoma D, Busby B, Johnson, Dunn R, Malkaram Sa, Tai CH, Enoma D, Busby B, Johnson, Dunn R, Malkaram Sa , Tai CH, Enoma D, Busby B, Johnson Penampil ke alat analisis struktural dalam mode batch. Depan. Mol. Biosci. 2022 9: 831740. (Epub 2022 17 Feb.) doi: 10.3389/fmolb.2022.831740. PubMed PMID: 35252351, Teks Lengkap di Perbatasan

Memperluas
Informasi Tambahan
Aplikasi Terkait
Direkomendasikan untuk Anda
Informasi Terkait Semua