radian

弧度

r na l a nguage informe d Decod i ng n a n a nopore sig n als

概述

使用mRNA语言模型的纳米孔直接RNA BaseCaller。

由于RNA始终从3'至5'方向进行测序，因此纳米孔信号隐式编码mRNA中的核苷酸偏置。当信号预测模棱两可时，该基本符号使用人类mRNA语言的概率模型来指导基本。 mRNA模型纳入了修改的CTC梁搜索解码算法中。

预印本：https：//www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.10.19.512968V1

安装

 cd <path/to/radian>
pip install --upgrade pip
pip install -r requirements.txt
tar -xvzf radian/models/rnamodel_12mer_pc.tar.gz

命令结构

 usage: basecall.py [-h] fast5_dir fasta_dir [--local] [--chunk-len] [--step-size]
                   [--batch-size] [--outlier-clip] [--rna-model]
                   [--sig-model] [--sig-config] [--beam-width]
                   [--decode-type] [--sig-threshold]
                   [--rna-threshold] [--context-len]

positional arguments:
  fast5_dir             Directory of single/multi fast5 files.
  fasta_dir             Directory to output fasta files.

optional arguments:
  -h, --help
  --local
  --chunk-len
  --step-size
  --batch-size
  --outlier-clip
  --rna-model
  --sig-model
  --sig-config
  --beam-width
  --decode-type {global,chunk}
  --sig-threshold
  --rna-threshold
  --context-len

示例用法

我们提供一个Fast5文件，其中包含5个读取数据/reads.fast5中的读取。

basecall in in <out_dir>中的单个或多-Fast5文件：

 cd radian
mkdir out_dir
python3 basecall.py data out_dir