radian

เรเดียน

r na l a nguage informe d decod i ng ของ n a nopore sig n als

ภาพรวม

Nanopore Direct RNA basecaller ที่ใช้แบบจำลองของภาษา mRNA

เนื่องจาก RNA นั้นถูกจัดลำดับจากทิศทาง 3 'ถึง 5' เสมอสัญญาณนาโนโพรงจะเข้ารหัสอคตินิวคลีโอไทด์โดยปริยายใน mRNA basecaller นี้ใช้แบบจำลองความน่าจะเป็นของภาษา mRNA ของมนุษย์เพื่อเป็นแนวทางในการเรียกเก็บเงินเมื่อการทำนายสัญญาณไม่ชัดเจน โมเดล mRNA นั้นรวมอยู่ในอัลกอริทึมการถอดรหัสลำแสง CTC ที่แก้ไขแล้ว

preprint : https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.10.19.512968V1

การติดตั้ง

 cd <path/to/radian>
pip install --upgrade pip
pip install -r requirements.txt
tar -xvzf radian/models/rnamodel_12mer_pc.tar.gz

โครงสร้างคำสั่ง

 usage: basecall.py [-h] fast5_dir fasta_dir [--local] [--chunk-len] [--step-size]
                   [--batch-size] [--outlier-clip] [--rna-model]
                   [--sig-model] [--sig-config] [--beam-width]
                   [--decode-type] [--sig-threshold]
                   [--rna-threshold] [--context-len]

positional arguments:
  fast5_dir             Directory of single/multi fast5 files.
  fasta_dir             Directory to output fasta files.

optional arguments:
  -h, --help
  --local
  --chunk-len
  --step-size
  --batch-size
  --outlier-clip
  --rna-model
  --sig-model
  --sig-config
  --beam-width
  --decode-type {global,chunk}
  --sig-threshold
  --rna-threshold
  --context-len

ตัวอย่างการใช้งาน

เราจัดเตรียมไฟล์ Fast5 ที่มีการอ่าน 5 ครั้งสำหรับการทดสอบใน data/reads.fast5

หากต้องการ basecall ไฟล์เดียวหรือ multi-fast5 ในและส่งออก fasta เป็น <out_dir>::

 cd radian
mkdir out_dir
python3 basecall.py data out_dir