radian

Радиан

R na l nguage informe d decod ng n a nopore sig n als

Обзор

Nanopore Direct RNA BaseCaller, который использует модель языка мРНК.

Поскольку РНК всегда секвенирована от 3 'до 5 -дюймового направления, сигналы нанопор неявно кодируют смещения нуклеотидов в мРНК. Этот базовый ролик использует вероятностную модель языка мРНК человека, чтобы направлять базовый счет, когда прогнозирование сигнала является неоднозначным. Модель мРНК включена в модифицированный алгоритм декодирования поиска луча CTC.

Прекрата : https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.10.19.512968v1

Установка

 cd <path/to/radian>
pip install --upgrade pip
pip install -r requirements.txt
tar -xvzf radian/models/rnamodel_12mer_pc.tar.gz

Структура команды

 usage: basecall.py [-h] fast5_dir fasta_dir [--local] [--chunk-len] [--step-size]
                   [--batch-size] [--outlier-clip] [--rna-model]
                   [--sig-model] [--sig-config] [--beam-width]
                   [--decode-type] [--sig-threshold]
                   [--rna-threshold] [--context-len]

positional arguments:
  fast5_dir             Directory of single/multi fast5 files.
  fasta_dir             Directory to output fasta files.

optional arguments:
  -h, --help
  --local
  --chunk-len
  --step-size
  --batch-size
  --outlier-clip
  --rna-model
  --sig-model
  --sig-config
  --beam-width
  --decode-type {global,chunk}
  --sig-threshold
  --rna-threshold
  --context-len

Пример использования

Мы предоставляем файл FAST5, содержащий 5 чтения для тестирования в данных/reads.fast5.

Чтобы обосновать отдельные или многобыточные файлы (ы) в и вывод и вывод Fasta to <put_dir>:

 cd radian
mkdir out_dir
python3 basecall.py data out_dir