radian

ラジアン

r na l a nguageは、n a nopore sig n alsのデコードを情報提供

概要

mRNA言語のモデルを利用するナノポア直接RNAベースカラー。

RNAは常に3 'から5'の方向から配列決定されるため、ナノポアはmRNAのヌクレオチドバイアスを暗黙的にエンコードします。このbasecallerは、シグナル予測が曖昧なときにベースコールを導くために、人間のmRNA言語の確率論的モデルを使用します。 mRNAモデルは、変更されたCTCビーム検索デコードアルゴリズムに組み込まれています。

プリプリント：https：//www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.10.19.512968v1

インストール

 cd <path/to/radian>
pip install --upgrade pip
pip install -r requirements.txt
tar -xvzf radian/models/rnamodel_12mer_pc.tar.gz

コマンド構造

 usage: basecall.py [-h] fast5_dir fasta_dir [--local] [--chunk-len] [--step-size]
                   [--batch-size] [--outlier-clip] [--rna-model]
                   [--sig-model] [--sig-config] [--beam-width]
                   [--decode-type] [--sig-threshold]
                   [--rna-threshold] [--context-len]

positional arguments:
  fast5_dir             Directory of single/multi fast5 files.
  fasta_dir             Directory to output fasta files.

optional arguments:
  -h, --help
  --local
  --chunk-len
  --step-size
  --batch-size
  --outlier-clip
  --rna-model
  --sig-model
  --sig-config
  --beam-width
  --decode-type {global,chunk}
  --sig-threshold
  --rna-threshold
  --context-len

使用の例

データ/reads.fast5でテストするために5つの読み取りを含むFast5ファイルを提供します。

単一またはMulti-Fast5ファイルを<out_dir>に出力し、出力します。

 cd radian
mkdir out_dir
python3 basecall.py data out_dir