radian

Radian

R na l a nguage informe d decod i ng von n a nopore sig n als

Überblick

Nanopore Direct RNA Basecaller, die ein Modell der mRNA -Sprache verwendet.

Da RNA immer von der 3 'auf 5' Richtung sequenziert wird, codieren Nanoporensignale implizit die Nucleotid -Verzerrungen in mRNA. Dieser Basiszusatz verwendet ein probabilistisches Modell der menschlichen mRNA -Sprache, um das Basisuntersuchung zu steuern, wenn die Signalvorhersage nicht eindeutig ist. Das mRNA -Modell ist in einen modifizierten CTC -Strahl -Such -Dekodierungsalgorithmus aufgenommen.

Preprint : https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.10.19.512968v1

Installation

 cd <path/to/radian>
pip install --upgrade pip
pip install -r requirements.txt
tar -xvzf radian/models/rnamodel_12mer_pc.tar.gz

Befehlsstruktur

 usage: basecall.py [-h] fast5_dir fasta_dir [--local] [--chunk-len] [--step-size]
                   [--batch-size] [--outlier-clip] [--rna-model]
                   [--sig-model] [--sig-config] [--beam-width]
                   [--decode-type] [--sig-threshold]
                   [--rna-threshold] [--context-len]

positional arguments:
  fast5_dir             Directory of single/multi fast5 files.
  fasta_dir             Directory to output fasta files.

optional arguments:
  -h, --help
  --local
  --chunk-len
  --step-size
  --batch-size
  --outlier-clip
  --rna-model
  --sig-model
  --sig-config
  --beam-width
  --decode-type {global,chunk}
  --sig-threshold
  --rna-threshold
  --context-len

Beispiel Verwendung

Wir bieten eine Fast5 -Datei mit 5 Lesevorgängen zum Testen in Daten/Reads.fast5.

Um die einzelne oder mehrfaste 5-Datei (en) in FASTA zu basieren und zu <out_dir> auszugeben:

 cd radian
mkdir out_dir
python3 basecall.py data out_dir