radian

RADIANO

R Na L a Nguage Informated D Decody ING OF N A NOPORE SIG N ALS

Visão geral

O Nanopore Direct RNA Basecaller que utiliza um modelo de linguagem de mRNA.

Como o RNA é sempre sequenciado da direção 3 'a 5', os sinais de nanoporos codificam implicitamente os vieses de nucleotídeos no mRNA. Este Basecaller usa um modelo probabilístico da linguagem do mRNA humano para orientar a base de base quando a previsão do sinal é ambígua. O modelo de mRNA é incorporado em um algoritmo de decodificação de pesquisa de feixe CTC modificado.

Preprint : https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.10.19.512968v1

Instalação

 cd <path/to/radian>
pip install --upgrade pip
pip install -r requirements.txt
tar -xvzf radian/models/rnamodel_12mer_pc.tar.gz

Estrutura de comando

 usage: basecall.py [-h] fast5_dir fasta_dir [--local] [--chunk-len] [--step-size]
                   [--batch-size] [--outlier-clip] [--rna-model]
                   [--sig-model] [--sig-config] [--beam-width]
                   [--decode-type] [--sig-threshold]
                   [--rna-threshold] [--context-len]

positional arguments:
  fast5_dir             Directory of single/multi fast5 files.
  fasta_dir             Directory to output fasta files.

optional arguments:
  -h, --help
  --local
  --chunk-len
  --step-size
  --batch-size
  --outlier-clip
  --rna-model
  --sig-model
  --sig-config
  --beam-width
  --decode-type {global,chunk}
  --sig-threshold
  --rna-threshold
  --context-len

Exemplo de uso

Fornecemos um arquivo Fast5 contendo 5 leituras para testes em dados/leituras.fast5.

Para secar o (s) arquivo (s) único ou multi-Fast5, em e sair da fase para <O out_Dir>:

 cd radian
mkdir out_dir
python3 basecall.py data out_dir