หน้าแรก>การเขียนโปรแกรมที่เกี่ยวข้อง>ส่วนประกอบของบุคคลที่สาม
ดาวน์โหลด

การทดสอบแพคเกจ

ตัวอย่างแพ็คเกจ R สำหรับ BCB410H: BioInformatics Applied

คำอธิบาย

ย่อหน้าที่อธิบายวัตถุประสงค์ของแพ็คเกจ R และข้อมูลทางชีวภาพของคุณที่ถูกวิเคราะห์ อธิบายว่าแพ็คเกจของคุณเพิ่มหรือปรับปรุงกระแสงานปัจจุบันในชีวสารสนเทศศาสตร์หรือชีววิทยาการคำนวณ (เช่นมันเป็นเอกลักษณ์อย่างไร, ปัญหาอะไรที่อยู่?) ในที่สุดรวมรุ่น R (ไม่ใช่เวอร์ชัน RSTUDIO) และแพลตฟอร์ม (MAC, Windows, Linux (Debian, Fedora/Redhat, Ubuntu)) ใช้ในการพัฒนาแพ็คเกจ คุณอาจได้รับข้อมูลนี้โดยเรียก utils::sessionInfo() ไม่ควรมีการใช้งาน Shiny ณ จุดนี้ เช่น


TestingPackage เป็นแพ็คเกจ R เพื่อสาธิตส่วนประกอบของแพ็คเกจ R ง่าย ๆ พร้อมข้อมูลการจัดลำดับ RNA แพ็คเกจ R รวมถึงส่วนประกอบหลัก: คำอธิบายเนมสเปซไดเรกทอรีย่อย MAN และไดเรกทอรีย่อย R นอกจากนี้ยังมีการสำรวจใบอนุญาต, readMe และไดเรกทอรีย่อย, การทดสอบ, ข้อมูลและ Inst แพ็คเกจนี้มีเป้าหมายสำหรับนักเรียน BCB410H (Bioinformatics ที่ใช้แล้ว) ซึ่งจะกำหนดเครื่องมือที่มีประโยชน์สำหรับการวิเคราะห์ข้อมูลทางชีวภาพในรูปแบบของแพ็คเกจ R สาธารณะที่ตั้งอยู่บน GitHub ขอบเขตของแพ็คเกจ R คือการเพิ่มหรือปรับปรุงกระแสงานปัจจุบันในชีวสารสนเทศศาสตร์หรือชีววิทยาการคำนวณ เครื่องมือควรมีฟังก์ชั่นเพื่อทำการวิเคราะห์ข้อมูลทางชีวภาพและเพื่อสร้างเอาต์พุตกราฟิกที่น่าสนใจเพื่อสนับสนุนการวิเคราะห์เชิงสำรวจ แพ็คเกจ TestingPackage ได้รับการพัฒนาโดยใช้ R version 4.2.1 (2022-06-23) , Platform: x86_64-apple-darwin17.0 (64-bit) และ Running under: macOS Ventura 13.2

การติดตั้ง

ระบุข้อความและคำสั่งต่อไปนี้ปรับแต่งให้กับแพ็คเกจ R ของคุณ เช่น


ในการติดตั้งแพ็คเกจเวอร์ชันล่าสุด: 

install.packages( " devtools " )
library( " devtools " )
devtools :: install_github( " anjalisilva/TestingPackage " , build_vignettes = TRUE )
library( " TestingPackage " )

เพื่อเรียกใช้แอพเงา: 

runTestingPackage() # not for Assessment 4; only for Assessment 5

ภาพรวม

ระบุคำสั่งต่อไปนี้ปรับแต่งตามแพ็คเกจ R ของคุณ จากนั้นจัดทำรายการฟังก์ชั่นที่สามารถเข้าถึงได้ของผู้ใช้ภายในแพ็คเกจและคำอธิบายสั้น ๆ ของแต่ละรายการ รวมภาพหนึ่งภาพที่แสดงภาพรวมของแพ็คเกจที่แสดงอินพุตและเอาต์พุต ตรวจสอบให้แน่ใจว่าภาพถูกฝากไว้ในตำแหน่งที่ถูกต้องตามที่กล่าวไว้ในชั้นเรียน ชี้ผู้ใช้ไปยังบทความสั้น ๆ สำหรับการสอนแพ็คเกจของคุณ เช่น 


ls( " package:TestingPackage " )
data( package = " TestingPackage " ) 
browseVignettes( " TestingPackage " )

TestingPackage ประกอบด้วย 3 ฟังก์ชั่น

  1. Infcriteriaculation สำหรับการคำนวณเกณฑ์ข้อมูลที่กำหนดมิติชุดข้อมูลความน่าจะเป็นบันทึกและความน่าจะเป็น

  2. normfactors สำหรับการคำนวณปัจจัยการทำให้เป็นมาตรฐานผ่านทางค่าเฉลี่ยของค่า M (TMM)

  3. Infcriteriaplot สำหรับการพล็อตค่าเกณฑ์ข้อมูลเป็นพล็อตกระจาย

แพ็คเกจยังมีชุดข้อมูลลำดับ RNA สองชุดเรียกว่า Genecounts และ Genecounts2 อ้างถึง Vignettes แพ็คเกจสำหรับรายละเอียดเพิ่มเติม ภาพรวมของแพ็คเกจแสดงไว้ด้านล่าง

ผลงาน

ระบุย่อหน้าที่ระบุชื่อของผู้แต่งแพ็คเกจและการมีส่วนร่วมจากผู้เขียนอย่างชัดเจน โครงร่างการมีส่วนร่วมจากแพ็คเกจ/แหล่งข้อมูลอื่น ๆ สำหรับแต่ละฟังก์ชั่น โครงร่างการมีส่วนร่วมจากเครื่องมือ AI แบบกำเนิดสำหรับแต่ละฟังก์ชั่น รวมถึงวิธีการใช้เครื่องมือและวิธีการรวมผลลัพธ์จากเครื่องมือ AI จำไว้ว่าการมีส่วนร่วมของคุณในแพ็คเกจนั้นมีความสำคัญ เช่น


ผู้เขียนแพ็คเกจคือ Anjali Silva ผู้เขียนเขียนฟังก์ชั่น infcriteriaculation ซึ่งคำนวณค่าเกณฑ์ข้อมูลที่ได้รับข้อมูลจำเพาะข้อมูล ที่นี่เกณฑ์ข้อมูลเบย์ (BIC), Akaike Information Criterion (AIC) และการคำนวณความน่าจะเป็นแบบรวม (ICL) ถูกคำนวณ ฟังก์ชั่น infcriteriaculation ใช้ประโยชน์จากฟังก์ชันแผนที่จากแพ็คเกจ mclust R เพื่อสร้างค่าเกณฑ์ข้อมูล แพ็คเกจ stats R ใช้สำหรับการสร้างเวกเตอร์หมายเลขสุ่มแบบกระจายแบบหลายระดับ ส่วนหนึ่งของรหัสสำหรับฟังก์ชั่น การคำนวณแบบ infcriteriaculation ได้มาจากแพ็คเกจ <NamePackage> r (ส่วนของรหัสที่ยืมควรระบุและอ้างอิงอย่างชัดเจนในสคริปต์ infcriteriaculation R) Infcriteriaplot เขียนโดยผู้เขียนและสร้างพล็อตของค่าเกณฑ์ข้อมูล ฟังก์ชั่น infcriteriaplot ใช้ประโยชน์จากแพ็คเกจ graphics R Normfactors เป็นฟังก์ชั่นที่คำนวณปัจจัยการทำให้เป็นมาตรฐานผ่านค่าเฉลี่ยของค่า M (TMM) ฟังก์ชั่น Normfactors ใช้ค่าเฉลี่ยของค่า M-values (TMM) ตามที่ใช้ในแพ็คเกจ edgeR R ไม่มีการใช้เครื่องมือ AI แบบกำเนิดในการพัฒนาแพ็คเกจนี้

การอ้างอิง

ให้การอ้างอิงเต็มรูปแบบสำหรับทุกแหล่งที่ใช้รวมถึงแพ็คเกจและเครื่องมือที่กล่าวถึงภายใต้ 'การบริจาค' ในรูปแบบเดียว เช่น

  • Akaike, H. (1973) ทฤษฎีข้อมูลและส่วนขยายของหลักการโอกาสสูงสุด ใน การประชุมวิชาการนานาชาติครั้งที่สองเกี่ยวกับทฤษฎีข้อมูล นิวยอร์กสหรัฐอเมริกา 267–281 Springer Verlag https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-1-4612-1694-0_15

  • Biernacki, C. , G. Celeux และ G. Govaert (2000) การประเมินแบบจำลองการผสมสำหรับการจัดกลุ่มด้วยโอกาสการจำแนกแบบบูรณาการ การทำธุรกรรม IEEE เกี่ยวกับการวิเคราะห์รูปแบบและข่าวกรองเครื่องจักร 22. https://hal.inria.fr/inria-00073163/document

  • Biorender (2020) รูปภาพที่สร้างโดย Silva, A. สืบค้น 30 ตุลาคม 2563 จาก https://app.biorender.com/

  • Chang, W. , J. Cheng, J. Allaire, C. Sievert, B. Schloerke, Y. Xie, J. Allen, J. McPherson, A. Dipert, B. Borges (2023) Shiny: Web Application Framework สำหรับ r . r แพ็คเกจเวอร์ชัน 1.8.0, https://cran.r-project.org/package=shiny

  • McCarthy, DJ, Y. Chen และ GK Smyth (2012) การวิเคราะห์การแสดงออกที่แตกต่างกันของการทดลอง RNA-seq แบบมัลติปัจจัยที่เกี่ยวข้องกับการเปลี่ยนแปลงทางชีวภาพ การวิจัยกรดนิวคลีอิก 40 4288-4297 https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/22287627/

  • R Core Team (2023) R: ภาษาและสภาพแวดล้อมสำหรับการคำนวณทางสถิติ R Foundation สำหรับการคำนวณทางสถิติ, เวียนนา, ออสเตรีย https://www.r-project.org/

  • Robinson, MD, DJ McCarthy และ GK Smyth (2010) Edger: แพ็คเกจ bioconductor สำหรับการวิเคราะห์การแสดงออกที่แตกต่างกันของข้อมูลการแสดงออกของยีนดิจิตอล ชีวสารสนเทศศาสตร์ 26, 139-140 https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/19910308/

  • Schwarz, G. (1978) การประมาณมิติของแบบจำลอง พงศาวดารของสถิติ 6, 461–464 https://projecteuclid.org/euclid.aos/1176344136

  • Scrucca, L. , M. FOP, TB Murphy และ AE Raftery (2016) McLust 5: การจัดกลุ่ม, การจำแนกประเภทและการประมาณความหนาแน่นโดยใช้แบบจำลองผสม Gaussian Finite วารสาร R 8 (1), 289-317 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/pmc5096736/

  • Wickham, H. Ggplot2: กราฟิกที่สง่างามสำหรับการวิเคราะห์ข้อมูล Springer-Verlag New York, 2016

  • Wickham, H. และ J. Bryan (2019) R แพ็คเกจ (ฉบับที่ 2) นิวตัน, แมสซาชูเซตส์: O'Reilly Media https://r-pkgs.org/

กิตติกรรมประกาศ

ระบุข้อความต่อไปนี้ปรับแต่งให้กับแพ็คเกจ R ของคุณ เช่น


แพ็คเกจนี้ได้รับการพัฒนาเป็นส่วนหนึ่งของการประเมินสำหรับปี 2562-2566 BCB410H: หลักสูตรชีวสารสนเทศศาสตร์ที่มหาวิทยาลัยโตรอนโต, โตรอนโต, แคนาดา TestingPackage ยินดีต้อนรับปัญหาการร้องขอการปรับปรุงและการมีส่วนร่วมอื่น ๆ หากต้องการส่งปัญหาให้ใช้ปัญหา GitHub ขอบคุณมากสำหรับผู้ที่ให้ข้อเสนอแนะเพื่อปรับปรุงแพ็คเกจนี้

แพ็คเกจนักเรียน

แพ็คเกจที่พัฒนาโดยศิษย์เก่า BCB410 ขอบคุณมากสำหรับผู้ที่อนุญาตให้แบ่งปันแพ็คเกจของพวกเขา!

2024

2023

  • แอตลาซ

  • ClinicalTranscriptLink

  • CompHeatmaps

  • Covidwastewatch

  • ยาเสพติด

  • geanaly

  • การรวมเข้าด้วยกัน

  • isoformvisrna

  • microbiomexplorer

  • Missensepathor

  • Openvirome

  • osteoanalizer

  • pdbcleanup

  • ฟีโนเจนนิรลิบ

  • Prostat5

  • psychcnvassoc

  • Seurattogo

  • TMSCOREALIGN

  • Trexdad

  • trnvalstandvis

2022

  • Abunrna

  • dereggenes

  • CNVDS

  • การวิเคราะห์

  • sexdisaggregate

2021

  • scrgnet

  • deviscomp

  • Covid19canada

  • การรวมกลุ่ม

  • Myomanager

  • snpcyp

  • VisualSarsdiff

  • คลาร์ก

  • สิ่งที่มีหนอง

2020

  • Gscvisualizer

  • ไมโครคอมมิวต์

  • uniprotproteinview

  • methylexpress

  • Dynugene; ต้นฉบับ

  • PDB3D

  • Strexpansionanalyzer

  • Celltypetool

  • ชาว Chipanalyzer

โครงสร้างบรรจุภัณฑ์

โครงสร้างแพ็คเกจแสดงไว้ด้านล่าง:



โครงสร้างต้นไม้แพ็คเกจมีอยู่ด้านล่าง 

 - TestingPackage
  | - TestingPackage.Rproj
  | - DESCRIPTION
  | - NAMESPACE
  | - LICENSE
  | - README
  | - data
    | - GeneCounts.rda
    | - GeneCounts2.rda
  | - inst
    CITATION
    | - extdata
      | - SILVA_A_A1.png
      | - GeneCountsData2.csv
    | - shiny - scripts 
        | - app.R
  | - man
    | - GeneCounts.Rd
    | - InfCriteriaCalculation.Rd
    | - NormFactors.Rd
    | - InfCriteriaPlot.Rd
  | - R
    | - data.R
    | - InfCriteriaCalculation.R
    | - InfCriteriaPlot.R
    | - NormFactorCalculation.R
  | - vignettes
    | - TestingPackageVignette.Rmd
  | - tests
    | - testthat.R
    | - testthat
      | - test - InfCriteriaCalculation.R
ขยาย
ข้อมูลเพิ่มเติม
แอปที่เกี่ยวข้อง
แนะนำสำหรับคุณ
ข้อมูลที่เกี่ยวข้อง ทั้งหมด