TestingPackage
1.0.0
Contoh Paket R untuk BCB410H: Bioinformatika Terapan.
Paragraf yang menggambarkan tujuan paket R dan data biologis Anda dianalisis. Jelaskan bagaimana paket Anda menambah atau meningkatkan aliran kerja saat ini dalam bioinformatika atau biologi komputasi (yaitu, bagaimana uniknya?, Masalah apa yang ditangani?). Akhirnya, sertakan versi R (bukan versi rStudio) dan platform (Mac, Windows, Linux (Debian, Fedora/Redhat, Ubuntu)), digunakan untuk mengembangkan paket. Anda dapat memperoleh informasi ini dengan menjalankan utils::sessionInfo() . Seharusnya tidak ada implementasi Shiny pada saat ini. Misalnya,
TestingPackage adalah paket R untuk menunjukkan komponen paket R sederhana dengan data sekuensing RNA. Paket R termasuk komponen utama: deskripsi, namespace, subdirektori man dan subdirektori. Selain itu, lisensi, readme dan sketsa subdirektori, tes, data dan Inst juga dieksplorasi. Paket ini ditargetkan untuk siswa BCB410H (Terapan Bioinformatika), yang akan mendefinisikan alat yang berguna untuk analisis data biologis dalam format paket R publik yang bertempat di GitHub. Ruang lingkup paket R adalah untuk menambah atau meningkatkan aliran kerja saat ini dalam bioinformatika atau biologi komputasi. Alat ini harus berisi fungsi untuk melakukan analisis data biologis dan untuk menghasilkan output grafis yang menarik, idealnya untuk mendukung analisis eksplorasi. Paket TestingPackage dikembangkan menggunakan R version 4.2.1 (2022-06-23) , Platform: x86_64-apple-darwin17.0 (64-bit) dan Running under: macOS Ventura 13.2 .
Berikan teks dan perintah berikut, disesuaikan dengan paket R Anda. Misalnya,
Untuk menginstal versi terbaru dari paket:
install.packages( " devtools " )
library( " devtools " )
devtools :: install_github( " anjalisilva/TestingPackage " , build_vignettes = TRUE )
library( " TestingPackage " )Untuk menjalankan aplikasi mengkilap:
runTestingPackage() # not for Assessment 4; only for Assessment 5 Berikan perintah berikut, disesuaikan dengan paket R Anda. Kemudian berikan daftar fungsi yang dapat diakses pengguna dalam paket dan deskripsi singkat masing -masing. Sertakan satu gambar yang menggambarkan ikhtisar paket yang menunjukkan input dan output. Pastikan gambar disimpan di lokasi yang benar, seperti yang dibahas di kelas. Arahkan pengguna ke sketsa untuk tutorial paket Anda. Misalnya,
ls( " package:TestingPackage " )
data( package = " TestingPackage " )
browseVignettes( " TestingPackage " ) TestingPackage berisi 3 fungsi.
Infcriteriacalculation untuk menghitung kriteria informasi yang diberikan dimensi dataset, log-likelihood dan probabilitas.
Normfactor untuk menghitung faktor normalisasi melalui melalui rata-rata yang dipangkas dari nilai-M (TMM).
Infcriteriaplot untuk merencanakan nilai kriteria informasi sebagai plot sebaran.
Paket ini juga berisi dua dataset sekuensing RNA, yang disebut GenEcounts dan Genecounts2. Lihat sketsa paket untuk detail lebih lanjut. Gambaran umum paket diilustrasikan di bawah ini.
Berikan paragraf dengan jelas menunjukkan nama penulis paket dan kontribusi dari penulis. Garis besar kontribusi dari paket/sumber lain untuk setiap fungsi. Garis besar kontribusi dari alat AI generatif untuk setiap fungsi. Sertakan bagaimana alat digunakan dan bagaimana hasil dari alat AI dimasukkan. Ingat kontribusi pribadi Anda pada paket itu penting. Misalnya,
Penulis paket adalah Anjali Silva. Penulis menulis fungsi infcriteriacalculation , yang menghitung nilai kriteria informasi yang diberikan spesifikasi data. Di sini, kriteria informasi Bayesian (BIC), Akaike Information Criterion (AIC) dan Integrated Complete Lampak (ICL) dihitung. Fungsi infcriteriacalculation memanfaatkan fungsi MAP dari paket mclust R untuk menghasilkan nilai kriteria informasi. Paket stats R digunakan untuk menghasilkan vektor nomor acak yang didistribusikan secara multinom. Bagian dari kode untuk fungsi infcriteriacalculation telah diambil dari paket <NamePackage> R. (Bagian kode pinjaman harus ditunjukkan dengan jelas dan dirujuk dalam Infcriteriacalculation R Script). Infcriteriaplot ditulis oleh penulis dan menghasilkan plot nilai kriteria informasi. Fungsi infcriteriaplot memanfaatkan paket graphics R. Normfactors adalah fungsi yang menghitung faktor normalisasi melalui rata-rata yang dipangkas dari nilai-M (TMM). Fungsi Normfactors menggunakan rata-rata terpangkas dari nilai-M (TMM) seperti yang diimplementasikan dalam paket edgeR R. Tidak ada alat AI generatif yang digunakan dalam pengembangan paket ini.
Berikan referensi lengkap untuk semua sumber yang digunakan, termasuk untuk paket dan alat yang disebutkan di bawah 'Kontribusi', dalam satu format. Misalnya,
Akaike, H. (1973). Teori informasi dan perpanjangan dari prinsip kemungkinan maksimum. Dalam Simposium Internasional Kedua tentang Teori Informasi , New York, AS, 267–281. Springer Verlag. https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-1-4612-1694-0_15.
Biernacki, C., G. Celeux, dan G. Govaert (2000). Menilai model campuran untuk pengelompokan dengan kemungkinan klasifikasi terintegrasi. Transaksi IEEE tentang Analisis Pola dan Kecerdasan Mesin 22. https://hal.inria.fr/inria-00073163/document
Biorender. (2020). Gambar yang dibuat oleh Silva, A. Diperoleh 30 Oktober 2020, dari https://app.biorender.com/
Chang, W., J. Cheng, J. Allaire, C. Sievert, B. Schloerke, Y. Xie, J. Allen, J. McPherson, A. Dipert, B. Borges (2023). Shiny: Kerangka kerja aplikasi web untuk r . R Paket R Versi 1.8.0, https://cran.r-project.org/package=shiny
McCarthy, DJ, Y. Chen dan GK Smyth (2012). Analisis ekspresi diferensial percobaan multifaktor RNA-seq sehubungan dengan variasi biologis. Penelitian Asam Nukleat 40. 4288-4297. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/22287627/
R Core Team (2023). R: Bahasa dan lingkungan untuk komputasi statistik. R Yayasan untuk Komputasi Statistik, Wina, Austria. https://www.r-project.org/
Robinson, MD, DJ McCarthy dan GK Smyth (2010). Edger: Paket biokonduktor untuk analisis ekspresi diferensial dari data ekspresi gen digital. Bioinformatika 26, 139-140. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/19910308/
Schwarz, G. (1978). Memperkirakan dimensi model. Annals of Statistics 6, 461-464. https://projecteuclid.org/euclid.aos/1176344136.
SCRUCCA, L., M. FOP, TB Murphy dan AE Raftery (2016) McLust 5: Clustering, klasifikasi dan estimasi kepadatan menggunakan model campuran terbatas Gaussian. The R Journal 8 (1), 289-317. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/pmc5096736/
Wickham, H. GGPlot2: Grafik elegan untuk analisis data. Springer-Verlag New York, 2016.
Wickham, H. dan J. Bryan (2019). R Paket (Edisi ke -2). Newton, Massachusetts: O'Reilly Media. https://r-pkgs.org/
Berikan teks berikut, disesuaikan dengan paket R Anda. Misalnya,
Paket ini dikembangkan sebagai bagian dari penilaian untuk kursus bioinformatika terapan 2019-2023 BCB410H: Terapan Bioinformatika di University of Toronto, Toronto, Kanada. TestingPackage menyambut masalah, permintaan peningkatan, dan kontribusi lainnya. Untuk mengajukan masalah, gunakan masalah GitHub. Terima kasih banyak kepada mereka yang memberikan umpan balik untuk meningkatkan paket ini.
Paket yang dikembangkan oleh alumni BCB410. Terima kasih banyak kepada mereka yang memberikan izin untuk membagikan paket mereka!
Atlaz
ClinicalTranscriptLink
Compheatmaps
Covidwastewatch
Obat -obatan
Geanaly
Integratrn
Isoformvisrna
Microbiomeexplorer
MissensePathor
OpenVirome
Osteoanalizer
Pdbcleanup
Fenogenrlib
Prostat5
PSYCHCNVASCOC
Seurattogo
TMSCoreAlign
Trexdad
Trnvalstandvis
Abunrna
Dereggenes
CNVD
analisis oncoan
sexdisaggregate
scrgnet
Deviscomp
covid19Canada
Integrasi
Myomanager
snpcyp
Visualsarsdiff
Clustreval
Clustphy
GSCVISUALIZER
Microcompet
UNIPROTPROTINVIEW
Methylexpress
dynugene; naskah
pdb3d
Strexpansionanalyzer
CellTypetool
Chipanalyzer
Struktur paket diilustrasikan di bawah ini:
Struktur pohon paket disediakan di bawah ini.
- TestingPackage
| - TestingPackage.Rproj
| - DESCRIPTION
| - NAMESPACE
| - LICENSE
| - README
| - data
| - GeneCounts.rda
| - GeneCounts2.rda
| - inst
CITATION
| - extdata
| - SILVA_A_A1.png
| - GeneCountsData2.csv
| - shiny - scripts
| - app.R
| - man
| - GeneCounts.Rd
| - InfCriteriaCalculation.Rd
| - NormFactors.Rd
| - InfCriteriaPlot.Rd
| - R
| - data.R
| - InfCriteriaCalculation.R
| - InfCriteriaPlot.R
| - NormFactorCalculation.R
| - vignettes
| - TestingPackageVignette.Rmd
| - tests
| - testthat.R
| - testthat
| - test - InfCriteriaCalculation.R
