prot2tex protein search

protex.app

Protex เป็นเครื่องมือค้นหาความหมายที่ช่วยให้นักวิจัยสามารถค้นหาโปรตีนทั้งที่รู้จักและแปลกใหม่โดยใช้คำอธิบายการทำงานของภาษาธรรมชาติ (เช่น "ค้นหาโปรตีนที่สามารถช่วยลดไทโรซีนฟอสฟาเทส 1"))

ทำด้วย: @rdilip, @alexub, @shawndimantha อันดับที่ 2 ที่ Scale AI Generative AI Hackathon

มันทำงานอย่างไร

วิดีโอสาธิต

โมเดลคลิปของ Openai ใช้ในการฝังคำอธิบายทั้งสองของโปรตีน (คัดลอกมาจาก interpro) และลำดับโปรตีนฝังตัว (ที่ได้รับโดยใช้ แบบจำลองการฝัง ESM ของ Meta ) Embeddings จะถูกเก็บไว้ใน Chromadb และการค้นหาเวกเตอร์เพื่อนบ้านที่ใกล้ที่สุดจะดำเนินการเพื่อค้นหาโปรตีนที่เกี่ยวข้องมากที่สุดสำหรับการสืบค้นผู้ใช้

เว็บไซต์ของเราถูกสร้างขึ้นด้วย React, NextJs, Tailwind CSS และ Flask

วิธีใช้

ส่วนหน้ามีอยู่ที่ลิงค์นี้

เพื่อให้แบ็กเอนด์ทำงานง่ายๆ:

1. จัดเตรียมคีย์ OpenAI API ของคุณในบรรทัดที่ 13 ของ protex.py
2. เรียกใช้ index.py (คุณอาจได้รับแจ้งให้ติดตั้งแพ็คเกจ Python)
3. แค่ไหน!

ตอนนี้เว็บไซต์ควรใช้งานได้อย่างสมบูรณ์