prot2tex protein search

Protex.App

Protex es una herramienta de búsqueda semántica que permite a los investigadores buscar proteínas conocidas y novedosas utilizando una descripción funcional en idioma natural (por ejemplo, "encontrar proteínas que pueden ayudar a degradar la tirosina fosfatasa 1")

Hecho con: @rdilip, @alexub, @shawndimantha. 2do lugar a escala AI's Generation AI Hackathon

Cómo funciona

Video de demostración

El modelo de clip de OpenAI se usa para incrustar ambas descripciones de proteínas (raspadas de InterPro) y la secuencia de proteínas incrustadas (obtenida usando el modelo de incrustación ESM de Meta ). Los incrustaciones se almacenan en ChromAdB y se realiza una búsqueda vectorial de vecino más cercano para encontrar las proteínas más relevantes para las consultas de los usuarios.

Nuestro sitio está construido con React, Nextjs, Tailwind CSS y Flask .

Cómo usar

El frontend está disponible en este enlace.

Para que el backend funcione, simplemente:

1. Proporcione su tecla API de OpenAI en la línea 13 de protex.py
2. Ejecutar index.py . (Es posible que se le solicite que instale algunos paquetes de Python)
3. ¡Eso es todo!

El sitio web ahora debe ser completamente funcional.