prot2tex protein search

protex.app

Protex est un outil de recherche sémantique permettant aux chercheurs de rechercher à la fois des protéines connues et nouvelles en utilisant une description fonctionnelle en langue naturelle (par exemple "trouver des protéines qui peuvent aider à dégrader la tyrosine phosphatase 1")

Fabriqué avec: @rdilip, @alexub, @shawndimantha. 2e place à l'échelle de l'IA de l'IA de l'AI

Comment ça marche

Vidéo de démonstration

Le modèle de clip d'OpenAI est utilisé pour intégrer les deux descriptions de protéines (grattées à partir d'interpro) et la séquence de protéines intégrées (obtenue en utilisant le modèle d'intégration ESM de META ). Les intégres sont stockés dans ChromAdB et une recherche de vecteur de voisin le plus proche est effectuée pour trouver les protéines les plus pertinentes pour les requêtes utilisateur.

Notre site est construit avec React, NextJS, Tailwind CSS et Flask .

Comment utiliser

Le frontend est disponible sur ce lien.

Pour faire fonctionner le backend, simplement:

1. Fournissez votre clé API OpenAI sur la ligne 13 de protex.py
2. run index.py . (vous pourriez être invité à installer des packages Python)
3. C'est ça!

Le site Web devrait désormais être entièrement fonctionnel.