prot2tex protein search

protex.app

Protex ist ein semantisches Suchwerkzeug, mit dem Forscher sowohl bekannte als auch neuartige Proteine ​​unter Verwendung einer natürlichen Funktionsbeschreibung suchen können (z. "

Hergestellt mit: @rdilip, @alexub, @shawndimantha. 2. Platz in der generativen AI -Hackathon von Scale Ai

Wie es funktioniert

Demonstrationsvideo

Das OpenAI -Clip -Modell wird verwendet, um sowohl Beschreibungen von Proteinen (aus Interpro) als auch die eingebettete Proteinsequenz (erhalten unter Verwendung von META -ESM -Einbettungsmodell ) einzubetten. Die Einbettungen werden in Chromadb gespeichert und eine Vektor-Suche in der nächsten Nachbarn wird durchgeführt, um die relevantesten Proteine ​​für Benutzeranfragen zu finden.

Unsere Website ist mit React, NextJs, Rückenwind -CSS und Flaschen gebaut.

Wie man benutzt

Der Frontend ist unter diesem Link verfügbar.

Um das Backend zum Laufen zu bringen, einfach:

1. Geben Sie Ihren OpenAI -API -Schlüssel in Zeile 13 von protex.py an
2. rennen index.py . (Möglicherweise werden Sie aufgefordert, einige Python -Pakete zu installieren.)
3. Das war's!

Die Website sollte jetzt voll funktionsfähig sein.