prot2tex protein search

protex.app

Protexは、研究者が自然言語の機能的説明を使用して既知のタンパク質と新規タンパク質の両方を検索できることを可能にするセマンティック検索ツールです（例：「チロシンホスファターゼ1を分解するのに役立つタンパク質を見つける」）

メイド：@rdilip、 @alexub、@shawndimantha。 AIの生成AIハッカソンの2位

それがどのように機能するか

デモビデオ

OpenAIのクリップモデルは、タンパク質（Interproから削り取られた）と埋め込まれたタンパク質配列（ MetaのESM埋め込みモデルを使用して取得）の両方の記述を埋め込むために使用されます。埋め込みはChromadBに保存され、ユーザークエリに最も関連性の高いタンパク質を見つけるために、最近傍ベクトル検索が実行されます。

私たちのサイトは、React、NextJS、Tailwind CSS、およびFlaskで構築されています。

使い方

フロントエンドはこのリンクで利用できます。

バックエンドを実行するには、単純に：

1. protex.pyの13行目にOpenAI APIキーを提供します
2. index.pyを実行します。 （Pythonパッケージをインストールするように求められる場合があります）
3. それでおしまい！

ウェブサイトは完全に機能するようになりました。