SCDC

SCDC: Deconvolution экспрессия генов с помощью множественных ссылок на секвенирование РНК с одной ячейкой

SCDC-это метод деконволюции для объемной РНК-seq, который использует специфические генные экспрессии клеточного типа из множества эталонных наборов данных SCRNA-seq . SCDC принимает метод ансамбля для интеграции результатов деконволюции из различных наборов данных SCRNA-Seq, которые производятся в разных лабораториях и в разное время, неявное обращение к пакетному эффекту.

Цитирование

Мейхен Донг, Аатиш Теннаван, Юджин Уррутия, Юн Ли, Чарльз М. Пеу, Фей Зу, Ючао Цзян, SCDC: Деконволюция экспрессии гена с помощью множественных ссылок на РНК с одной ячейкой, // doi. org/10.1093/bib/bbz166

Лицензия: MIT

Установка

Вы можете установить выпущенную версию SCDC из GitHub с:

 if (! require ("devtools")) {
  install.packages ("devtools")
} devtools :: install_github ("meichendong/scdc")

Проблема пакета зависимостей относительно «xbioc» может быть решена:

 install.packages ("remotes") remotes :: install_github ("renozao/xbioc")

Виньетки

Пожалуйста, смотрите страницу Vignettes.

Бумага SCDC опубликована на брифингах в биоинформатике.

Вопросы, касающиеся пакета, можно отправить по электронной почте: [email protected]

Часто задаваемые вопросы / примечания

• Когда в одном ячейке есть только «один субъект/человек», используйте функции SCDC_qc_ONE() , SCDC_prop_ONE() .

Аспекты, которые могут повлиять на результаты деконволюции:

• Формат данных: Образцы объемного и одноклеточных образцов как необработанные подсчеты / тот же формат? Мы ожидаем, что формат данных будет последовательным и сопоставимым.

• Фильтрация генов: вы отфильтровали с низко экспрессированными генами / рибосомными генами / митохондриальными генами? Эти гены могут повлиять на анализ нижнего течения.

• Размер ячейки и коэффициенты размера библиотеки: для одной ячейки вы думаете, что сумма всех генов (размер библиотеки) может отражать ее реальный размер ячейки? Это одно из наших предположений: отношение размеров библиотеки между типами клеток может отражать отношение реальных размеров клеток между типами клеток. Если нет, вы можете вручную ввести коэффициент размера ячейки при построении «базисной матрицы».

• Подобные типы клеток: существуют ли типы клеток, которые потенциально могут запутать анализ? Например, типы клеток, которые имеют очень похожие профили /маркерные гены.

• Отсутствуют основные типы ячеек / технические проблемы: ожидаете ли вы, что процедура секвенирования изменит большое значение в объеме и SC. Даже техника такая же? Иногда ссылки на одно ячейки могут потерять информацию для некоторых типов ячеек. Например, в ваших объемных образцах есть жировые клетки, но почему -то у вас их нет для данных с одной ячейкой.

• Деконволюция с использованием одного эталонного набора данных: вы пытались использовать один справочный набор данных, чтобы проверить, имеют ли результаты в целом? Я вижу, ты пробовал бисквит. Вы пробовали другие методы, такие как Cibersortx? Если результаты других методов деконволюции «одноразовый» деконволюции имеют больше смысла, то вы можете ввести их непосредственно, используя наш ансамбль.