الصفحة الرئيسية>المتعلقة بالبرمجة>شفرة المصدر الأخرى
تنزيل

SCDC: Deconvondation التعبير الجيني السائبة بواسطة مراجع تسلسل RNA أحادية الخلية متعددة

SCDC هي طريقة deconvolution لـ Bulk RNA-seq التي تستفيد من تعبيرات جينات محددة من نوع الخلية من مجموعات بيانات مرجعية متعددة SCRNA-seq . تعتمد SCDC طريقة فرقة لدمج نتائج Deconvolution من مجموعات بيانات SCRNA-SEQ المختلفة التي يتم إنتاجها في مختبرات مختلفة وفي أوقات مختلفة ، معالجة ضمنيًا تأثير الدُفعات.

إطار SCDC

اقتباس

Meichen Dong ، Aatish Thennavan ، Eugene Urruteria ، Yun Li ، Charles M Perou ، Fei Zou ، Yuchao Jiang ، SCDC: تعبير الجانبية بالجملة من خلال مراجع تسلسل الحمض النووي الريبي المفرد من الخلية الواحدة ، والإحاطات في المعلوماتية الحيوية ، ، BBZ166 ، HTTPS: // DOI. ORG/10.1093/BIB/BBZ166

الترخيص: معهد ماساتشوستس للتكنولوجيا

تثبيت

يمكنك تثبيت الإصدار الذي تم إصداره من SCDC من Github مع:

 إذا (! تتطلب ("devtools")) {
  install.packages ("devtools")
} devtools :: install_github ("Meichendong/SCDC")

يمكن حل مشكلة حزمة التبعية فيما يتعلق بـ "XBIOC" بواسطة:

 install.packages ("Remotes") عن بعد:

المقالات القصيرة

يرجى الاطلاع على صفحة المقالات القصيرة.

يتم نشر ورقة SCDC في إحاطات في المعلوماتية الحيوية.

يمكن إرسال الأسئلة المتعلقة بالحزمة عبر البريد الإلكتروني إلى: [email protected]

الأسئلة الشائعة / الملاحظات

  • عندما يكون هناك فقط "موضوع/فردي" في مجموعة بيانات الخلية الواحدة ، يرجى استخدام وظائف SCDC_qc_ONE() ، SCDC_prop_ONE() .

الجوانب التي يمكن أن تؤثر على نتائج عدم التوافق:

  • تنسيق البيانات: هل عينات خلية واحدة وخلايا واحدة من التهم الخام / نفس التنسيق؟ نتوقع أن يكون تنسيق البيانات متسقًا وقابل للمقارنة.

  • تصفية الجينات: هل قمت بتصفية الجينات المعبر عنها في جينات / جينات الريبوسوم / الجينات الميتوكوندريا؟ قد تؤثر هذه الجينات على تحليل المصب.

  • حجم الخلية وعوامل حجم المكتبة: بالنسبة لخلية واحدة ، هل تعتقد أن مجموع جميع تعدادات الجينات (حجم المكتبة) يمكن أن يعكس حجم الخلية الحقيقي؟ هذا أحد افتراضاتنا: يمكن أن تعكس نسبة أحجام المكتبة بين أنواع الخلايا نسبة أحجام الخلايا الحقيقية بين أنواع الخلايا. إذا لم يكن الأمر كذلك ، يمكنك إدخال عامل حجم الخلية يدويًا عند بناء "مصفوفة الأساس".

  • أنواع الخلايا المماثلة: هل هناك أنواع خلايا يمكن أن تربك التحليل؟ على سبيل المثال ، أنواع الخلايا التي لها ملفات تعريف متشابهة /جينات علامة.

  • فقدان أنواع الخلايا / المشكلات الفنية الرئيسية: هل تتوقع أن يحدث إجراء التسلسل فرقًا كبيرًا في الجزء الأكبر و SC حتى التقنية هي نفسها؟ في بعض الأحيان قد تفقد بيانات مرجعية خلية واحدة معلومات لبعض أنواع الخلايا. على سبيل المثال ، هناك خلايا دهنية في عيناتك بالجملة ، ولكن بطريقة ما لا تملكها لبيانات الخلية المفردة.

  • Deconvolution باستخدام مجموعة بيانات مرجعية واحدة: هل حاولت استخدام مجموعة بيانات مرجعية واحدة لاختبار ما إذا كانت النتائج منطقية بشكل عام؟ أرى أنك حاولت bisque. هل جربت طرقًا أخرى مثل Cibersortx؟ إذا كانت النتائج من أساليب deconvolution الأخرى "المرجعية الواحدة" أكثر منطقية ، فيمكنك إدخالها مباشرة باستخدام خطوة المجموعة الخاصة بنا.

يوسع
معلومات إضافية
تطبيقات ذات صلة
نوصي لك
أخبار ذات صلة الكل