SCDC
1.0.0
SCDC는 다수의 SCRNA-Seq 참조 데이터 세트 에서 세포 유형 특이 유전자 발현을 활용하는 벌크 RNA-Seq에 대한 디컨 볼 루션 방법이다. SCDC는 앙상블 방법을 채택하여 다른 실험실에서 생성되는 다른 SCRNA-Seq 데이터 세트에서 Deconvolution 결과를 통합하여 다른 시간에 배치 효과 혼동을 암시 적으로 해결합니다.
Meichen Dong, Aatish Thennavan, Eugene Urrutia, Yun Li, Charles M Perou, Fei Zou, Yuchao Jiang, SCDC : 다수의 단일 세포 RNA 시퀀싱 참조에 의한 벌크 유전자 발현 디 콘 볼 루션, 생물 정보학 브리핑,, BBZ166, HTTPS : // doi. org/10.1093/bib/bbz166
라이센스 : MIT
github에서 릴리스 된 SCDC 버전을 다음과 같이 설치할 수 있습니다.
if (! Quesure ( "devtools")) {
install.packages ( "DevTools")
} devTools :: install_github ( "meichendong/scdc")'XBIOC'에 관한 종속성 패키지 문제는 다음과 같이 해결할 수 있습니다.
install.packages ( "Remotes") Remotes :: install_github ( "renozao/xbioc")
비네팅 페이지를 참조하십시오.
SCDC 용지는 생물 정보학 브리핑에 출판됩니다.
패키지에 관한 질문은 다음과 같이 이메일을 할 수 있습니다 : [email protected]
단일 셀 데이터 세트에 '하나의 주제/개인'만 있으면 SCDC_qc_ONE() , SCDC_prop_ONE() 함수를 사용하십시오.
디컨 볼 루션 결과에 영향을 줄 수있는 측면 :
데이터 형식 : 벌크 및 단일 셀 샘플이 모두 원시 수 / 동일한 형식입니까? 우리는 데이터 형식이 일관되고 비교할 것으로 기대합니다.
유전자 필터링 : 낮은 발현 유전자 / 리보솜 유전자 / 미토콘드리아 유전자를 여과 했습니까? 이들 유전자는 다운 스트림 분석에 영향을 줄 수있다.
세포 크기 및 라이브러리 크기 요인 : 단일 세포의 경우 모든 유전자 수 (라이브러리 크기)의 합이 실제 세포 크기를 반영 할 수 있다고 생각하십니까? 이것은 우리의 가정 중 하나입니다. 세포 유형 사이의 라이브러리 크기의 비율은 세포 유형 사이의 실제 세포 크기의 비율을 반영 할 수 있습니다. 그렇지 않은 경우 "기본 행렬"을 구성 할 때 셀 크기 계수를 수동으로 입력 할 수 있습니다.
유사한 세포 유형 : 분석을 잠재적으로 혼란스럽게 할 수있는 세포 유형이 있습니까? 예를 들어, 매우 유사한 프로파일 /마커 유전자를 갖는 세포 유형.
주요 셀 유형 / 기술 문제 누락 : 시퀀싱 절차가 대량과 SC에 큰 차이를 만들 것으로 기대합니까? 때로는 단일 세포 참조 데이터가 일부 세포 유형에 대한 정보를 잃을 수 있습니다. 예를 들어, 벌크 샘플에 지방 세포가 있지만 어떻게 든 단일 셀 데이터에 대한 것이 없습니다.
단일 참조 데이터 세트를 사용하는 Deconvolution : 결과가 일반적으로 의미가 있는지 테스트하기 위해 하나의 참조 데이터 세트를 사용하려고 했습니까? 나는 당신이 비스크를 사용해 보았습니다. cibersortx와 같은 다른 방법을 사용해 보셨습니까? 다른 "일회성"Deconvolution 방법의 결과가 더 합리적이라면 앙상블 단계를 사용하여 직접 입력 할 수 있습니다.
