cortix

Cortix

Uma biblioteca Python para modelagem de dinâmica de rede e simulação HPC.

• Exemplos de notebooks de Cortix em Jupyter
• Documentação na web

O que é Cortix?

• A Cortix é uma biblioteca Python massivamente paralela para acoplamento, execução e análise de módulos no nível do sistema de modelos de sistemas dinâmicos que trocam dados dependentes do tempo.
• A Cortix toma como entrada uma coleção de módulos computacionais e fornece um ambiente para o acoplamento desses módulos em uma única simulação.
• Suportes da Cortix:
  • Módulo desacoplamento
  • Comunicação entre módulos
  • Visualização de dados
• A Cortix é executada em cima do MPI e escala em muitos núcleos.

Instalação: Comece instalando MPI

Instalando via Pypi

 pip install --user cortix

Se atualizar para uma nova versão, pode ser necessário especificar a versão

 pip install --user cortix=="<version>"

NB: Isso não instalará os executáveis ​​GraphViz, mas apenas o invólucro Python. Instale a biblioteca GraphViz no seu sistema.

Instalação via conda

Em um ambiente Anaconda (o Terminal MacOS Conde ou Windows Anaconda PowerShell) faz:

 pip install cortix
conda install graphviz

Se atualizar para uma nova versão, pode ser necessário especificar a versão

 pip install cortix=="<version>"

Instalação da fonte

1. Clone este repositório para instalar a versão mais recente do Cortix

 git clone https://github.com/dpploy/cortix.git

2. Instale as dependências necessárias listadas nos requirements.txt

 pip install --user -r cortix/requirements.txt

3. Adicione o caminho dos pais cortix à sua variável $PYTHONPATH

 export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:$(pwd)

Nota: Você pode querer adicionar esta linha ao seu .bashrc para que seja persistente

Verifique a instalação da sua Cortix executando o exemplo de gotpeta

 mpiexec -n xx examples/run_droplet_swirl.py

onde xx é o número de processos MPI que devem corresponder ao número de módulos mais 1. Se houver 10 gotículas e 1 vórtice, use $ xx = 12 $ .

Teste

Os testes são facilitados pelo Pytest. Os testes podem ser executados localmente a partir do diretório tests

 cd tests && py.test

Usando Cortix

Consulte a documentação para saber mais sobre como começar!

Equipe

• Valmor F. de Almeida: [email protected]
• Taha M. Azzaoui: [email protected]
• Seamus D. Gallagher: [email protected]
• Austin Rotker: [email protected]
• Gilberto E. Alas: [email protected]

Contribuindo

Solicitações de tração são bem -vindas. Para grandes mudanças, abra um problema primeiro para discutir o que você gostaria de mudar.

Certifique -se de atualizar os testes conforme apropriado.

Localização

Grupo Cortix

c/o Hub de inovação Umass

110 Canal St., 3º andar

Lowell, MA 01852