cortix

Cortix

Una biblioteca de Python para modelado de dinámica de red y simulación HPC.

• Cortix en Jupyter Notebook Ejemplos
• Documentación en la web

¿Qué es Cortix?

• Cortix es una biblioteca de Python masivamente paralela para acoplamiento, ejecución y análisis de módulos a nivel de sistema que intercambian datos dependientes del tiempo.
• Cortix toma como entrada una colección de módulos computacionales y proporciona un entorno para el acoplamiento de estos módulos en una sola simulación.
• Cortix admite:
  • Desacoplamiento del módulo
  • Comunicación entre módulos
  • Visualización de datos
• Cortix corre sobre MPI y escala en muchos núcleos.

Instalación: Comience por instalar MPI

Instalación a través de PYPI

 pip install --user cortix

Si se actualiza a una nueva versión, es posible que deba especificar la versión

 pip install --user cortix=="<version>"

NB: Esto no instalará los ejecutables GraphViz sino solo el envoltorio de Python. Instale la biblioteca GraphViz en su sistema usted mismo.

Instalación a través de Conda

En un entorno Anaconda (Conda terminal MacOS, o Windows Anaconda PowerShell) do:

 pip install cortix
conda install graphviz

Si se actualiza a una nueva versión, es posible que deba especificar la versión

 pip install cortix=="<version>"

Instalación desde la fuente

1. Clon este repositorio para instalar la última versión de Cortix

 git clone https://github.com/dpploy/cortix.git

2. Instale las dependencias requeridas enumeradas en requirements.txt

 pip install --user -r cortix/requirements.txt

3. Agregue la ruta principal de cortix a su variable $PYTHONPATH

 export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:$(pwd)

Nota: es posible que desee agregar esta línea a su .bashrc para que sea persistente

Verifique su instalación de Cortix ejecutando el ejemplo de gotas

 mpiexec -n xx examples/run_droplet_swirl.py

donde xx es el número de procesos MPI que deben coincidir con el número de módulos más 1. Si hay 10 gotas y 1 vórtice, use $ xx = 12 $ .

Pruebas

Pytest facilita las pruebas. Las pruebas se pueden ejecutar localmente desde el directorio tests

 cd tests && py.test

Usando Cortix

¡Consulte la documentación para obtener más información sobre cómo comenzar!

Equipo

• Valmor F. de Almeida: [email protected]
• Taha M. Azzaoui: [email protected]
• Seamus D. Gallagher: [email protected]
• Austin Rotker: [email protected]
• Gilberto E. Alas: [email protected]

Que contribuye

Las solicitudes de extracción son bienvenidas. Para cambios importantes, abra primero un problema para discutir lo que le gustaría cambiar.

Asegúrese de actualizar las pruebas según corresponda.

Ubicación

Grupo Cortix

c/o UMass Innovation Hub

110 Canal St., 3er piso

Lowell, MA 01852