cortix

Cortix

Une bibliothèque Python pour la modélisation de la dynamique du réseau et la simulation HPC.

• Cortix sur Jupyter Notebook Exemples
• Documentation sur le Web

Qu'est-ce que Cortix?

• Cortix est une bibliothèque Python massivement parallèle pour le couplage, l'exécution et l'analyse des modules au niveau du système de modèles de systèmes dynamiques qui échangent des données dépendant du temps.
• Cortix prend en entrée une collection de modules de calcul et fournit un environnement pour le couplage de ces modules en une seule simulation.
• Cortix supporte:
  • Découplage du module
  • Communication entre les modules
  • Visualisation des données
• Cortix se déroule sur le MPI et les échelles à travers de nombreux noyaux.

Installation: Démarrez par installation MPI

Installation via PYPI

 pip install --user cortix

Si la mise à jour d'une nouvelle version, vous devrez peut-être spécifier la version

 pip install --user cortix=="<version>"

NB: Cela n'installera pas les exécutables Graphviz mais seulement le wrapper Python. Installez vous-même la bibliothèque Graphviz sur votre système.

Installation via conda

Dans un environnement Anaconda (macOS Terminal conda, ou Windows Anaconda PowerShell) faire:

 pip install cortix
conda install graphviz

Si la mise à jour d'une nouvelle version, vous devrez peut-être spécifier la version

 pip install cortix=="<version>"

Installation à partir de la source

1. Clone ce référentiel pour installer la dernière version de Cortix

 git clone https://github.com/dpploy/cortix.git

2. Installez les dépendances requises répertoriées dans requirements.txt

 pip install --user -r cortix/requirements.txt

3. Ajoutez le chemin parent de cortix à votre variable $PYTHONPATH

 export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:$(pwd)

Remarque: vous voudrez peut-être ajouter cette ligne à votre .bashrc pour que ce soit persistant

Vérifiez votre installation Cortix en exécutant l'exemple de droplet

 mpiexec -n xx examples/run_droplet_swirl.py

où xx est le nombre de processus MPI qui doivent correspondre au nombre de modules plus 1. S'il y a 10 gouttelettes et 1 vortex, utilisez $ xx = 12 $ .

Essai

Les tests sont facilitées par Pytest. Les tests peuvent être exécutés localement à partir du répertoire tests

 cd tests && py.test

Utilisation du cortix

Veuillez vous référer à la documentation pour en savoir plus sur le démarrage!

Équipe

• Valmor F. de Almeida: [email protected]
• Taha M. Azzaoui: [email protected]
• Seamus D. Gallagher: [email protected]
• Austin Rotker: [email protected]
• Gilberto E. Alas: [email protected]

Contributif

Les demandes de traction sont les bienvenues. Pour les changements majeurs, veuillez d'abord ouvrir un problème pour discuter de ce que vous souhaitez changer.

Assurez-vous de mettre à jour les tests, le cas échéant.

Emplacement

Groupe Cortix

C / O UMass Innovation Hub

110 Canal St., 3e étage

Lowell, MA 01852