cortix

コルチ

ネットワークダイナミクスモデリングとHPCシミュレーション用のPythonライブラリ。

• Jupyterノートブックの例のコート
• ウェブ上のドキュメント

Cortixとは何ですか？

• Cortixは、時間依存データを交換する動的システムモデルのカップリング、実行、および分析のための非常に並列Pythonライブラリです。
• Cortixは、計算モジュールのコレクションを入力し、これらのモジュールを単一のシミュレーションに結合するための環境を提供します。
• Cortixがサポートしています：
  • モジュール分離
  • モジュール間の通信
  • データの視覚化
• CortixはMPIの上で実行され、多くのコアでスケールを実行します。

インストール：MPIのインストールから始めます

Pypi経由でインストールします

 pip install --user cortix

新しいバージョンに更新する場合は、バージョンを指定する必要がある場合があります

 pip install --user cortix=="<version>"

NB：これは、GraphViz実行可能ファイルではなく、Pythonラッパーのみをインストールします。システムにGraphVizライブラリを自分でインストールします。

コンドラ経由でインストールします

Anaconda環境（Macosターミナルコンドラ、またはWindows Anaconda Powershell）では：

 pip install cortix
conda install graphviz

新しいバージョンに更新する場合は、バージョンを指定する必要がある場合があります

 pip install cortix=="<version>"

ソースからインストール

1. このリポジトリをクローンして、最新バージョンのcortixをインストールします

 git clone https://github.com/dpploy/cortix.git

2. requirements.txtにリストされている必要な依存関係をインストールします。txt

 pip install --user -r cortix/requirements.txt

3. cortixの親パスを$PYTHONPATH変数に追加します

 export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:$(pwd)

注：この行が永続的になるために、この行を.bashrcに追加することをお勧めします

液滴の例を実行して、Cortixインストールを確認します

 mpiexec -n xx examples/run_droplet_swirl.py

ここで、XXはモジュールの数と1に一致する必要があるMPIプロセスの数です。10滴と1つの渦がある場合は、使用してください。 $ xx = 12 $ 。

テスト

テストはpytestによって促進されます。テストは、 testsディレクトリ内からローカルに実行できます

 cd tests && py.test

Cortixを使用します

開始の詳細については、ドキュメントを参照してください！

チーム

• Valmor F. de Almeida：[email protected]
• Taha M. Azzaoui：[email protected]
• Seamus D. Gallagher：seamus_gallagher@s​​tudent.uml.edu
• Austin Rotker：[email protected]
• ギルベルトE.アラス：[email protected]

貢献

プルリクエストは大歓迎です。大きな変更については、最初に問題を開いて、何を変えたいかを議論してください。

必要に応じて、必ずテストを更新してください。

位置

Cortixグループ

c/o umassイノベーションハブ

110 Canal St.、3階

ローウェル、マサチューセッツ州01852