ClusterProfShinyGSEA

ClusterProfshinygsea

• ClusterProfiler 유전자 세트 강화 분석 R 반짝입니다
• 이것은 NASQAR Toolbox의 일부입니다
• 사전 인쇄 : NASQAR : 고 처리량 시퀀싱 데이터 분석 및 시각화를위한 웹 기반 플랫폼

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이것은 인기있는 ClusterProfiler 패키지를 래핑하는 웹 기반 대화식 응용 프로그램으로, 게놈 좌표, 유전자 및 유전자 클러스터의 기능 프로파일을 분석하고 시각화하는 방법을 구현합니다.

사용자는 DESEQ2 에서 자신의 미분 유전자 발현 (DGE) 데이터를 업로드하거나 업스트림 DESEQ2SHINY 앱에서 데이터 가져 오기를 업로드 할 수 있습니다.

이 응용 프로그램을 사용하면 Go-Terms 및 Kegg 경로의 빠르고 쉬운 유전자 세트 강화 분석 (GSEA)을 허용합니다.

이는 연구자들이 RNA-Seq 데이터에 대한 GSEA를 쉽게 업로드하고 수행 할 수 있는 직관적 인 인터페이스를 제공하여 R의 사전 프로그래밍 지식없이 대화식으로 상호 작용할 수 있습니다.

제작 된 영상에는 도트 플롯, 카테고리 네트 플롯, 농축 맵 플롯, GO 유도 그래프, GSEA 플롯 및 PathView 패키지를 사용하여 농축 된 KEGG Pathway 플롯이 포함됩니다.

응용 프로그램은이 자습서를 따릅니다

예를 들어 출력 플롯을 참조하십시오.

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입력 데이터 유형

이 응용 프로그램은 다음 유형의 입력 데이터를 수용합니다.

1. 예제 데이터 (데모) :

• 데모 목적으로 "예제 데이터"를 선택할 수 있습니다.

• 나중에 단계를 따라 앱에 익숙해지기 위해 튜토리얼 미러링 분석을 실행할 수 있습니다.

2. 자신의 데이터 업로드 (유전자 수) :

• 미분 유전자 발현 (DGE) 데이터를 포함하는 .CSV/.TXT 파일

• 예를 들어. deseq2의 출력

• 파일은 쉼표 또는 탭이 구분 될 수 있습니다

• 필요한 열은 유전자 이름/ID, Log2 Fold Change, P- 조정 값 입니다.

• 위의 필수 열과 일치하는 열 이름을 선택해야합니다.

• 샘플 파일을 보려면 여기를 클릭하십시오

그림 2 : 예를 들어. DGE 데이터 파일

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결과를 실행하십시오

1. 데이터 출력

출력 결과는 표시 및/또는 다운로드 가능합니다.

• 농축 결과 테이블
• Enrichkegg 결과 테이블

2. 시각화

GO/KEGG에 대한 다양한 형태의 시각화가 포함되어 있습니다.

• 바 플롯
• 도트 플롯
• 강화 플롯 맵
• 강화 된 GO 유도 그래프 (Goplot, Go Only)
• 강화 된 GO 유도 그래프 (CNETPLOT)
• PathView Plots (kegg)

감사의 말 :

• Guangchuangyu/ClusterProfiler

• Mohammed Khalfan- 유전자 세트 강화 튜토리얼