الصفحة الرئيسية>موارد بناء الموقع>بيانات الموقع
تنزيل

clusterprofshinygsea

  • مجموعة الجينات الجينية مجموعة إثراء مجموعة لامعة
  • هذا جزء من صندوق أدوات Nasqar
  • ما قبل الطباعة: NASQAR: منصة قائمة على الويب لتحليل بيانات التسلسل عالي الإنتاجية وتصورها

هذا تطبيق تفاعلي يعتمد على الويب يلف حزمة ClusterProfiler الشائعة التي تنفذ طرقًا لتحليل وتصور الملامح الوظيفية للإحداثيات الجينية ، مجموعات الجينات والجينات.

يمكن للمستخدمين تحميل بيانات تعبير الجينات التفاضلي (DGE) من DESEQ2 أو استيراد بيانات من تطبيق DESEQ2Shiny OPSEREAM.

يسمح هذا التطبيق بتحليل إثراء الجينات السريع والسهل (GSEA) من مسارات GO-Terms و Kegg.

يُقصد به توفير واجهة بديهية للباحثين لتحميل وتنفيذ GSEA بسهولة على بيانات RNA-seq بشكل تفاعلي مع عدم وجود معرفة سابقة في البرمجة في R.

تشمل الصور المرئية المنتجة مخططات نقاط ، وقطع مخططات صافية ، ومؤامرات خريطة الإثراء ، والرسوم البيانية المستحثة ، ومؤامرات GSEA ، ومخططات مسار KEGG المخصب باستخدام حزمة PathView .

يتبع التطبيق هذا البرنامج التعليمي

انظر أدناه على سبيل المثال مخططات الإخراج.

سير العمل

أنواع بيانات الإدخال

يقبل هذا التطبيق الأنواع التالية من بيانات الإدخال:

1. مثال البيانات (العرض التوضيحي):

  • لأغراض العرض التجريبي ، يمكنك تحديد "مثال البيانات"

  • يمكنك اتباع الخطوات بعد ذلك لتشغيل التحليل الذي يعكس البرنامج التعليمي من أجل التعرف على التطبيق

2. قم بتحميل البيانات الخاصة بك (تعداد الجينات):

  • ملف .csv/.txt يحتوي على جدول بيانات التعبير الجيني التفاضلي (DGE)

  • على سبيل المثال. إخراج DESEQ2

  • يمكن أن يكون الملف إما فاصلة أو علامة تبويب محددة

  • الأعمدة المطلوبة هي اسم الجين/المعرف ، وتغيير log2 أضعاف ، قيم المعدل p

  • سيكون عليك تحديد أسماء الأعمدة التي تتطابق مع الأعمدة المطلوبة أعلاه

  • للحصول على نموذج ملف ، انقر هنا

الشكل 2: على سبيل المثال. ملف بيانات DGE

نموذج الملف

تشغيل النتائج

1. إخراج البيانات

سيتم عرض نتائج الإخراج و/أو يمكن تنزيلها

  • جدول نتائج الإثراء
  • جدول نتائج إثبات

2. التصور

يتم تضمين أشكال مختلفة من التصورات إما لـ GO/KEGG:

  • مؤامرة بار
  • مؤامرة نقطة
  • خريطة مؤامرة الإثراء
  • الرسم البياني المستحث GO المخصب (Goplot ، اذهب فقط)
  • الرسم البياني المستحث GO المخصب (CNETPlot)
  • مؤامرات Pathview (Kegg)

شكر وتقدير:

  • Guangchuangyu/clusterprofiler

  • محمد خلفان - برنامج إثراء مجموعة الجينات

يوسع
معلومات إضافية
تطبيقات ذات صلة
نوصي لك
أخبار ذات صلة الكل