ClusterProfShinyGSEA

Clusterprofshinygsea

• Análisis de enriquecimiento del conjunto de genes del clusterprofiler r brillante
• Esta es una parte de la caja de herramientas de Nasqar
• Pre-impresión: NASQAR: una plataforma basada en la web para análisis y visualización de datos de secuenciación de alto rendimiento

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Esta es una aplicación interactiva basada en la web que envuelve el popular paquete ClusterProfiler que implementa métodos para analizar y visualizar perfiles funcionales de coordenadas genómicas, clústeres de genes y genes.

Los usuarios pueden cargar sus propios datos de expresión génica diferencial (DGE) de DESEQ2 o importar datos de la aplicación DESEQ2SHINY aguas arriba.

Esta aplicación permite un análisis de enriquecimiento de genes de genes rápidos y fácil (GSEA) de las vías GO-Terms y Kegg.

Está destinado a proporcionar una interfaz intuitiva para que los investigadores carguen fácilmente y realicen GSEA en los datos de RNA-seq de manera interactiva sin conocimiento previo de programación en R.

Las imágenes producidas incluyen gráficos de puntos, gráficos de red de categoría, gráficos de mapas de enriquecimiento, gráficos inducidos por GO, gráficos de GSEA y gráficos de vía Kegg enriquecidos utilizando el paquete PathView .

La aplicación sigue este tutorial

Consulte a continuación, por ejemplo, los gráficos de salida.

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Tipos de datos de entrada

Esta aplicación acepta los siguientes tipos de datos de entrada:

1. Datos de ejemplo (demostración):

• Para fines de demostración, puede seleccionar "datos de ejemplo"

• Puede seguir los pasos después para ejecutar el análisis que refleja el tutorial para familiarizarse con la aplicación.

2. Cargue sus propios datos (recuentos de genes):

• Un archivo .csv/.txt que contiene una tabla de datos de expresión génica diferencial (DGE)

• P.ej. la salida de DESEQ2

• El archivo puede ser delimitado por coma o pestaña

• Las columnas requeridas son el nombre del gen/ID, el cambio de log2 plegable, los valores ajustados por P

• Tendrá que seleccionar los nombres de la columna que coincidan con las columnas requeridas anteriormente

• Para un archivo de muestra, haga clic aquí

Figura 2: Eg. Archivo de datos DGE

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Ejecutar resultados

1. Salida de datos

Los resultados de la salida se mostrarán y/o se puede descargar

• Tabla de resultados de Enrichgo
• Tabla de resultados de enriqueza

2. Visualización

Se incluyen varias formas de visualizaciones para GO/KEGG:

• Trama de barra
• Trama de puntos
• Mapa de la trama de enriquecimiento
• Gráfico inducido por GO enriquecido (goplot, solo ir)
• Gráfico inducido por GO enriquecido (CNETPLOT)
• PathView Pots (Kegg)

Expresiones de gratitud:

• Guangchuangyu/clusterprofiler

• Mohammed Khalfan - Tutorial de enriquecimiento del conjunto de genes