หน้าแรก>แหล่งข้อมูลการสร้างเว็บไซต์>ข้อมูลเว็บไซต์
ดาวน์โหลด

Clusterprofshinygsea

  • ClusterProfiler Gene Set Analysis การวิเคราะห์การเพิ่มประสิทธิภาพ R Shiny
  • นี่เป็นส่วนหนึ่งของกล่องเครื่องมือ Nasqar
  • พิมพ์ล่วงหน้า: NASQAR: แพลตฟอร์มบนเว็บสำหรับการวิเคราะห์และสร้างภาพข้อมูลลำดับสูง

นี่คือแอปพลิเคชั่นแบบโต้ตอบบนเว็บที่ห่อหุ้มแพ็คเกจ ClusterProfiler ยอดนิยมซึ่งใช้วิธีการในการวิเคราะห์และแสดงภาพโปรไฟล์การทำงานของพิกัดจีโนม, ยีนและกลุ่มยีน

ผู้ใช้สามารถอัปโหลดข้อมูลการแสดงออกของยีนที่แตกต่างกัน (DGE) จาก DESEQ2 หรือนำเข้าข้อมูลจากแอพ Upstream Deseq2Shiny

แอพนี้ช่วยให้ การวิเคราะห์การเพิ่มประสิทธิภาพของยีนที่รวดเร็วและง่ายดาย (GSEA) ของเส้นทาง Go-terms และ Kegg

มันมีไว้เพื่อให้อินเทอร์เฟซที่ใช้งานง่ายสำหรับนักวิจัยใน การอัปโหลดและดำเนินการ GSEA บนข้อมูล RNA-seq ได้อย่างง่ายดายโดยไม่มีความรู้การเขียนโปรแกรมก่อนหน้าใน R.

ภาพที่ผลิต ได้แก่ พล็อต DOT, หมวดหมู่สุทธิ, พล็อตแผนที่การตกแต่ง, กราฟที่เหนี่ยวนำ, GSEA และพล็อตเส้นทาง KEGG ที่ได้รับการตกแต่งโดยใช้ แพ็คเกจ PathView

แอปพลิเคชันติดตามบทช่วยสอนนี้

ดูด้านล่างตัวอย่างเช่นพล็อตเอาท์พุท

เวิร์กโฟลว์

ชนิดข้อมูลอินพุต

แอปพลิเคชันนี้ยอมรับข้อมูลอินพุตประเภทต่อไปนี้:

1. ตัวอย่างข้อมูล (ตัวอย่าง):

  • เพื่อวัตถุประสงค์ในการสาธิตคุณสามารถเลือก "ตัวอย่างข้อมูล"

  • คุณสามารถทำตามขั้นตอนหลังจากนั้นเพื่อเรียกใช้การวิเคราะห์ที่สะท้อนการสอนเพื่อทำความคุ้นเคยกับแอป

2. อัปโหลดข้อมูลของคุณเอง (นับยีน):

  • ไฟล์. csv/.txt ที่มี ตารางข้อมูลการแสดงออกของยีน (DGE)

  • เช่น เอาต์พุตของ deseq2

  • ไฟล์สามารถเป็น เครื่องหมายจุลภาคหรือแท็บคั่น

  • คอลัมน์ที่ต้องการคือ ชื่อยีน/id, การเปลี่ยนแปลงการพับ log2, ค่า p-adjusted

  • คุณจะต้องเลือกชื่อคอลัมน์ที่ตรงกับคอลัมน์ที่ต้องการข้างต้น

  • สำหรับไฟล์ตัวอย่างคลิกที่นี่

รูปที่ 2: เช่น ไฟล์ข้อมูล DGE

ไฟล์ตัวอย่าง

รันผลลัพธ์

1. เอาต์พุตข้อมูล

ผลลัพธ์ผลลัพธ์จะปรากฏขึ้นและ/หรือสามารถดาวน์โหลดได้

  • ตารางผลลัพธ์
  • ตารางผลลัพธ์ Enrichkegg

2. การสร้างภาพ

การสร้างภาพรูปแบบต่าง ๆ รวมอยู่ใน GO/KEGG:

  • พล็อตบาร์
  • พล็อตจุด
  • แผนที่พล็อต
  • กราฟที่เหนี่ยวนำให้เกิดขึ้น (goplot, ไปเท่านั้น)
  • GO กราฟ GO ที่ได้รับการเสริมสมรรถนะ (CNETPLOT)
  • PathView Plots (KEGG)

กิตติกรรมประกาศ:

  • guangchuangyu/clusterprofiler

  • Mohammed Khalfan - การสอนการเสริมสร้างชุดยีน

ขยาย
ข้อมูลเพิ่มเติม
แอปที่เกี่ยวข้อง
แนะนำสำหรับคุณ
ข้อมูลที่เกี่ยวข้อง ทั้งหมด