ClusterProfShinyGSEA

clusterprofshinygsea

• clusterProfiler基因集富集分析r光澤
• 這是納斯卡工具箱的一部分
• 預印：納斯卡：一個基於網絡的高通量測序數據分析和可視化的平台

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這是一個基於Web的交互式應用程序，它包裹了流行的ClusterProfiler軟件包，該軟件包實現了分析和可視化基因組坐標，基因和基因簇的功能分佈的方法。

用戶可以從DESEQ2上傳自己的差異基因表達（DGE）數據，也可以從上游DESEQ2SHINY應用程序導入數據。

該應用程序允許對GO-TERMS和KEGG途徑進行快速簡便的基因集富集分析（GSEA） 。

它旨在為研究人員提供一個直觀的界面，以便在RNN。

產生的視覺效果包括點圖，類別淨圖，富集地圖圖，GO誘導圖，GSEA圖以及使用PathView軟件包富集的KEGG途徑圖。

該申請遵循本教程

請參閱下面的輸出圖。

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輸入數據類型

本應用程序接受以下類型的輸入數據：

1。示例數據（演示）：

• 出於演示目的，您可以選擇“示例數據”

• 您可以按後按照步驟運行鏡像教程的分析，以熟悉該應用

2。上傳您自己的數據（基因計數）：

• 一個.csv/.txt文件，其中包含一個差分基因表達式（DGE）數據表

• 例如。 DESEQ2的輸出

• 該文件可以是逗號或選項卡

• 所需的列是基因名稱/ID，log2折疊更改，p調整值

• 您將必須選擇匹配上面必需列的列名

• 對於示例文件，請單擊此處

圖2：例如。 DGE數據文件

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運行結果

1。數據輸出

輸出結果將顯示和/或可下載

• 富集結果表
• 富集結果表

2。可視化

對於go/kegg，包括各種形式的可視化：

• 吧台圖
• 點圖
• 富集圖圖
• 富集的GO誘導圖（Goplot，僅GO）
• 富集的GO誘導圖（CNETPLOT）
• PATHVIEW圖（KEGG）

致謝：

• 廣琴/群集生產商

• Mohammed Khalfan-基因集富集教程