ClusterProfShinyGSEA

ClusterProfshinygsea

• ClusterProfiler Gene Set entrichment Analysis r Shiny
• これは、Nasqarツールボックスの一部です
• プリプリント：NASQAR：ハイスループットシーケンスデータ分析と視覚化のためのWebベースのプラットフォーム

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これは、ゲノム座標、遺伝子、および遺伝子クラスターの機能プロファイルを分析および視覚化する方法を実装する人気のあるClusterProfilerパッケージをラップするWebベースのインタラクティブアプリケーションです。

ユーザーは、 DESEQ2から独自の微分遺伝子発現（DGE）データをアップロードしたり、上流のDESEQ2Shinyアプリからデータをインポートしたりできます。

このアプリにより、Go-TermsおよびKegg Pathwaysの迅速かつ簡単な遺伝子セット濃縮分析（GSEA）が可能になります。

研究者がRNA-seqデータでGSEAを簡単にアップロードして実行して、 Rの以前のプログラミング知識なしでインタラクティブに実行するための直感的なインターフェイスを提供することを目的としています。

生成されたビジュアルには、ドットプロット、カテゴリネットプロット、濃縮マッププロット、GO誘導グラフ、GSEAプロット、 PathViewパッケージを使用して濃縮Kegg経路プロットが含まれます。

アプリケーションはこのチュートリアルに従います

以下を参照してください。たとえば、出力プロットを参照してください。

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入力データ型

このアプリケーションは、次の種類の入力データを受け入れます。

1。例データ（デモ）：

• デモの目的では、「データの例」を選択できます。

• その後の手順に従って、アプリに精通するためにチュートリアルをミラーリングする分析を実行できます

2。独自のデータをアップロードします（遺伝子数）：

• 微分遺伝子発現の表（DGE）データを含む.csv/.txtファイル

• 例えば。 DESEQ2の出力

• ファイルは、コンマまたはタブを区切ることができます

• 必要な列は、遺伝子名/ID、log2 foldの変更、p調整値です

• 上記の列に一致する列名を選択する必要があります

• サンプルファイルについては、ここをクリックしてください

図2：例DGEデータファイル

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結果を実行します

1。データ出力

出力の結果は表示されるか、ダウンロード可能です

• 濃縮結果テーブル
• Redichkegg結果テーブル

2。視覚化

go/keggのいずれかの視覚化のさまざまな形態が含まれています。

• バープロット
• ドットプロット
• 濃縮プロットマップ
• 濃縮Go誘導グラフ（Goplot、Goのみ）
• 濃縮ゴー誘導グラフ（cnetplot）
• PathViewプロット（kegg）

謝辞：

• Guangchuangyu/ClusterProfiler

• Mohammed Khalfan-遺伝子セット濃縮チュートリアル