ClusterProfShinyGSEA
1.0.0
Ini adalah aplikasi interaktif berbasis web yang membungkus paket clusterprofiler populer yang mengimplementasikan metode untuk menganalisis dan memvisualisasikan profil fungsional koordinat genomik, gen dan kelompok gen.
Pengguna dapat mengunggah data Ekspresi Gen Diferensial (DGE) mereka sendiri dari DeseQ2 atau mengimpor data dari aplikasi Hulu Deseq2Shiny .
Aplikasi ini memungkinkan untuk analisis pengayaan gen yang cepat dan mudah (GSEA) dari jalur go-term dan KEGG.
Ini dimaksudkan untuk menyediakan antarmuka intuitif bagi para peneliti untuk dengan mudah mengunggah dan melakukan GSEA pada data RNA-seq secara interaktif tanpa pengetahuan pemrograman sebelumnya di R.
Visual yang diproduksi termasuk plot titik, plot bersih kategori, plot peta pengayaan, grafik yang diinduksi GO, plot GSEA, dan plot jalur KEGG yang diperkaya menggunakan paket PathView .
Aplikasi mengikuti tutorial ini
Lihat di bawah misalnya plot output.
Aplikasi ini menerima jenis data input berikut:
Untuk tujuan demo, Anda dapat memilih "Contoh Data"
Anda dapat mengikuti langkah -langkah sesudahnya untuk menjalankan analisis yang mencerminkan tutorial untuk terbiasa dengan aplikasi
File .csv/.txt yang berisi tabel data ekspresi gen diferensial (DGE)
Misalnya. output deseq2
File dapat dibatasi koma atau tab
Kolom yang diperlukan adalah nama/ID gen, perubahan lipatan log2, nilai yang disesuaikan dengan p
Anda harus memilih nama kolom yang cocok dengan kolom yang diperlukan di atas
Untuk file sampel, klik di sini
Gambar 2: mis. File Data DGE
Hasil output akan ditampilkan dan/atau dapat diunduh
Berbagai bentuk visualisasi disertakan untuk Go/Kegg:
Guangchuangyu/clusterprofiler
Mohammed Khalfan - Tutorial Pengayaan Set Gene
