หน้าแรก>การเขียนโปรแกรมที่เกี่ยวข้อง>ซอร์สโค้ดอื่น ๆ
ดาวน์โหลด

แง่มุม

อัลกอริทึมในการใช้ส่วนการคัดลอกส่วนที่เฉพาะเจาะจงและอัลลีลโดยประมาณจากการจัดลำดับเนื้องอก/ปกติ

GitHub Actions CI ( Linux, MacOS & MS Windows ) ครอบคลุมการทดสอบ

คุณสามารถติดตั้งเวอร์ชันปัจจุบัน (พร้อมกับบทความ) โดยใช้คำสั่ง 

 remotes :: install_github( " mskcc/facets " , build_vignettes = TRUE )

PCTGCDATA เป็นแพ็คเกจที่จำเป็น ดังนั้นติดตั้งที่ (ต้องทำเพียงครั้งเดียว) 

 remotes :: install_github( " mskcc/pctGCdata " )

หากคุณได้รับข้อความแสดงข้อผิดพลาดเกี่ยวกับการใช้ pctgcdata 

 remotes :: install_github( " veseshan/pctGCdata " )

หมายเหตุ

2016_11_11 (เวอร์ชัน 0.5.6)

เวอร์ชันใหม่ประมาณระดับอัตราส่วนบันทึกที่สอดคล้องกับสถานะ Diploid มันถูกฝังลงในการโทร Procsample ในแง่ของการใช้แพ็คเกจที่คุณสามารถทำได้: 

 rcmat <- readSnpMatrix( filename , ... )
xx <- preProcSample( rcmat , ... )
# specify cval you like
oo <- procSample( xx , cval = 300 )

และตรงไปที่ 

emcncf( oo )

ตัวเลือก emcncf2(oo) กำหนดโครงสร้างคลัสเตอร์ clonal ขณะนี้ฟังก์ชั่นนี้กำลังทำใหม่ กรุณาใช้ด้วยความระมัดระวัง

เอาท์พุทของ Procsample ตอนนี้มี 4 องค์ประกอบ:

  • jointseg - เหมือนก่อน
  • out - ก่อนหน้านี้มีคอลัมน์เพิ่มเติม 3 คอลัมน์: CF, TCN, LCN
  • dipLogR ตำแหน่งโดยประมาณของค่าอัตราส่วนบันทึกไดอารี่
  • flags - สิ่งนี้แสดงให้เห็นว่าการศึกษาการประชุมสม่ำเสมอนั้นดีหรือไม่

หาก flags เป็นโมฆะจะไม่มีปัญหาที่ชัดเจนกับการประมาณการการศึกษา มันสามารถมีความคิดเห็นอื่นอีกสองข้อ: "MAFR ไม่เล็กพอ" และ "อาจเป็น Polyclonal 1 Copy Loss" อันแรกหมายความว่าไม่มีเซ็กเมนต์ที่มีอัลลีลที่สมดุลเพียงพอและดังนั้นการประมาณการอาจไม่ดี อันที่สองหมายความว่าดูเหมือนว่าจีโนมเป็นสองเท่า กลุ่มระดับล่างเท่านั้นคือ 2+1 และ 2+0 (จาก 2+2); แบบจำลองที่ไม่มีจีโนมเป็นสองเท่า แต่การสูญเสียการคัดลอกครั้งเดียว (1+0 จาก 1+1) ที่มีส่วนต่าง ๆ ของเซลล์ที่แตกต่างกันสองส่วนอาจพอดีได้ดีกว่า

หมายเหตุ: ฉันไม่ได้อ้างว่าฉันได้ครอบคลุมสถานการณ์ที่เป็นไปได้ทั้งหมดที่นำไปสู่การประมาณการการศึกษาที่ไม่ดี หากคุณเจอสิ่งใดที่ดูเหมือนไม่ถูกต้อง แต่ธงเป็นโมฆะแจ้งให้เราทราบ

ขยาย
ข้อมูลเพิ่มเติม
แอปที่เกี่ยวข้อง
แนะนำสำหรับคุณ
ข้อมูลที่เกี่ยวข้อง ทั้งหมด