facets

грани

Алгоритм для реализации оценки числа копий, специфичной для аллелей, по опухоли/нормальному секвенированию.

Тестовое покрытие действий GitHub CI ( Linux, MacOS & MS Windows )

Вы можете установить текущую версию (вместе с виньеткой), используя команду

 remotes :: install_github( " mskcc/facets " , build_vignettes = TRUE )

PCTGCDATA является необходимым пакетом. Так что установите также (нужно сделать только один раз)

 remotes :: install_github( " mskcc/pctGCdata " )

Если вы получите сообщение об ошибке о PCTGCDATA Использование

 remotes :: install_github( " veseshan/pctGCdata " )

ПРИМЕЧАНИЯ

2016_11_11 (версия 0.5.6)

Новая версия оценивает уровень логарифмического уровня, соответствующий диплоидному государству. Он встроен в вызов ProcSample. С точки зрения использования пакета, который вы теперь можете сделать:

 rcmat <- readSnpMatrix( filename , ... )
xx <- preProcSample( rcmat , ... )
# specify cval you like
oo <- procSample( xx , cval = 300 )

И идти прямо к

emcncf( oo )

Опция emcncf2(oo) налагает клональную структуру кластера. Эта функция в настоящее время переработана. Пожалуйста, используйте с осторожностью.

Вывод ProcSample теперь имеет 4 элемента:

• jointseg - такой же, как и раньше
• out - как и раньше с 3 дополнительными столбцами: CF, TCN, LCN
• dipLogR -Расчетное местоположение диплоидной стоимости логарифма
• flags - это дает представление о том, хорошо ли диплогр хорошо.

Если flags являются нулевыми, то никакой очевидной проблемы с оценкой диплогриста. У него могут быть два других комментария: «Мафр недостаточно маленький» и «может быть поликлональной 1 потеря копии». Первый означает, что нет сегментов с достаточно сбалансированными аллелями, и поэтому оценка не может быть великой. Второй означает, что он выглядит как удвоение генома; Единственные сегменты более низкого уровня составляют 2+1 и 2+0 (от 2+2); Модель без удвоения генома, но потерю одной копии (1+0 из 1+1) с двумя различными клеточными фракциями может лучше соответствовать.

Примечание: я не утверждаю, что рассказал о всех возможных сценариях, которые приводят к плохой оценке диплогриста. Если вы сталкиваетесь с чем -то, что кажется не так, но флаги - это NULL, дайте мне знать.