الصفحة الرئيسية>المتعلقة بالبرمجة>شفرة المصدر الأخرى
تنزيل

جوانب

خوارزمية لتنفيذ تقدير رقم النسخة المحددة للكسر والأليل من الورم/التسلسل الطبيعي.

إجراءات GitHub CI ( Linux ، MacOS & MS Windows ) تغطية اختبار

يمكنك تثبيت الإصدار الحالي (جنبًا إلى جنب مع المقالة القصيرة) باستخدام الأمر 

 remotes :: install_github( " mskcc/facets " , build_vignettes = TRUE )

PCTGCDATA هي حزمة مطلوبة. لذلك قم بالتثبيت أيضًا (يجب القيام به مرة واحدة فقط) 

 remotes :: install_github( " mskcc/pctGCdata " )

إذا تلقيت رسالة خطأ حول استخدام PCTGCDATA 

 remotes :: install_github( " veseshan/pctGCdata " )

ملحوظات

2016_11_11 (الإصدار 0.5.6)

يقدّر الإصدار الجديد مستوى نسبة السجل المقابلة لحالة Diploid. يتم تضمينه في مكالمة procsample. فيما يتعلق باستخدام الحزمة التي يمكنك القيام بها الآن: 

 rcmat <- readSnpMatrix( filename , ... )
xx <- preProcSample( rcmat , ... )
# specify cval you like
oo <- procSample( xx , cval = 300 )

وانتقل مباشرة إلى 

emcncf( oo )

يفرض خيار emcncf2(oo) بنية الكتلة النسيلية. يتم إعادة صياغة هذه الوظيفة حاليًا. يرجى استخدام بحذر.

يحتوي إخراج Procsample الآن على 4 عناصر:

  • jointseg - كما كان من قبل
  • out - كما كان من قبل مع 3 أعمدة إضافية: CF ، TCN ، LCN
  • dipLogR الموقع المقدر لقيمة نسبة السجل Diploid
  • flags - وهذا يعطي مؤشرا على ما إذا كان diplogr يقدر جيدا.

إذا كانت flags لاغية ، فلا مشكلة واضحة مع تقدير Diplogr. يمكن أن يكون لها تعليقان أخريان: "Mafr ليس صغيرًا بما فيه الكفاية" و "يمكن أن يكون فقدان نسخة متعددة النسخ". الأول يعني أنه لا توجد شرائح ذات أليلات متوازنة بما فيه الكفاية وبالتالي قد لا يكون التقدير رائعًا. والثاني يعني أنه يبدو وكأنه مضاعفة الجينوم. شرائح المستوى الأدنى الوحيد هي 2+1 و 2+0 (من 2+2) ؛ قد يتناسب نموذج بدون فقدان جينوم ولكن فقدان نسخة واحدة (1+0 من 1+1) مع جزءين خلويين مختلفين بشكل أفضل.

ملاحظة: أنا لا أدعي أنني غطيت جميع السيناريوهات الممكنة التي تؤدي إلى تقدير ديبلغر السيئ. إذا صادفت أي شيء لا يبدو صحيحًا ولكن الأعلام لاغية ، فأخبرني بذلك.

يوسع
معلومات إضافية
تطبيقات ذات صلة
نوصي لك
أخبار ذات صلة الكل