facets

facetas

Algoritmo para implementar a estimativa do número de cópias específicas da fração e do alelo do tumor/sequenciamento normal.

Ações do Github CI ( Linux, MacOS e MS Windows ) Cobertura de teste

Você pode instalar a versão atual (junto com a vinheta) usando o comando

 remotes :: install_github( " mskcc/facets " , build_vignettes = TRUE )

PCTGCDATA é um pacote necessário. Portanto, instale isso também (precisa ser feito apenas uma vez)

 remotes :: install_github( " mskcc/pctGCdata " )

Se você receber uma mensagem de erro sobre pctgcdata use

 remotes :: install_github( " veseshan/pctGCdata " )

Notas

2016_11_11 (versão 0.5.6)

A nova versão estima o nível de log-razão correspondente ao estado diplóide. Está incorporado à chamada do ProcSample. Em termos de uso do pacote que você pode fazer agora:

 rcmat <- readSnpMatrix( filename , ... )
xx <- preProcSample( rcmat , ... )
# specify cval you like
oo <- procSample( xx , cval = 300 )

E vá direto para

emcncf( oo )

A opção emcncf2(oo) impõe uma estrutura clonal de cluster. Atualmente, esta função está sendo reformulada. Por favor, use com cautela.

A saída do ProcSample agora tem 4 elementos:

• jointseg - o mesmo que antes
• out - Como antes, com 3 colunas adicionais: cf, tcn, lcn
• dipLogR -a localização estimada do valor da razão log de diplóides
• flags - isso fornece uma indicação sobre se o diplogr é bem estimado.

Se flags forem nulas, nenhum problema óbvio com a estimativa de diplogr. Pode ter outros dois comentários: "MAFR não suficientemente pequeno" e "pode ​​ser policlonal 1 cópia perdida". O primeiro significa que não há segmentos com alelos suficientemente equilibrados e, portanto, a estimativa pode não ser ótima. O segundo significa que parece dobrar o genoma; Os únicos segmentos de nível inferior são 2+1 e 2+0 (de 2+2); Um modelo sem duplicação de genoma, mas a perda de cópia única (1+0 de 1+1) com duas fração celular diferente pode se encaixar melhor.

NOTA: Não estou afirmando que cobri todos os cenários possíveis que levam à estimativa de diplogragem ruim. Se você se deparar com qualquer coisa que não pareça certa, mas as bandeiras são nulas, me avise.