facets

Facetten

Algorithmus zur Implementierung von Fraktion und allelspezifischen Kopiennummernschätzung aus Tumor-/Normal -Sequenzierung.

GitHub -Aktionen CI ( Linux, MacOS & MS Windows ) Testabdeckung

Sie können die aktuelle Version (zusammen mit der Vignette) mit dem Befehl installieren

 remotes :: install_github( " mskcc/facets " , build_vignettes = TRUE )

PCTGCDATA ist ein erforderliches Paket. Installieren Sie dies auch (muss nur einmal durchgeführt werden)

 remotes :: install_github( " mskcc/pctGCdata " )

Wenn Sie eine Fehlermeldung zur Verwendung von PCTGCDATA erhalten

 remotes :: install_github( " veseshan/pctGCdata " )

Notizen

2016_11_11 (Version 0.5.6)

Die neue Version schätzt die Log-Verhältnis-Ebene, die dem diploiden Zustand entspricht. Es ist in den ProcSample -Anruf eingebettet. In Bezug auf die Verwendung des Pakets können Sie jetzt tun:

 rcmat <- readSnpMatrix( filename , ... )
xx <- preProcSample( rcmat , ... )
# specify cval you like
oo <- procSample( xx , cval = 300 )

Und gehen direkt zu

emcncf( oo )

Die Option emcncf2(oo) erhebt eine klonale Clusterstruktur. Diese Funktion wird derzeit überarbeitet. Bitte verwenden Sie mit Vorsicht.

Die Ausgabe von ProcSample hat jetzt 4 Elemente:

• jointseg - gleich wie zuvor
• out - wie zuvor mit 3 zusätzlichen Spalten: CF, TCN, LCN
• dipLogR -Der geschätzte Ort des diploiden logarithmischen Werteswerts
• flags - Dies gibt einen Hinweis darauf, ob das Diplog gut geschätzt wird.

Wenn flags null sind, dann ist kein offensichtliches Problem mit der Diplograt -Schätzung. Es kann zwei weitere Kommentare haben: "Maf nicht ausreichend klein" und "könnte polyklonaler 1 Kopierverlust sein". Der erste bedeutet, dass es keine Segmente mit ausreichend ausgewogenen Allelen gibt, und daher ist die Schätzung möglicherweise nicht großartig. Der zweite bedeutet, dass es so aussieht, als ob Genom verdoppelt; Die einzigen Segmente mit niedrigerer Ebene sind 2+1 und 2+0 (ab 2+2); Ein Modell ohne Genomverdopplung, aber ein einzelner Kopierverlust (1+0 von 1+1) mit zwei unterschiedlichen zellulären Fraktion könnte besser passen.

Hinweis: Ich behaupte nicht, dass ich alle möglichen Szenarien abgedeckt habe, die zu einem schlechten Diplog -Schätzung führen. Wenn Sie auf etwas stoßen, das nicht richtig erscheint, aber Flags ist Null, lassen Sie es mich wissen.