pygtftk
Peaceful Panda
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| 引用pygtftk | |
| 引用Oologram | |
| 引用oologram-modl | |
| 文件 |
Python GTF工具包（PYGTFTK）軟件包旨在簡化GTF/GFF2.0文件（基因傳輸格式）的處理。當前，它不支持GFF3文件格式。 Pygtftk軟件包與Python 3.9兼容，依賴於libgtftk ，這是用c編寫的功能庫。
該軟件包帶有一組可以通過GTFTK程序訪問的UNIX命令。 GTFTK程序提出了幾種原子工具，以過濾，轉換或從GTF文件中提取數據。
新發布的命令Ologram（使用Monte Carlo的基因組區域分析的重疊）可用於計算用戶提供區域（床格式）和源自：
隨著最近的更新，Oologram現在還可以計算N-Wise組合（即A+B，A+B+C等）的富集以找到區域的相關組。有關更多詳細信息，請參見Oologram的文檔頁面。
使用基本插件體系結構可以輕鬆擴展unix命令的GTFTK集。
所有這些方面都涵蓋了幫助部分。請參閱文檔。
雖然GTFTK UNIX程序帶有數百個單一和功能性測試，但它仍處於積極的開發中，因此可能會遭受尚待發現的錯誤。請隨意在GitHub存儲庫的問題部分中發布任何問題或需要增強。
有關最新版本的文檔可作為GitHub頁面提供。
有關Oologram的文檔（使用Monte Carlo的基因組區域分析重疊）可以在文檔的“ Oologram”部分中找到。
NB： ReadThedoc版本將無法維護，並且將在不久的將來關閉。如果不可能在ReadThEdoc Server提供的計算時間內維護動態文檔（使用sphinxcontrib-programpogutput），則可以進行此選擇。
請注意，示例數據集可用於測試各種子命令（請參閱文檔頁面）。
gtftk get_example -h＃eg從“簡單”數據集GTFTK get_example -d Simple -f“*”獲取所有文件
根據GTF文件的大小，PygtFTK和GTFTK可能需要大量內存才能執行選定的任務。建議使用具有16GO的計算機，以便能夠在使用Ensembl版本中的人類註釋（例如91）中處理多個命令。與集群一起工作時，請考慮保留足夠的內存。
目前，GTFTK程序已在：
- Linux（Ubuntu 12.04和18.04）
- OSX（優勝美地，El Capitan，Mojave）。
通過CONDA安裝應該是首選的安裝解決方案。 Pygtftk軟件包和GTFTK命令行工具需要具有某些版本約束的外部依賴關係（bedtools“> v2.23.1”，GraphViz，UNZIP）。
如果您的系統上沒有Conda，請首先在官方網站上安裝Miniconda，並確保在下面的訂單中設置了Bioconda和Conda-Forge頻道。
conda config - add頻道默認 conda config -add通道Bioconda conda config-add頻道conda-forge
然後，您只需在其自己的孤立環境中安裝PygtFTK並激活它。
conda create -n pygtftk pygtftk conda激活pygtftk
這不是安裝的首選方法。盡可能選擇Conda。我們已經觀察到了一些仍然需要解決的依賴關係問題。
git克隆http：//[email protected]：dputhier/pygtftk.git pygtftk CD Pygtftk ＃檢查您的Python版本（> = 3.8，<3.9） pip install -r要求.txt python設置
先決條件
同樣，這不是安裝的首選方法。請盡可能選擇Conda。我們已經觀察到了一些仍然需要解決的依賴關係問題。
運行PIP
通過PIP安裝可以如下完成。
pip install -r要求.txt PIP安裝pygtftk ＃致電GTFTK -H很重要 ＃尋找插件及其 ＃cli in〜/.gtftk ＃在進一步之前 GTFTK -H
已經開發了許多功能測試，以確保與預期結果保持一致。這並不排除錯誤可能在整個代碼中藏起來...為了檢查安裝功能是否有效，您可能對運行功能測試感興趣。使用-p/ - 插件檢驗參數可以訪問GTFTK命令中所有功能測試的定義：
GTFTK -P
要運行測試，您需要安裝蝙蝠（BASH自動測試系統）。安裝蝙蝠後，運行以下命令：
＃測試應在pygtftk git中進行 ＃目錄，因為多個測試包含參考（相對路徑） ＃要包含pygtftk/data目錄中的文件。 GTFTK -P> gtftk_test.bats 蝙蝠gtftk_test.bats
請注意，或者，您可以直接使用Makefile直接調用測試。
乾淨 進行測試
或使用以下方式並行運行測試：
乾淨 製作test_para -j 10＃使用10核
已經使用醫生實施了幾項單一測試。您可以通過以下命令行使用鼻子運行它們：
鼻子
