pygtftk
Peaceful Panda
| Paket Pip | |
| Paket Bioconda | |
| Lisensi | |
| Platform | |
| Bahasa | |
| Bangun status | |
| Ukuran repositori | |
| Conda terbaru | |
| komit terbaru | |
| Unduhan | |
| Kodasi | |
| Kontribusi | |
| Masalah | |
| Mengutip pygtftk | |
| Mengutip ologram | |
| Mengutip ologram-modl | |
| Dokumentasi |
Paket Python GTF Toolkit (PyGTFTK) dimaksudkan untuk memudahkan penanganan file GTF/GFF2.0 (format transfer gen). Saat ini tidak mendukung format file GFF3. Paket Pygtftk kompatibel dengan Python 3.9 dan bergantung pada libgtftk , perpustakaan fungsi yang ditulis dalam c .
Paket dilengkapi dengan satu set perintah UNIX yang dapat diakses melalui program GTFTK . Program GTFTK mengusulkan beberapa alat atom untuk memfilter, mengonversi, atau mengekstrak data dari file GTF .
Perintah yang baru dirilis, ologram (tumpang tindih analisis daerah genom menggunakan Monte Carlo) dapat digunakan untuk menghitung statistik tumpang tindih antara daerah yang disediakan pengguna (format bed) dan anotasi yang berasal dari:
Dengan pembaruan terbaru, ologram sekarang juga mampu menghitung pengayaan kombinasi N-bijaksana (yaitu A+B, A+B+C, dll.) Untuk menemukan kelompok korelasi daerah. Silakan lihat halaman dokumentasi ologram untuk lebih jelasnya.
Set GTFTK dari perintah UNIX dapat dengan mudah diperluas menggunakan arsitektur plugin dasar.
Semua aspek ini tercakup dalam bagian bantuan; Silakan lihat dokumentasinya.
Sementara program GTFTK UNIX hadir dengan ratusan tes kesatuan dan fungsional, ia masih dalam pengembangan aktif dan dengan demikian dapat menderita bug yang masih harus ditemukan. Jangan ragu untuk memposting masalah atau peningkatan yang diperlukan di bagian masalah repositori GitHub.
Dokumentasi tentang rilis terbaru tersedia sebagai halaman GitHub.
Dokumentasi tentang ologram (tumpang tindih analisis daerah genom menggunakan Monte Carlo) dapat ditemukan di bagian 'ologram' dari dokumentasi.
NB: Versi ReadThedoc tidak akan dipertahankan dan akan ditutup dalam waktu dekat. Pilihan ini dimotivasi oleh ketidakmungkinan untuk mempertahankan dokumentasi dinamis (menggunakan sphinx/sphinxContrib-programoutput) mengingat waktu komputasi yang disediakan oleh ReadThedoc Server.
Perhatikan bahwa Contoh Dataset tersedia untuk menguji berbagai sub -perintah (lihat halaman dokumentasi).
gtftk get_example -h # misalnya untuk mendapatkan semua file dari dataset 'sederhana' gtftk get_example -d sederhana -f "*"
Bergantung pada ukuran file GTF , PyGTFTK dan GTFTK mungkin memerlukan banyak memori untuk melakukan tugas yang dipilih. Komputer dengan 16go direkomendasikan agar dapat menyalurkan beberapa perintah saat bekerja dengan anotasi manusia dari rilis Ensembl (misalnya 91). Saat bekerja dengan cluster, pikirkan tentang memesan memori yang cukup.
Saat ini, program GTFTK telah diuji pada:
- Linux (Ubuntu 12.04 dan 18.04)
- OSX (Yosemite, El Capitan, Mojave).
Instalasi melalui conda harus menjadi solusi instal yang disukai . Paket Pygtftk dan alat baris perintah GTFTK memerlukan dependensi eksternal (bedtools "> v2.23.1", graphviz, unzip) dengan beberapa batasan versi.
Jika Conda tidak tersedia di sistem Anda, pertama instal miniconda dari situs web resmi dan pastikan Anda memiliki saluran bioconda dan conda-forge yang diatur dalam urutan di bawah ini.
conda config --add saluran default conda config --add saluran bioconda conda config --add saluran conda-forge
Kemudian Anda cukup menginstal PyGTFTK di lingkungannya sendiri dan mengaktifkannya.
conda create -n pygtftk pygtftk Conda mengaktifkan pygtftk
Ini bukan cara yang disukai untuk instalasi. Pilih conda jika memungkinkan. Kami telah mengamati beberapa masalah dengan ketergantungan yang masih perlu diperbaiki.
Git Clone http: //[email protected]: dputhier/pygtftk.git pygtftk CD Pygtftk # Periksa versi python Anda (> = 3.8, <3.9) Pip instal -r persyaratan.txt Python Setup.py Instal
Prasyarat
Sekali lagi, ini bukan cara yang disukai untuk instalasi. Pilih conda kapan pun memungkinkan. Kami telah mengamati beberapa masalah dengan ketergantungan yang masih perlu diperbaiki.
Menjalankan pip
Instalasi melalui PIP dapat dilakukan sebagai berikut.
Pip instal -r persyaratan.txt Pip Instal Pygtftk # Penting untuk memanggil gtftk -h # untuk mencari plugin dan mereka # Cli di ~/.gtftk # Sebelum melangkah lebih jauh gtftk -h
Banyak tes fungsional telah dikembangkan untuk memastikan konsistensi dengan hasil yang diharapkan. Ini tidak mengesampingkan bahwa bug dapat disembunyikan di seluruh kode ... untuk memeriksa bahwa instalasi berfungsi, Anda mungkin tertarik untuk menjalankan tes fungsional. Definisi semua tes fungsional yang dinyatakan dalam perintah GTFTK dapat diakses menggunakan argumen -p/-plugin-tests:
gtftk -p
Untuk menjalankan tes, Anda harus memasang kelelawar (Bash Automate Testing System). Setelah kelelawar diinstal jalankan perintah berikut:
# Tes harus dijalankan di pygtftk git # direktori karena beberapa tes berisi referensi (jalur relatif) # untuk mengajukan terlampir di direktori PyGTFTK/Data. gtftk -p> gtftk_test.bats Bats gtftk_test.bats
Catatan, alternatifnya Anda dapat secara langsung memanggil tes menggunakan Makefile.
membersihkan melakukan tes
Atau menjalankan tes secara paralel menggunakan:
membersihkan buat test_para -j 10 # menggunakan 10 core
Beberapa tes kesatuan telah diimplementasikan menggunakan Doctests. Anda dapat menjalankannya menggunakan hidung melalui baris perintah berikut:
membuat hidung
