pygtftk
Peaceful Panda
| แพ็คเกจ PIP | |
| แพ็คเกจ Bioconda | |
| ใบอนุญาต | |
| แพลตฟอร์ม | |
| ภาษา | |
| สร้างสถานะ | |
| ขนาดที่เก็บ | |
| conda ล่าสุด | |
| การกระทำล่าสุด | |
| การดาวน์โหลด | |
| การประมวลผล | |
| ผลงาน | |
| ปัญหา | |
| อ้างถึง pygtftk | |
| อ้างถึง ologram | |
| อ้างถึง Ologram-Modl | |
| เอกสาร |
แพ็คเกจเครื่องมือ Python GTF (PYGTFTK) มีวัตถุประสงค์เพื่อบรรเทาการจัดการไฟล์ GTF/GFF2.0 (รูปแบบการถ่ายโอนยีน) ปัจจุบันไม่รองรับรูปแบบไฟล์ GFF3 แพ็คเกจ pygtftk เข้ากันได้กับ Python 3.9 และอาศัย libgtftk ซึ่งเป็นไลบรารีของฟังก์ชั่น ที่เขียนใน c
แพ็คเกจมาพร้อมกับชุด คำสั่ง UNIX ที่สามารถเข้าถึงได้ผ่าน โปรแกรม GTFTK โปรแกรม GTFTK เสนอเครื่องมืออะตอมหลายตัวใน การกรองแปลงหรือแยกข้อมูลจากไฟล์ GTF
คำสั่งที่เพิ่งเปิด ตัว Ologram (การทับซ้อนของการวิเคราะห์ภูมิภาคจีโนมโดยใช้ Monte Carlo) อาจใช้ในการคำนวณสถิติการทับซ้อนระหว่างภูมิภาคที่ผู้ใช้ให้ (รูปแบบเตียง) และคำอธิบายประกอบที่ได้จาก:
ด้วยการอัปเดตล่าสุดตอนนี้ Ologram สามารถคำนวณการเพิ่มคุณค่าของ ชุดค่าผสม N-wise (เช่น A+B, A+B+C ฯลฯ ) เพื่อค้นหากลุ่มสหสัมพันธ์ของภูมิภาค โปรดดูหน้าเอกสารของ Ologram สำหรับรายละเอียดเพิ่มเติม
ชุดคำสั่ง UNIX GTFTK สามารถขยายได้อย่างง่ายดายโดยใช้สถาปัตยกรรมปลั๊กอินพื้นฐาน
ทุกแง่มุมเหล่านี้ครอบคลุมในส่วนความช่วยเหลือ; โปรดดูเอกสาร
ในขณะที่โปรแกรม GTFTK UNIX มาพร้อมกับการทดสอบรวมและการทำงานหลายร้อยครั้ง แต่ก็ยังอยู่ในระหว่างการพัฒนาที่ใช้งานอยู่และอาจประสบกับข้อบกพร่องที่ยังคงถูกค้นพบ อย่าลังเลที่จะโพสต์ปัญหาใด ๆ หรือการปรับปรุงที่จำเป็นในส่วนปัญหาของที่เก็บ GitHub
เอกสารเกี่ยวกับการเปิดตัวล่าสุดมีอยู่ในหน้า GitHub
เอกสารเกี่ยวกับ ologram (การทับซ้อนของการวิเคราะห์ภูมิภาคจีโนมโดยใช้ Monte Carlo) สามารถพบได้ในส่วน 'ologram' ของเอกสาร
NB: เวอร์ชัน READTHEDOC จะไม่ได้รับการดูแลและจะปิดในอนาคตอันใกล้ ตัวเลือกนี้ได้รับแรงบันดาลใจจากความเป็นไปไม่ได้ที่จะเก็บรักษาเอกสารแบบไดนามิก (โดยใช้ SPHINX/SphinxContrib-Programoutput) ให้เวลาในการคำนวณโดยเซิร์ฟเวอร์ READTHEDOC
โปรดทราบว่าชุดข้อมูลตัวอย่างพร้อมใช้งานเพื่อทดสอบคำสั่งย่อยต่างๆ (ดูหน้าเอกสาร)
gtftk get_example -h # เช่นเพื่อรับไฟล์ทั้งหมดจากชุดข้อมูล 'ง่าย' GTFTK get_example -d ง่าย -f "*"
ขึ้นอยู่กับ ขนาดของไฟล์ GTF PYGTFTK และ GTFTK อาจต้องใช้หน่วยความจำจำนวนมากในการทำงานที่เลือก แนะนำให้ใช้คอมพิวเตอร์ที่มี 16GO เพื่อให้สามารถใช้งานหลายคำสั่งเมื่อทำงานกับคำอธิบายประกอบของมนุษย์จากวงดนตรีวงดนตรี (เช่น 91) เมื่อทำงานกับคลัสเตอร์คิดเกี่ยวกับการจองหน่วยความจำที่เพียงพอ
ในขณะนี้โปรแกรม GTFTK ได้รับการทดสอบแล้ว:
- Linux (Ubuntu 12.04 และ 18.04)
- OSX (Yosemite, El Capitan, Mojave)
การติดตั้งผ่าน Conda ควรเป็น โซลูชันการติดตั้งที่ต้องการ แพ็คเกจ PYGTFTK และเครื่องมือบรรทัดคำสั่ง GTFTK ต้องการการพึ่งพาภายนอก (Bedtools "> v2.23.1", graphviz, unzip) โดยมีข้อ จำกัด บางรุ่น
หาก CONDA ไม่สามารถใช้งานได้ในระบบของคุณก่อนอื่นให้ติดตั้ง Miniconda จากเว็บไซต์อย่างเป็นทางการและตรวจสอบให้แน่ใจว่าคุณมี Bioconda และ Conda-Forge Channels ตั้งค่าตามลำดับด้านล่าง
conda config -ADD Channels ค่าเริ่มต้น conda config -ADD Channels Bioconda conda config-ADD Channels Conda-Forge
จากนั้นคุณสามารถติดตั้ง pygtftk ในสภาพแวดล้อมที่แยกได้ของตัวเองและเปิดใช้งาน
conda create -n pygtftk pygtftk Conda เปิดใช้งาน pygtftk
นี่ไม่ใช่วิธีการติดตั้งที่ต้องการ เลือก conda เมื่อเป็นไปได้ เราได้สังเกตเห็นปัญหาหลายอย่างเกี่ยวกับการพึ่งพาที่ยังคงต้องได้รับการแก้ไข
git Clone http: //[email protected]: dputhier/pygtftk.git pygtftk cd pygtftk # ตรวจสอบเวอร์ชัน Python ของคุณ (> = 3.8, <3.9) PIP Install -r rechent.txt การติดตั้ง Python.py ติดตั้ง
ข้อกำหนดเบื้องต้น
อีกครั้งนี่ไม่ใช่วิธีการติดตั้งที่ต้องการ โปรดเลือก conda เมื่อเป็นไปได้ เราได้สังเกตเห็นปัญหาหลายอย่างเกี่ยวกับการพึ่งพาที่ยังคงต้องได้รับการแก้ไข
PIP เรียกใช้
การติดตั้งผ่าน PIP สามารถทำได้ดังนี้
PIP Install -r rechent.txt PIP ติดตั้ง pygtftk # เป็นสิ่งสำคัญที่จะเรียก GTFTK -H # เพื่อค้นหาปลั๊กอินและ # cli ใน ~/.gtftk # ก่อนที่จะไปต่อ gtftk -h
การทดสอบการทำงานจำนวนมากได้รับการพัฒนาเพื่อให้แน่ใจว่าสอดคล้องกับผลลัพธ์ที่คาดหวัง สิ่งนี้ไม่ได้แยกแยะว่าข้อบกพร่องอาจซ่อนตลอดทั้งรหัส ... เพื่อตรวจสอบว่าการติดตั้งนั้นใช้งานได้คุณอาจสนใจในการทดสอบการทำงาน คำจำกัดความของการทดสอบการทำงานทั้งหมดที่ประกาศในคำสั่ง GTFTK สามารถเข้าถึงได้โดยใช้อาร์กิวเมนต์ -p/-ปลั๊กอินทดสอบ:
gtftk -p
ในการเรียกใช้การทดสอบคุณจะต้องติดตั้งค้างคาว (ระบบทดสอบอัตโนมัติ Bash) เมื่อติดตั้งค้างคาวรันคำสั่งต่อไปนี้:
# การทดสอบควรทำงานใน pygtftk git # ไดเรกทอรีเพราะการทดสอบหลายครั้งมีการอ้างอิง (เส้นทางสัมพัทธ์) # ไปยังไฟล์ที่แนบมาในไดเรกทอรี pygtftk/data gtftk -p> gtftk_test.bats ค้างคาว gtftk_test.bats
หมายเหตุอีกวิธีหนึ่งคุณอาจเรียกการทดสอบโดยตรงโดยใช้ MakeFile
ทำความสะอาด ทำการทดสอบ
หรือเรียกใช้การทดสอบแบบขนานโดยใช้:
ทำความสะอาด ทำ test_para -j 10 # โดยใช้ 10 คอร์
มีการทดสอบรวมกันหลายครั้งโดยใช้แพทย์ คุณสามารถเรียกใช้พวกเขาโดยใช้จมูกผ่านบรรทัดคำสั่งต่อไปนี้:
ทำจมูก
