الصفحة الرئيسية>المتعلقة بالبرمجة>كود الذكاء الاصطناعي
تنزيل
حزمة PIP
حزمة Bioconda
رخصة
المنصات
اللغات
بناء الحالة
حجم المستودع
أحدث كوندا
أحدث الالتزام
التنزيلات
الترميز
مساهمة
مشاكل
نقلا عن pygtftk
نقلا عن الأولوغرام
نقلا عن Ololram-MODL
الوثائق

مجموعة أدوات Python GTF (PYGTFTK)

تهدف حزمة Python GTF Toolkit (PYGTFTK) إلى تخفيف معالجة ملفات GTF/GFF2.0 (تنسيق نقل الجينات). لا يدعم حاليًا تنسيق ملف GFF3. تتوافق حزمة Pygtftk مع Python 3.9 وتعتمد على Libgtftk ، مكتبة الوظائف المكتوبة في ج .

تأتي الحزمة مع مجموعة من أوامر UNIX التي يمكن الوصول إليها من خلال برنامج GTFTK . يقترح برنامج GTFTK العديد من الأدوات الذرية لتصفية البيانات أو تحويلها أو استخراجها من ملفات GTF .

يمكن استخدام الأمر الذي تم إصداره حديثًا ، الأولوغرام (التداخل في تحليل المناطق الجينية باستخدام مونت كارلو) لحساب إحصائيات التداخل بين المناطق الموردة للمستخدم (تنسيق السرير) والشرح المستمدة من:

  • الميزات المركزية للجينات المرفقة في GTF (على سبيل المثال exons ، المروجين ، المقاتلين ...).
  • تم وضع علامة على المناطق في GTFS مع مفاتيح/قيم مدمجة (على سبيل المثال ، تحقق من "gene_biotype" كما هو منصوص عليه في Ensembl GTFs للمناطق التي تسقط فيها القمم).
  • نفس الشيء مع المفاتيح المخصصة/القيم من خلال GTFTK CLI (على سبيل المثال إضافة قيمة رقمية إلى الجين وتقدير هذه القيمة لإنشاء فئات الجينات).
  • توفير ملفات السرير التي توفرها المستخدم.

مع آخر تحديث ، أصبح Ologram الآن قادرًا أيضًا على حساب إثراء المجموعات N-Wise (أي A+B ، A+B+C ، إلخ) للعثور على مجموعات ارتباط من المناطق. يرجى الاطلاع على صفحة الوثائق للأولوغرام لمزيد من التفاصيل.

يمكن تمديد مجموعة GTFTK من أوامر UNIX بسهولة باستخدام بنية البرنامج المساعد الأساسي.

كل هذه الجوانب مغطاة في أقسام المساعدة ؛ يرجى الاطلاع على الوثائق.

في حين أن برنامج GTFTK UNIX يأتي مع مئات الاختبارات الموحدة والوظيفية ، إلا أنه لا يزال في تطور نشط وبالتالي قد يعاني من الأخطاء التي لا يزال يتعين اكتشافها. لا تتردد في نشر أي مشكلة أو مطلوب تعزيز في قسم الإصدار من مستودع GitHub.

الوثائق

تتوفر وثائق حول أحدث إصدار كصفحة github.

يمكن العثور على توثيق حول الأولوغرام (تداخل تحليل المناطق الجينية باستخدام مونت كارلو) في قسم "الأولوغرام" في الوثائق.

NB: لن يتم الحفاظ على إصدار ReadThedoc وسيتم إغلاقه في المستقبل القريب. تم تحفيز هذا الاختيار من خلال استحالة الحفاظ على وثائق ديناميكية (باستخدام sphinx/sphinxcontrib-programoutput) بالنظر إلى وقت الحوسبة الذي يوفره خادم readTheDoc.

لاحظ أن مجموعة البيانات على سبيل المثال متاحة لاختبار الأفلام الفرعية المختلفة (انظر صفحة الوثائق).

gtftk get_example -h # eg للحصول على جميع الملفات من مجموعة البيانات "البسيطة" gtftk get_example -d simple -f "*"

متطلبات النظام

اعتمادًا على حجم ملف GTF ، قد يتطلب PYGTFTK و GTFTK الكثير من الذاكرة لأداء المهام المحددة. يوصى بجهاز الكمبيوتر الذي يحتوي على 16GO حتى يتمكن من تنشيط العديد من الأوامر عند العمل مع التعليقات التوضيحية البشرية من Enmbl Release (على سبيل المثال 91). عند العمل مع مجموعة فكر في الحفاظ على ذاكرة كافية.

في الوقت الحالي ، تم اختبار برنامج GTFTK على:

  • Linux (Ubuntu 12.04 و 18.04)
  • OSX (Yosemite ، El Capitan ، Mojave).

تثبيت

التثبيت من خلال بناء حزمة كوندا

يجب أن يكون التثبيت من خلال كوندا هو حل التثبيت المفضل . تتطلب أداة PYGTFTK و GTFTK سطر أوامر GTFTK تبعيات خارجية (BedTools "> V2.23.1" ، GraphViz ، Unzip) مع بعض القيود.

إذا لم تكن كوندا متوفرة على نظامك ، فقم أولاً بتثبيت Miniconda من موقع الويب الرسمي وتأكد من إعداد قنوات Bioconda و Conda-Forge بالترتيب أدناه.

 Conda Config -Dennels Defaults
Conda Config -القنوات المدمجة Bioconda
Conda Config-قنوات مضادة Conda-Forge

ثم يمكنك ببساطة تثبيت pygtftk في بيئته المعزولة وتنشيطه.

 كوندا إنشاء -n pygtftk pygtftk
كوندا تفعيل pygtftk

التثبيت من خلال setup.py

هذه ليست الطريقة المفضلة للتثبيت. اختر كوندا كلما أمكن ذلك. لقد لاحظنا العديد من القضايا مع التبعيات التي لا تزال بحاجة إلى إصلاح.

 git clone http: //[email protected]: dputhier/pygtftk.git pygtftk
CD Pygtftk
# تحقق من إصدار Python الخاص بك (> = 3.8 ، <3.9)
PIP تثبيت -r متطلبات. txt
تثبيت Python Setup.py

التثبيت من خلال PIP

المتطلبات الأساسية

مرة أخرى ، ليست هذه هي الطريقة المفضلة للتثبيت. الرجاء اختيار كوندا كلما كان ذلك ممكنا. لقد لاحظنا العديد من القضايا مع التبعيات التي لا تزال بحاجة إلى إصلاح.

تشغيل PIP

يمكن أن يتم التثبيت من خلال PIP على النحو التالي.

 PIP تثبيت -r متطلبات. txt
PIP تثبيت pygtftk
# من المهم استدعاء GTFTK -H
# للبحث عن المكونات الإضافية و
# CLI في ~/.gtftk
# قبل المضي قدمًا
GTFTK -H

الاختبار

تشغيل الاختبارات الوظيفية

تم تطوير الكثير من الاختبارات الوظيفية لضمان الاتساق مع النتائج المتوقعة. هذا لا يستبعد أن الأخطاء قد تختبئ في جميع أنحاء الكود ... من أجل التحقق من أن التثبيت وظيفي قد تكون مهتمًا باختبارات وظيفية. يمكن الوصول إلى تعريف جميع الاختبارات الوظيفية المعلنة في أوامر GTFTK باستخدام وسيطة -P/-الإضافية:

 GTFTK -P

لتشغيل الاختبارات ، ستحتاج إلى تثبيت الخفافيش (نظام الاختبار الآلي BASH). بمجرد تثبيت الخفافيش قم بتشغيل الأوامر التالية:

 # يجب إجراء الاختبارات في pygtftk git
# الدليل لأن العديد من الاختبارات تحتوي على مراجع (المسار النسبي)
# إلى الملف المرفق في Pygtftk/Data Directory.
gtftk -p> gtftk_test.bats
BATS GTFTK_TEST.BATS

لاحظ ، بدلاً من ذلك ، يمكنك الاتصال مباشرة بالاختبارات باستخدام Makefile.

 اجعل نظيفًا
اجعل الاختبار

أو إجراء اختبارات بالتوازي باستخدام:

 اجعل نظيفًا
اجعل test_para -j 10 # باستخدام 10 نوى

إجراء اختبارات وحدوي

تم تنفيذ العديد من الاختبارات الموحدة باستخدام الدكتوراه. يمكنك تشغيلها باستخدام الأنف من خلال سطر الأوامر التالي:

 جعل الأنف
يوسع
معلومات إضافية
تطبيقات ذات صلة
نوصي لك
أخبار ذات صلة الكل