pygtftk
Peaceful Panda
| ピップパッケージ | |
| Biocondaパッケージ | |
| ライセンス | |
| プラットフォーム | |
| 言語 | |
| ステータスを構築します | |
| リポジトリサイズ | |
| 最新のコンドラ | |
| 最新のコミット | |
| ダウンロード | |
| コーダシー | |
| 貢献 | |
| 問題 | |
| Pygtftkを引用 | |
| オグラムを引用 | |
| ologram-modlを引用 | |
| ドキュメント |
Python GTF Toolkit（PYGTFTK）パッケージは、 GTF/GFF2.0ファイル（遺伝子転送形式）の処理を容易にすることを目的としています。現在、GFF3ファイル形式をサポートしていません。 PygtftkパッケージはPython 3.9と互換性があり、 cで書かれた機能のライブラリであるlibgtftkに依存しています。
パッケージには、 GTFTKプログラムからアクセスできるUNIXコマンドのセットが付属しています。 GTFTKプログラムは、GTFファイルからデータをフィルタリング、変換、または抽出するためのいくつかの原子ツールを提案しています。
新しくリリースされたコマンドであるオルグラム（モンテカルロを使用したゲノム領域分析のオーバーラップ）を使用して、ユーザー供給領域（ベッド形式）と次の注釈の間のオーバーラップ統計を計算できます。
最新のアップデートにより、Ologramは現在、 N-Wiseの組み合わせ（A+B、A+B+Cなど）の濃縮を計算して、領域の相関グループを見つけることもできます。詳細については、 Ololamのドキュメントページをご覧ください。
UNIXコマンドのGTFTKセットは、基本的なプラグインアーキテクチャを使用して簡単に拡張できます。
これらすべての側面は、ヘルプセクションで説明されています。ドキュメントをご覧ください。
GTFTK UNIXプログラムには何百もの単一および機能的テストが搭載されていますが、依然として積極的な開発中であるため、発見されていないバグに苦しむ可能性があります。 GitHubリポジトリの問題セクションに、問題や必要な強化をお気軽に投稿してください。
最新リリースに関するドキュメントは、GitHubページとして入手できます。
オグラムに関するドキュメント（モンテカルロを使用したゲノム領域分析のオーバーラップ）は、ドキュメントの「オグラム」セクションにあります。
NB： ReadTheDocバージョンは維持されず、近い将来閉鎖されます。この選択は、ReadTheDocサーバーが提供するコンピューティング時間を考慮して、動的なドキュメント（Sphinx/SphinxContrib-Programoutputを使用）を維持することは不可能であることに動機付けられました。
さまざまなサブコマンドをテストするために、例データセットが利用可能であることに注意してください（ドキュメントページを参照）。
gtftk get_example -h＃eg 'simple' datasetからすべてのファイルを取得するgtftk get_example -d simple -f "*"
GTFファイルのサイズに応じて、PYGTFTKとGTFTKには、選択したタスクを実行するために多くのメモリが必要になる場合があります。 Ensemblリリースから人間の注釈を使用するときにいくつかのコマンドをパイプできるようにするには、16GOのコンピューターを推奨します（例：91）。クラスターで作業するときは、十分なメモリを予約することを検討してください。
現時点では、GTFTKプログラムがテストされています。
- Linux（Ubuntu 12.04および18.04）
- OSX（Yosemite、El Capitan、Mojave）。
Condaを介したインストールは、優先インストールソリューションである必要があります。 PygtftkパッケージとGTFTKコマンドラインツールには、いくつかのバージョンの制約が付いた外部依存関係（bedtools "> v2.23.1"、graphviz、unzip）が必要です。
Condaがシステムで利用できない場合は、最初に公式WebサイトからMinicondaをインストールし、以下の順序でBiocondaおよびConda-Forgeチャンネルが設定されていることを確認してください。
conda config-addチャネルのデフォルト Conda Config -AddチャンネルBioConda conda config -addチャネルconda-forge
次に、Pygtftkを独自の孤立した環境にインストールしてアクティブ化できます。
conda create -n pygtftk pygtftk コンドラはpygtftkをアクティブにします
これは、インストールに適した方法ではありません。可能な場合はいつでもコンドラを選択してください。まだ修正する必要がある依存関係に関するいくつかの問題を観察しました。
git clone http：//[email protected]：dputhier/pygtftk.git pygtftk CD pygtftk ＃Pythonバージョン（> = 3.8、<3.9）を確認してください PIPインストール-R要件。txt python setup.pyインストール
前提条件
繰り返しますが、これはインストールの好ましい方法ではありません。可能な場合はいつでもコンドラを選択してください。まだ修正する必要がある依存関係に関するいくつかの問題を観察しました。
ランニングピップ
PIPを介したインストールは、次のように実行できます。
PIPインストール-R要件。txt pipインストールpygtftk ＃GTFTK -Hを呼び出すことが重要です ＃プラグインとそれらを探す ＃cli in〜/.gtftk ＃さらに進む前に gtftk -h
予想される結果との一貫性を確保するために、多くの機能テストが開発されています。これは、バグがコード全体に隠れる可能性を除外していません...インストールが機能的であることを確認するために、機能テストの実行に興味があるかもしれません。 GTFTKコマンドで宣言されたすべての機能テストの定義は、-p/ - プラグインテスト引数を使用してアクセスできます。
gtftk -p
テストを実行するには、コウモリ（BASH自動テストシステム）をインストールする必要があります。コウモリがインストールされたら、次のコマンドを実行します。
＃テストはpygtftk gitで実行する必要があります ＃いくつかのテストには参照（相対パス）が含まれているため、ディレクトリ ＃Pygtftk/dataディレクトリに囲まれたファイル。 gtftk -p> gtftk_test.bats コウモリgtftk_test.bats
注意してください。また、MakeFileを使用してテストを直接呼び出すこともできます。
きれいにします テストを行います
または以下を使用して並行してテストを実行します。
きれいにします 10コアを使用してtest_para -j 10＃を作成します
Doctestsを使用していくつかの単一テストが実装されています。次のコマンドラインを介して鼻を使用してそれらを実行できます。
鼻を作る
