pygtftk
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| 引用Oologram | |
| 引用oologram-modl | |
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Python GTF工具包（PYGTFTK）软件包旨在简化GTF/GFF2.0文件（基因传输格式）的处理。当前，它不支持GFF3文件格式。 Pygtftk软件包与Python 3.9兼容，依赖于libgtftk ，这是用c编写的功能库。
该软件包带有一组可以通过GTFTK程序访问的UNIX命令。 GTFTK程序提出了几种原子工具，以过滤，转换或从GTF文件中提取数据。
新发布的命令Ologram（使用Monte Carlo的基因组区域分析的重叠）可用于计算用户提供区域（床格式）和源自：
随着最近的更新，Oologram现在还可以计算N-Wise组合（即A+B，A+B+C等）的富集以找到区域的相关组。有关更多详细信息，请参见Oologram的文档页面。
使用基本插件体系结构可以轻松扩展unix命令的GTFTK集。
所有这些方面都涵盖了帮助部分。请参阅文档。
虽然GTFTK UNIX程序带有数百个单一和功能性测试，但它仍处于积极的开发中，因此可能会遭受尚待发现的错误。请随意在GitHub存储库的问题部分中发布任何问题或需要增强。
有关最新版本的文档可作为GitHub页面提供。
有关Oologram的文档（使用Monte Carlo的基因组区域分析重叠）可以在文档的“ Oologram”部分中找到。
NB： ReadThedoc版本将无法维护，并且将在不久的将来关闭。如果不可能在ReadThEdoc Server提供的计算时间内维护动态文档（使用sphinxcontrib-programpogutput），则可以进行此选择。
请注意，示例数据集可用于测试各种子命令（请参阅文档页面）。
gtftk get_example -h＃eg从“简单”数据集GTFTK get_example -d Simple -f“*”获取所有文件
根据GTF文件的大小，PygtFTK和GTFTK可能需要大量内存才能执行选定的任务。建议使用具有16GO的计算机，以便能够在使用Ensembl版本中的人类注释（例如91）中处理多个命令。与集群一起工作时，请考虑保留足够的内存。
目前，GTFTK程序已在：
- Linux（Ubuntu 12.04和18.04）
- OSX（优胜美地，El Capitan，Mojave）。
通过CONDA安装应该是首选的安装解决方案。 Pygtftk软件包和GTFTK命令行工具需要具有某些版本约束的外部依赖关系（bedtools“> v2.23.1”，GraphViz，UNZIP）。
如果您的系统上没有Conda，请首先在官方网站上安装Miniconda，并确保在下面的订单中设置了Bioconda和Conda-Forge频道。
conda config - add频道默认 conda config -add通道Bioconda conda config-add频道conda-forge
然后，您只需在其自己的孤立环境中安装PygtFTK并激活它。
conda create -n pygtftk pygtftk conda激活pygtftk
这不是安装的首选方法。尽可能选择Conda。我们已经观察到了一些仍然需要解决的依赖关系问题。
git克隆http：//[email protected]：dputhier/pygtftk.git pygtftk CD Pygtftk ＃检查您的Python版本（> = 3.8，<3.9） pip install -r要求.txt python设置
先决条件
同样，这不是安装的首选方法。请尽可能选择Conda。我们已经观察到了一些仍然需要解决的依赖关系问题。
运行PIP
通过PIP安装可以如下完成。
pip install -r要求.txt PIP安装pygtftk ＃致电GTFTK -H很重要 ＃寻找插件及其 ＃cli in〜/.gtftk ＃在进一步之前 GTFTK -H
已经开发了许多功能测试，以确保与预期结果保持一致。这并不排除错误可能在整个代码中藏起来...为了检查安装功能是否有效，您可能对运行功能测试感兴趣。使用-p/ - 插件检验参数可以访问GTFTK命令中所有功能测试的定义：
GTFTK -P
要运行测试，您需要安装蝙蝠（BASH自动测试系统）。安装蝙蝠后，运行以下命令：
＃测试应在pygtftk git中进行 ＃目录，因为多个测试包含参考（相对路径） ＃要包含pygtftk/data目录中的文件。 GTFTK -P> gtftk_test.bats 蝙蝠gtftk_test.bats
请注意，或者，您可以直接使用Makefile直接调用测试。
干净 进行测试
或并行运行测试：
干净 制作test_para -j 10＃使用10核
已经使用医生实施了几项单一测试。您可以通过以下命令行使用鼻子运行它们：
鼻子
