pygtftk
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Python GTF Toolkit (Pygtftk) 패키지는 GTF/GFF2.0 파일 (Gene Transfer 형식)의 처리를 용이하게하기위한 것입니다. 현재 GFF3 파일 형식을 지원하지 않습니다. Pygtftk 패키지는 Python 3.9와 호환되며 c로 작성된 기능 라이브러리 인 Libgtftk 에 의존합니다.
패키지에는 GTFTK 프로그램을 통해 액세스 할 수있는 일련의 UNIX 명령이 함께 제공됩니다. GTFTK 프로그램은 GTF 파일에서 데이터를 필터링, 변환 또는 추출 하는 몇 가지 원자 도구를 제안합니다.
새로 릴리스 된 명령 인 Ologram (Monte Carlo를 사용한 게놈 영역 분석의 중첩)은 사용자 공급 영역 (BED 형식)과 유도 된 주석 간의 중첩 통계를 계산하는 데 사용될 수 있습니다.
가장 최근의 업데이트를 통해 Ologram은 이제 영역의 상관 관계 그룹을 찾기 위해 N-WISE 조합 (예 : A+B, A+B+C 등)의 농축을 계산할 수 있습니다. 자세한 내용은 Ologram 의 문서 페이지를 참조하십시오.
기본 플러그인 아키텍처를 사용하여 GTFTK 명령 세트를 쉽게 확장 할 수 있습니다.
이러한 모든 측면은 도움말 섹션에서 다루어집니다. 문서를 참조하십시오.
GTFTK UNIX 프로그램에는 수백 개의 단일 및 기능 테스트가 제공되지만 여전히 활발한 개발 중이므로 발견 될 버그로 고통받을 수 있습니다. GitHub 저장소의 문제 섹션에 문제 또는 필요한 향상을 자유롭게 게시하십시오.
최신 릴리스에 대한 문서는 GitHub 페이지로 제공됩니다.
Ologram (Monte Carlo를 사용한 게놈 영역 분석의 중첩)에 대한 문서는 문서의 'ologram'섹션에서 찾을 수 있습니다.
NB : READTHEDOC 버전은 유지되지 않으며 가까운 시일 내에 마감 될 예정입니다. 이 선택은 ReadThedoc 서버가 제공 한 컴퓨팅 시간을 고려하여 동적 문서 (Sphinx/SphinxContrib-Programoutput 사용)를 유지할 수 없다는 데 동기를 부여했습니다.
이 예제 데이터 세트는 다양한 하위 명령을 테스트 할 수 있습니다 (문서 페이지 참조).
gtftk get_example -h # eg 'simple'데이터 세트에서 모든 파일을 가져옵니다. gtftk get_example -d simple -f "*"
GTF 파일의 크기 에 따라 Pygtftk 및 GTFTK는 선택된 작업을 수행하기 위해 많은 메모리가 필요할 수 있습니다. 16GO가있는 컴퓨터는 Ensembl 릴리스 (예 : 91)의 인간 주석으로 작업 할 때 여러 명령을 파이프 할 수 있도록 권장됩니다. 클러스터로 작업 할 때 충분한 메모리를 예약하는 방법을 생각하십시오.
현재 GTFTK 프로그램은 다음에서 테스트되었습니다.
- 리눅스 (우분투 12.04 및 18.04)
- OSX (Yosemite, El Capitan, Mojave).
Conda를 통한 설치는 선호하는 설치 솔루션 이어야합니다. Pygtftk 패키지 및 gtftk 명령 줄 도구에는 일부 버전 제약 조건이있는 외부 종속성 (Bedtools "> v2.23.1", GraphViz, Unzip)이 필요합니다.
시스템에서 Conda를 사용할 수없는 경우 먼저 공식 웹 사이트에서 Miniconda를 설치하고 아래 순서대로 BioConda 및 Conda-Forge 채널을 설정해야합니다.
Conda config --add 채널 기본값 Conda Config -ADD 채널 BioConda Conda Config -ADD 채널 Conda-Forge
그런 다음 자체 고립 된 환경에 Pygtftk를 설치하고 활성화 할 수 있습니다.
콘다 생성 -n pygtftk pygtftk Conda는 Pygtftk를 활성화합니다
이것은 설치가 선호되는 방법이 아닙니다. 가능할 때마다 콘다를 선택하십시오. 우리는 여전히 수정 해야하는 종속성과 관련된 몇 가지 문제를 관찰했습니다.
git 클론 http : //[email protected] : dputhier/pygtftk.git pygtftk CD Pygtftk # 파이썬 버전 확인 (> = 3.8, <3.9) PIP 설치 -R 요구 사항 .txt Python setup.py 설치
전제 조건
다시 말하지만, 이것은 설치가 선호되는 방법이 아닙니다. 가능할 때마다 콘다를 선택하십시오. 우리는 여전히 수정 해야하는 종속성과 관련된 몇 가지 문제를 관찰했습니다.
실행 파이프
PIP를 통한 설치는 다음과 같이 수행 할 수 있습니다.
PIP 설치 -R 요구 사항 .txt PIP 설치 Pygtftk # GTFTK -H를 호출하는 것이 중요합니다 # 플러그인과 그를 찾는 것 # cli in ~/.gtftk # 더 나아 가기 전에 gtftk -h
예상 결과와 일관성을 유지하기 위해 많은 기능 테스트가 개발되었습니다. 이것은 버그가 코드 전체에 숨어있을 수 있음을 배제하지 않습니다 ... 설치가 기능적인지 확인하기 위해 기능 테스트 실행에 관심이있을 수 있습니다. GTFTK 명령에 선언 된 모든 기능 테스트의 정의는 -p/-플러그인 테스트 인수를 사용하여 액세스 할 수 있습니다.
gtftk -p
테스트를 실행하려면 박쥐 (Bash 자동 테스트 시스템)를 설치해야합니다. 박쥐가 설치되면 다음 명령을 실행합니다.
# 테스트는 pygtftk git에서 실행해야합니다. # 여러 테스트에 참조가 포함되어 있기 때문에 디렉토리 (상대 경로) # pygtftk/data 디렉토리에 동봉 된 파일. gtftk -p> gtftk_test.bats 박쥐 gtftk_test.bats
또는 MakeFile을 사용하여 테스트를 직접 호출 할 수 있습니다.
깨끗하게 만드십시오 테스트하십시오
또는 테스트를 병렬로 실행합니다.
깨끗하게 만드십시오 10 코어를 사용하여 test_para -j 10 #을 만듭니다
DocTests를 사용하여 몇 가지 단일 테스트가 구현되었습니다. 다음 명령 줄을 통해 코를 사용하여 실행할 수 있습니다.
코를 만드십시오
