torchio

代码教程社区

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原来的	随机模糊
随机翻转	随机噪声
随机仿射转化	随机弹性转化
随机偏见场伪像	随机运动伪影
随机尖峰伪像	随机的重影工子

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（用于基于补丁的培训的队列）

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Torchio是一个Python软件包，其中包含一组工具，可有效读取，预处理，样本，增强和编写3D医学图像，并在Pytorch编写的深度学习应用程序中，包括强度和空间变换，以增加数据增强和预处理。转换包括典型的计算机视觉操作，例如随机仿射变换，以及特定于域的特定拟合操作，例如由于MRI磁场不均匀性或K空间运动伪像的模拟强度伪像的模拟。

该软件包受到了Niftynet的极大启发，Niftynet不再积极维护。

学分

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如果您使用此包装进行研究，请引用我们的论文：

F.Pérez-García，R。Sparks和S. Ourselin。 TORCHIO：一个用于高效加载，预处理，增强和基于补丁的医学图像采样的Python库。生物医学中的计算机方法和程序（2021年6月），第1页。 106236。ISSN：0169-2607.DOI：10.1016/j.cmpb.2021.106236。

Bibtex条目：

 @article { perez-garcia_torchio_2021 ,
    title = { {TorchIO}: a {Python} library for efficient loading, preprocessing, augmentation and patch-based sampling of medical images in deep learning } ,
    journal = { Computer Methods and Programs in Biomedicine } ,
    pages = { 106236 } ,
    year = { 2021 } ,
    issn = { 0169-2607 } ,
    doi = { https://doi.org/10.1016/j.cmpb.2021.106236 } ,
    url = { https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0169260721003102 } ,
    author = { P{'e}rez-Garc{'i}a, Fernando and Sparks, Rachel and Ourselin, S{'e}bastien } ,
}

该项目得到以下机构的支持：

• 工程与物理科学研究委员会（EPSRC）和英国研究与创新（UKRI）
• EPSRC智能，综合成像医疗保健（I4Health）（伦敦大学学院）的EPSRC博士培训中心
• Wellcome / EPSRC介入和外科科学中心（Weiss）（伦敦大学学院）
• 生物医学工程与成像科学学院（BMEIS）（伦敦国王学院）

入门

请参阅入门以获取安装说明和Hello，World！例子。

在教程中可以找到更长的使用示例。

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朱利安·克鲁格（Julian Klug） ？	戴维·沃尔吉斯（DavidVölgyes） ？	让 - 克里斯托菲·菲利昂·罗宾	Suraj Pai ？	本·达尔文 ？	Oeslle Lucena ？	Soumick Chatterjee
神经元流	Jan Witowski	德克·穆斯（Derk Mus） ？	克里斯蒂安·赫兹（Christian Herz） ？	cory fird ？	Esteban vaca C. ？	雷·潘（Ray Phan） ？
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