torchio

Код Учебные пособия Сообщество

---

---

Оригинал	Случайное размытие
Случайный флип	Случайный шум
Случайная аффинная трансформация	Случайное упругое преобразование
Случайный смещение полевой артефакт	Случайный артефакт движения
Случайный артефакт шипа	Случайный артефакт призраков

---

(Очередь для обучения на основе патчей)

---

Torchio - это пакет Python, содержащий набор инструментов для эффективного чтения, предварительной обработки, выборки, увеличения и записи трехмерных медицинских изображений в приложениях глубокого обучения, написанных в Pytorch, включая интенсивность и пространственные преобразования для увеличения и предварительной обработки данных. Преобразования включают типичные операции компьютерного зрения, такие как случайные аффинные преобразования, а также специфичные для домена, такие как моделирование артефактов интенсивности из-за неоднородности МРТ магнитного поля или артефактов движения K-пространства.

Этот пакет был сильно вдохновлен Niftynet, который больше не поддерживается.

Кредиты

Если вам нравится этот репозиторий, нажмите на Star!

Если вы используете этот пакет для исследования, пожалуйста, укажите нашу статью:

Ф. Перес-Гарсия, Р. Спаркс и С. Душселин. Torchio: библиотека Python для эффективной загрузки, предварительной обработки, увеличения и отбора проб медицинских изображений на основе патча в глубоком обучении . Компьютерные методы и программы в биомедицине (июнь 2021 г.), с. 106236. ISSN: 0169-2607.DOI: 10.1016/j.cmpb.2021.106236.

Вход Bibtex:

 @article { perez-garcia_torchio_2021 ,
    title = { {TorchIO}: a {Python} library for efficient loading, preprocessing, augmentation and patch-based sampling of medical images in deep learning } ,
    journal = { Computer Methods and Programs in Biomedicine } ,
    pages = { 106236 } ,
    year = { 2021 } ,
    issn = { 0169-2607 } ,
    doi = { https://doi.org/10.1016/j.cmpb.2021.106236 } ,
    url = { https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0169260721003102 } ,
    author = { P{'e}rez-Garc{'i}a, Fernando and Sparks, Rachel and Ourselin, S{'e}bastien } ,
}

Этот проект поддерживается следующими учреждениями:

• Исследовательский совет по инженерным и физическим наукам (EPSRC) и британские исследования и инновации (UKRI)
• EPSRC Центр докторской подготовки по интеллектуальной, интегрированной визуализации в области здравоохранения (I4Health) (Университетский колледж Лондон)
• Wellcome / EPSRC Центр интервенционных и хирургических наук (WEIS) (Университетский колледж Лондон)
• Школа биомедицинской инженерии и наук о визуализации (BMEIS) (King's College London)

Начиная

Смотрите начало для установки инструкций и Hello, World! пример.

Примеры более длительного использования можно найти в учебных пособиях.

Вся документация размещена в чтении документов.

Пожалуйста, откройте новую проблему, если вы думаете, что чего -то не хватает.

Участники

Спасибо всем этим людям (ключ эмодзи):

Фернандо Перес-Гарсия	Валабрег ? ? ?	Gfabien ? ?	G.reguig	Нильс Шуринк	Ибрагим Хадзич ?	Рюбендо ?
Джулиан Клуг ?	Дэвид Вёльгис ?	Жан-христофа	Сурадж Пай ?	Бен Дарвин ?	Eeslle Lucena ?	Сумик Чаттерджи
Нейронуф	Ян Виосовски	Дерк Мус ?	Кристиан Герц ?	Кори Эфирд ?	Esteban Vaca C. ?	Рэй Фан ?
Акис Линардос ?	Нина Монтана-Браун ?	Fabien-Brulport ?	Malteekj ?	Андрес Диас-Пинто ?	Сартак Пати ?	Габриэллакамлиш ?
Тайлер Спирс ?	Дагут	Сяньгю Чжао ?	Siahuat0727 ?	Svdvoort	Олбанс98	Мэтью Т. Варкентин
глюпол ?	Ramonemiliani93 ?	Юстус Шок ? ? ?	Стефан Милорад Радонджич ?	Саджан Гохил ?	Икко Ашимин	Laynr
Омар У. Эспьель ?	Джеймс Батлер ?	RES191 ?	nengwp ?	Сьюзанверчларке ?	Nepersica ?	Себастьян Пенхуэт ?
Bigsealion ?	Дженан Зукич ?	VASL12 ✅?	Франсуа Руссо ?	Снавалм	Джейкоб Рейнхольд	HSU ?
Снипдом ?	Смазочно ?	Guigautier ?	Ayedsamy ?	Дж. Мигель Вальверде ? ?	Жозе Гилхерм Алмейда ?	Асим Усман ?
CBRI92 ?	Маркус Дж. Анкенбранд ?	Зив Янив	Лука Луметти	Шагело ?	Мюллер-франза ?	Абдельвахаб Кавафи ?
Артур Массон ?	양현식	Николос ?	Амунд Ведал	Алабамаган ?	Sbdoherty	Zhack47 ?
Блейк Дьюи	Дойон Ким ?	Кономакси ?	Лоран Шаувин ?	Кристиан Хинг ?	zzz123xyz ?	Амин Алам
Мариус-См ?	Haarisr	Крис Уиндер ?	Рикки Уолш	Керти Шраван Рави ?

Этот проект следует за спецификацией всех контролей. Взносы любого вида приветствуются!