
望远镜是一种开源Web应用程序,可使用Sun Grid Engine(SGE)按需调度系统跟踪提交给远程服务器的作业进度。它允许远程安排预定义的管道以及重新安排的排队工作。此外,输出文件是在HTML中实时渲染的,从而允许使用Markdown和Rich-Text功能。除了SSH连接外,望远镜不假设远程服务器的任何内容。使用SSH键对构建连接,这些SSH键对加密后存储。
如果您有兴趣了解有关望远镜的更多信息,或者您想加入团队做出贡献,请随时与我们联系。有几种贡献方法!另外,请访问Wiki的文档部分,以了解软件的更多描述,并详细介绍了望远镜的安装和运行。
该项目最初是从加州大学洛杉矶分校定量和计算生物学研究所(QCBIO)的合作社的努力开始的,并在冬季Python Hackathon期间开发。目前,来自QCBIO社区和其他各种实验室的许多人正在开发它。我们还在研究描述该系统的论文,以及如何使用它来帮助生物学家以用户友好的方式利用大型计算设施的功能。
开始使用望远镜的步骤很少。有关逐步教程,请单击此处或此处。
安装望远镜的最简单方法是使用pip :
pip install git+https://github.com/QCB-Collaboratory/telescope
安装后,您将需要两个文件来运行望远镜:(i)定义用户凭据和服务器地址的配置文件,以及(ii)一个启动服务器的小型Python脚本。
config.ini的新文件,其中包含以下内容: [CREDENTIALS]
USER = <USERNAME>
SERVER = <SERVER ADDRESS>
[CONFIGURATION]
DATABASE= <DATABASE NAME>
[MONITOR]
NUMUSERS = 1
USER1 = <USERNAME>
如果您使用SSH键连接到远程服务器(强烈建议),则无需密码字段。除非您想自定义Wiki中所述的路径,否则请确保将此config.ini保留在当前目录中。
RunTelescope.py的文件,其中包含以下内容(注意:望远镜存储库的测试目录中有一个副本): import telescope
server = telescope . server ()
server . run ()最后,运行此Python脚本:
python RunTelescope.py
这应该可以自动打开使用望远镜运行的Web Broswer。有关RunTelescope.py的更多详细信息可以在Wiki的文档部分中找到。
如果出现错误消息,您可能已经找到了一个错误 - 如果您可以举报,我们将不胜感激。有关更多详细信息,请访问我们的Wiki或在Gitter上加入对话。
如果您发现错误和/或对望远镜有建议,请
望远镜可以自我托管,并从用户列表中跟踪作业。它以python 2.7*或3*的形式运行,具有以下非标准依赖性:
如果使用pip安装望远镜,这些依赖项将自动安装。
望远镜在GNU通用公共许可证v3.0下共享,请花一点时间阅读。此CopyLeft许可证的权限是根据提供许可作品和修改的完整源代码的条件,其中包括使用许可工作的较大作品,并在同一许可下使用许可工作。版权和许可声明必须保留。贡献者提供专利权的明确授予。
Telescope
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