telescope

Telescope adalah aplikasi web open-source yang melacak kemajuan pekerjaan yang dikirimkan ke server jarak jauh menggunakan sistem penjadwalan Sun Grid Engine (SGE). Ini memungkinkan penjadwalan jarak jauh dari jaringan pipa yang telah ditentukan, serta pekerjaan antrian yang dijadwalkan ulang. Selain itu, file output diterjemahkan dalam HTML secara real time, memungkinkan penggunaan fitur penurunan harga dan teks kaya. Telescope tidak menganggap apa pun dari server jarak jauh, kecuali untuk koneksi SSH. Koneksi stabil menggunakan pasangan kunci SSH yang disimpan setelah dienkripsi.

Untuk informasi lebih lanjut, tangkapan layar dan demo langsung, silakan kunjungi wiki kami.

Jika Anda tertarik untuk mempelajari lebih lanjut tentang teleskop, atau jika Anda ingin bergabung dengan tim untuk berkontribusi, jangan ragu untuk menghubungi kami. Ada beberapa cara untuk berkontribusi! Juga, kunjungi bagian dokumentasi wiki kami untuk lebih banyak deskripsi perangkat lunak dan detail tentang instalasi dan menjalankan teleskop.

Proyek ini dimulai sebagai upaya dari Collaboratory, sebuah unit di dalam Institute for Quantitative and Computational Biology (QCBIO) di UCLA, dan dikembangkan selama Hackathon Python Musim Dingin. Saat ini sedang dikembangkan oleh sejumlah orang dari komunitas QCBIO dan berbagai laboratorium lainnya. Kami juga mengerjakan makalah yang menggambarkan sistem ini dan bagaimana hal itu dapat digunakan untuk membantu ahli biologi memanfaatkan kekuatan fasilitas komputasi besar dengan cara yang ramah pengguna.

Awal yang cepat

Ada sangat sedikit langkah yang diperlukan untuk memulai dengan teleskop. Untuk tutorial langkah demi langkah, klik di sini atau di sini.

Instalasi

Cara termudah untuk memasang teleskop adalah dengan menggunakan pip :

 pip install git+https://github.com/QCB-Collaboratory/telescope

Berlari

Setelah diinstal, Anda akan memerlukan dua file untuk menjalankan Telescope: (i) File konfigurasi yang mendefinisikan kredensial dan alamat server pengguna Anda, dan (ii) skrip Python kecil yang memulai server.

1. Buat file baru yang disebut config.ini dengan konten berikut:

 [CREDENTIALS]
USER   = <USERNAME>
SERVER = <SERVER ADDRESS>

[CONFIGURATION]
DATABASE= <DATABASE NAME>

[MONITOR]
NUMUSERS = 1
USER1 = <USERNAME>

Bidang kata sandi tidak diperlukan jika Anda menggunakan tombol SSH untuk terhubung ke server jarak jauh ( sangat disarankan). Pastikan untuk menyimpan config.ini ini di direktori Anda saat ini, kecuali Anda ingin menyesuaikan jalur seperti yang dijelaskan dalam wiki.

2. Kemudian, buat file lain yang disebut RunTelescope.py dengan konten berikut (Catatan: Ada salinan di direktori tes repo teleskop):

 import telescope

server = telescope . server ()
server . run ()

Akhirnya, jalankan skrip Python ini:

 python RunTelescope.py

Ini harus secara otomatis membuka Web Broswer dengan Telescope Running. Rincian lebih lanjut tentang RunTelescope.py dapat ditemukan di bagian dokumentasi wiki.

Jika pesan kesalahan muncul, Anda mungkin telah menemukan bug - kami akan menghargai jika Anda dapat melaporkannya. Untuk detail lebih lanjut, silakan kunjungi wiki kami atau bergabunglah dengan percakapan di Gitter.

Kontak, bug dan saran

Jika Anda menemukan bug dan/atau memiliki saran untuk teleskop, silakan

• Buka masalah dengan deskripsi terperinci;
• Gunakan Gitter untuk berbicara dengan kami.

Dependensi

Teleskop dapat di-hosting sendiri dan melacak pekerjaan dari daftar pengguna. Ini berjalan dalam Python 2.7* atau 3*, dengan dependensi non-standar berikut:

• paramiko
• Pynacl
• angin topan
• Numpy
• configParser

Ketergantungan ini secara otomatis akan dipasang jika teleskop dipasang menggunakan pip .

Lisensi

Teleskop dibagikan di bawah Lisensi Publik Umum GNU v3.0, silakan luangkan waktu untuk membacanya. Izin lisensi copyleft ini dikondisikan untuk menyediakan kode sumber lengkap dari karya dan modifikasi berlisensi, yang mencakup karya yang lebih besar menggunakan pekerjaan berlisensi, di bawah lisensi yang sama. Hak cipta dan pemberitahuan lisensi harus dilestarikan. Kontributor memberikan hibah hak paten yang tegas.

 Telescope
Copyright (C) 2017  QCB Collaboratory, et al

This material is a free software: you can redistribute it and/or modify
it under the terms of the GNU General Public License as published by
the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
(at your option) any later version.

This program is distributed in the hope that it will be useful,
but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
GNU General Public License for more details.

You should have received a copy of the GNU General Public License
along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.