telescope

El telescopio es una aplicación web de código abierto que rastrea el progreso de los trabajos enviados a servidores remotos utilizando el sistema de programación a pedido de Sun Grid Engine (SGE). Permite la programación remota de tuberías predefinidas, así como volver a programar trabajos en cola. Además, los archivos de salida se representan en HTML en tiempo real, lo que permite el uso de características de markdown y de texto rico. El telescopio no asume nada del servidor remoto, excepto la conexión SSH. La conexión se estabiliza utilizando pares de claves SSH que se almacenan después de encriptar.

Para obtener más información, capturas de pantalla y un demo en vivo, visite nuestra wiki.

Si está interesado en aprender más sobre el telescopio, o si desea unirse al equipo para contribuir, no dude en contactarnos. ¡Hay varias formas de contribuir! Además, visite la parte de documentación de nuestro wiki para obtener más descripciones del software y los detalles sobre la instalación y la ejecución del telescopio.

Este proyecto comenzó como un esfuerzo de la colaboración, una unidad dentro del Instituto de Biología Cuantitativa y Computacional (QCBIO) en UCLA, y se desarrolló durante el Winter Python Hackathon. Actualmente está en desarrollo por varias personas de la comunidad QCBIO y varios otros laboratorios. También estamos trabajando en un artículo que describe este sistema y cómo se puede utilizar para ayudar a los biólogos a aprovechar el poder de grandes instalaciones computacionales de manera fácil de usar.

Comienzo rápido

Hay muy pocos pasos necesarios para comenzar con el telescopio. Para un tutorial paso a paso, haga clic aquí o aquí.

Instalación

La forma más fácil de instalar el telescopio es usar pip :

 pip install git+https://github.com/QCB-Collaboratory/telescope

Correr

Una vez instalado, necesitará dos archivos para ejecutar el telescopio: (i) un archivo de configuración que define las credenciales y la dirección del servidor de su usuario, y (ii) un pequeño script de Python que inicia el servidor.

1. Cree un nuevo archivo llamado config.ini con el siguiente contenido:

 [CREDENTIALS]
USER   = <USERNAME>
SERVER = <SERVER ADDRESS>

[CONFIGURATION]
DATABASE= <DATABASE NAME>

[MONITOR]
NUMUSERS = 1
USER1 = <USERNAME>

El campo de contraseña no es necesario si usa una tecla SSH para conectarse al servidor remoto ( muy recomendable). Asegúrese de mantener este config.ini en su directorio actual, a menos que desee personalizar la ruta como se describe en el wiki.

2. Luego, cree otro archivo llamado RunTelescope.py con el siguiente contenido (nota: hay una copia en el directorio de prueba del repositorio del telescopio):

 import telescope

server = telescope . server ()
server . run ()

Finalmente, ejecute este guión de Python:

 python RunTelescope.py

Esto debería abrir automáticamente un Broswer web con el telescopio en ejecución. Se pueden encontrar más detalles sobre RunTelescope.py en la parte de documentación del wiki.

Si aparece un mensaje de error, es posible que haya encontrado un error; apreciamos si pudiera informarlo. Para más detalles, visite nuestra wiki o únase a la conversación en Gitter.

Contacto, errores y sugerencias

Si encuentra errores y/o tiene sugerencias para el telescopio, por favor

• Abra un problema con una descripción detallada;
• Usa Gitter para hablar con nosotros.

Dependencias

El telescopio puede ser autohospedado y rastrear trabajos desde una lista de usuarios. Se ejecuta en Python 2.7* o 3*, con las siguientes dependencias no estándar:

• paramiko
• pynacl
• tornado
• numpy
• configparser

Estas dependencias se instalarán automáticamente si el telescopio se instala utilizando pip .

Licencia

El telescopio se comparte bajo la Licencia Pública General de GNU V3.0, tómese un momento para leerlo. Los permisos de esta licencia de Copyleft están condicionados a poner a disposición el código fuente completo de obras y modificaciones con licencia, que incluyen trabajos más grandes utilizando un trabajo con licencia, bajo la misma licencia. Se deben preservar los avisos de derechos de autor y licencia. Los contribuyentes proporcionan una subvención expresa de derechos de patente.

 Telescope
Copyright (C) 2017  QCB Collaboratory, et al

This material is a free software: you can redistribute it and/or modify
it under the terms of the GNU General Public License as published by
the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
(at your option) any later version.

This program is distributed in the hope that it will be useful,
but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
GNU General Public License for more details.

You should have received a copy of the GNU General Public License
along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.