telescope

Le télescope est une applaudage Web open-source qui suit la progression des travaux soumis à des serveurs distants à l'aide du système de planification à la demande de Sun Grid Engine (SGE). Il permet la planification à distance des pipelines prédéfinis, ainsi que des travaux en file d'attente de re-scèle. De plus, les fichiers de sortie sont rendus en HTML en temps réel, permettant l'utilisation de fonctionnalités de marque et de texte riche. Le télescope n'assume rien du serveur distant, à l'exception de la connexion SSH. La connexion est stablie à l'aide de paires de clés SSH qui sont stockées après crypte.

Pour plus d'informations, des captures d'écran et un Demo en direct, veuillez visiter notre wiki.

Si vous souhaitez en savoir plus sur le télescope, ou si vous souhaitez rejoindre l'équipe pour contribuer, n'hésitez pas à nous contacter. Il existe plusieurs façons de contribuer! Visitez également la partie documentation de notre wiki pour plus de descriptions du logiciel et de détails sur l'installation et le fonctionnement du télescope.

Ce projet a commencé comme un effort de la collaboration, une unité de l'Institut de biologie quantitative et informatique (QCBIO) à l'UCLA, et a été développée pendant le hackathon de Python d'hiver. Il est actuellement en cours de développement par un certain nombre de personnes de la communauté QCBIO et divers autres laboratoires. Nous travaillons également sur un article décrivant ce système et comment il peut être utilisé pour aider les biologistes à tirer parti de la puissance des grandes installations de calcul de manière conviviale.

Démarrage rapide

Il y a très peu d'étapes nécessaires pour commencer avec le télescope. Pour un tutoriel étape par étape, cliquez ici ou ici.

Installation

La façon la plus simple d'installer le télescope est d'utiliser pip :

 pip install git+https://github.com/QCB-Collaboratory/telescope

En cours d'exécution

Une fois installé, vous aurez besoin de deux fichiers pour exécuter le télescope: (i) un fichier de configuration qui définit les informations d'identification et l'adresse du serveur de votre utilisateur, et (ii) un petit script python qui démarre le serveur.

1. Créez un nouveau fichier appelé config.ini avec le contenu suivant:

 [CREDENTIALS]
USER   = <USERNAME>
SERVER = <SERVER ADDRESS>

[CONFIGURATION]
DATABASE= <DATABASE NAME>

[MONITOR]
NUMUSERS = 1
USER1 = <USERNAME>

Le champ de mot de passe n'est pas nécessaire si vous utilisez une touche SSH pour vous connecter au serveur distant ( fortement recommandé). Assurez-vous de conserver cette config.ini dans votre répertoire actuel, sauf si vous souhaitez personnaliser le chemin comme décrit dans le wiki.

2. Ensuite, créez un autre fichier appelé RunTelescope.py avec le contenu suivant (Remarque: il y en a une copie dans le répertoire de test du repo du télescope):

 import telescope

server = telescope . server ()
server . run ()

Enfin, exécutez ce script Python:

 python RunTelescope.py

Cela devrait ouvrir automatiquement un broswer Web avec le télescope en cours d'exécution. Plus de détails sur RunTelescope.py peuvent être trouvés dans la partie documentation du wiki.

Si un message d'erreur apparaît, vous avez peut-être trouvé un bogue - nous apprécierions si vous pouviez le signaler. Pour plus de détails, veuillez visiter notre wiki ou rejoindre la conversation chez Gitter.

Contact, bugs et suggestions

Si vous trouvez des bugs et / ou des suggestions de télescope, veuillez

• Ouvrez un problème avec une description détaillée;
• Utilisez Gitter pour nous parler.

Dépendances

Le télescope peut être auto-hébergé et suivre les travaux à partir d'une liste d'utilisateurs. Il fonctionne dans Python 2.7 * ou 3 *, avec les dépendances non standard suivantes:

• Paramiko
• pynacl
• tornade
• nombant
• configParser

Ces dépendances seront automatiquement installées si le télescope est installé à l'aide de pip .

Licence

Le télescope est partagé sous la licence publique générale GNU v3.0, veuillez prendre un moment pour le lire. Les autorisations de cette licence Copyleft sont conditionnées à la mise à disposition du code source complet des travaux et des modifications sous licence, qui incluent des travaux plus importants à l'aide d'un travail sous licence, sous la même licence. Les avis de droit d'auteur et de licence doivent être conservés. Les contributeurs accordent une subvention expresse des droits des brevets.

 Telescope
Copyright (C) 2017  QCB Collaboratory, et al

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