telescope

망원경은 Open-Source Web Applciation으로 SU (Sun Grid Engine) 주문형 스케줄링 시스템을 사용하여 원격 서버에 제출 된 작업의 진행 상황을 추적합니다. 사전 정의 된 파이프 라인의 원격 스케줄링과 대기열 작업을 다시 예약 할 수 있습니다. 또한 출력 파일은 HTML에서 실시간으로 렌더링되므로 마크 다운 및 리치 텍스트 기능을 사용할 수 있습니다. 망원경은 SSH 연결을 제외하고 원격 서버에서 아무것도 가정하지 않습니다. 암호화 후 저장된 SSH 키 쌍을 사용하여 연결이 정제됩니다.

자세한 내용, 스크린 샷 및 라이브 데모는 Wiki를 방문하십시오.

망원경에 대해 더 많이 배우고 싶거나 팀에 합류하여 기여하고 싶다면 주저하지 말고 저희에게 연락하지 마십시오. 기여하는 방법에는 여러 가지가 있습니다! 또한 소프트웨어에 대한 자세한 내용과 망원경 설치 및 실행에 대한 자세한 내용은 위키의 문서 부분을 방문하십시오.

이 프로젝트는 UCLA의 정량 및 계산 생물학 연구소 (Institute for Dealitative and Computational Biology) 내부의 공동 작업으로 시작되었으며 겨울 피스톤 해커 톤 동안 개발되었습니다. 현재 QCBIO 커뮤니티의 많은 사람들과 다른 다양한 실험실에 의해 개발 중입니다. 우리는 또한이 시스템을 설명하는 논문과 그것이 생물 학자들이 대규모 계산 시설의 힘을 사용자 친화적 인 방식으로 활용하는 데 어떻게 사용될 수 있는지에 대해 노력하고 있습니다.

빠른 시작

망원경을 시작하는 데 필요한 단계는 거의 없습니다. 단계별 자습서를 보려면 여기 또는 여기를 클릭하십시오.

설치

망원경을 설치하는 가장 쉬운 방법은 pip 사용하는 것입니다.

 pip install git+https://github.com/QCB-Collaboratory/telescope

달리기

일단 설치되면 망원경을 실행하려면 두 개의 파일이 필요합니다. (i) 사용자의 자격 증명 및 서버 주소를 정의하는 구성 파일 및 (ii) 서버를 시작하는 작은 Python 스크립트.

1. 다음 내용으로 config.ini 라는 새 파일을 만듭니다.

 [CREDENTIALS]
USER   = <USERNAME>
SERVER = <SERVER ADDRESS>

[CONFIGURATION]
DATABASE= <DATABASE NAME>

[MONITOR]
NUMUSERS = 1
USER1 = <USERNAME>

SSH 키를 사용하여 원격 서버에 연결하는 경우 비밀번호 필드가 필요하지 않습니다 ( 적극 권장). 위키에 설명 된대로 경로를 사용자 정의하지 않는 한이 config.ini 를 현재 디렉토리에 보관하십시오.

2. 그런 다음 다음 내용으로 RunTelescope.py 라는 다른 파일을 만듭니다 (참고 : 망원경 레포의 테스트 디렉토리에 사본이 있습니다).

 import telescope

server = telescope . server ()
server . run ()

마지막 으로이 파이썬 스크립트를 실행하십시오.

 python RunTelescope.py

이렇게하면 망원경이 실행중인 웹 브로스 더를 자동으로 열어야합니다. RunTelescope.py 에 대한 자세한 내용은 위키의 문서 부분에서 확인할 수 있습니다.

오류 메시지가 나타나면 버그를 찾았을 수도 있습니다.보고 할 수 있으면 감사하겠습니다. 자세한 내용은 Wiki를 방문하거나 Gitter에서 대화에 참여하십시오.

연락처, 버그 및 제안

버그를 찾거나 망원경에 대한 제안이 있으면

• 자세한 설명으로 문제를 엽니 다.
• Gitter를 사용하여 우리와 이야기하십시오.

의존성

망원경은 자체 주최 및 사용자 목록에서 작업을 추적 할 수 있습니다. Python 2.7* 또는 3*에서 실행되며 다음과 같은 비표준 종속성이 있습니다.

• 파라 미코
• Pynacl
• 폭풍
• Numpy
• configparser

망원경을 pip 사용하여 설치하면 이러한 종속성이 자동으로 설치됩니다.

특허

망원경은 GNU General Public License v3.0에 따라 공유됩니다. 잠시 읽으십시오. 이 Copyleft 라이센스의 권한은 동일한 라이센스에 따라 라이센스 작업을 사용하는 대규모 작업을 포함하여 라이센스 작업 및 수정을 가능한 완전한 소스 코드로 만들 수 있습니다. 저작권 및 라이센스 통지는 보존되어야합니다. 기고자는 특허권의 명시적인 보조금을 제공합니다.

 Telescope
Copyright (C) 2017  QCB Collaboratory, et al

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