telescope

Телескоп-это веб-прикладное приложение с открытым исходным кодом, которое отслеживает прогресс заданий, представленных на удаленные серверы с использованием системы планирования Sun Grid (SGE). Это обеспечивает удаленное планирование предварительно определенных трубопроводов, а также повторно вычисленные в очереди задания. Кроме того, выходные файлы отображаются в HTML в режиме реального времени, что позволяет использовать функции Markdown и Rich-Text. Телескоп ничего не предполагает с удаленного сервера, за исключением соединения SSH. Соединение стабируется с использованием пар клавиш SSH, которые хранятся после зашифрованного.

Для получения дополнительной информации, скриншотов и живого демо, пожалуйста, посетите нашу вики.

Если вы заинтересованы в том, чтобы узнать больше о телескопе, или если вы хотите присоединиться к команде, чтобы внести свой вклад, не стесняйтесь связаться с нами. Есть несколько способов внести свой вклад! Кроме того, посетите часть документации нашего вики для получения дополнительной информации о программном обеспечении и подробностей об установке и запуске телескопа.

Этот проект начался как попытка сотрудничества, подразделения в Институте количественной и вычислительной биологии (QCBIO) в Калифорнийском университете в Калифорнийском университете, и был разработан во время Winter Python Hackathon. В настоящее время он находится в стадии разработки рядом человек из сообщества QCBIO и различных других лабораторий. Мы также работаем над документом, описывающей эту систему, и как ее можно использовать, чтобы помочь биологам использовать мощность крупных вычислительных средств в удобном для пользователя.

Быстрый старт

Для начала работы с телескопом необходимо очень мало шагов. Для пошагового учебника, нажмите здесь или здесь.

Установка

Самый простой способ установить телескоп - это использование pip :

 pip install git+https://github.com/QCB-Collaboratory/telescope

Бег

После установки вам понадобятся два файла для запуска телескопа: (i) файл конфигурации, который определяет учетные данные вашего пользователя и адрес сервера, и (ii) небольшой скрипт Python, который запускает сервер.

1. Создайте новый файл с именем config.ini со следующим контентом:

 [CREDENTIALS]
USER   = <USERNAME>
SERVER = <SERVER ADDRESS>

[CONFIGURATION]
DATABASE= <DATABASE NAME>

[MONITOR]
NUMUSERS = 1
USER1 = <USERNAME>

Поле пароля не требуется, если вы используете ключ SSH для подключения к удаленному серверу ( настоятельно рекомендуется). Обязательно сохраните этот config.ini в своем текущем каталоге, если вы не хотите настроить путь, как описано в вики.

2. Затем создайте еще один файл с именем RunTelescope.py с помощью следующего контента (примечание: в справочнике тестового репо -репо) есть копия:

 import telescope

server = telescope . server ()
server . run ()

Наконец, запустите этот сценарий Python:

 python RunTelescope.py

Это должно автоматически открыть веб -Broswer с запуском телескопа. Более подробную информацию о RunTelescope.py можно найти в документационной части вики.

Если появится сообщение об ошибке, вы, возможно, нашли ошибку - мы будем признателен, если бы вы могли сообщить об этом. Для получения более подробной информации, пожалуйста, посетите нашу вики или присоединяйтесь к разговору в Gitter.

Контакт, ошибки и предложения

Если вы найдете ошибки и/или имеете предложения по телескопу, пожалуйста

• Откройте проблему с подробным описанием;
• Используйте gitter, чтобы поговорить с нами.

Зависимости

Телескоп может быть самостоятельно и отслеживать задания из списка пользователей. Он работает в Python 2.7* или 3*, со следующими нестандартными зависимостями:

• Paramiko
• пинакл
• торнадо
• Numpy
• ConfigParser

Эти зависимости будут автоматически установлены, если телескоп будет установлен с использованием pip .

Лицензия

Телескоп разделен в соответствии с общей публичной лицензией GNU V3.0, пожалуйста, найдите время, чтобы прочитать его. Разрешения на эту лицензию Copyleft обусловлены тем, что созданы доступным полным исходным кодом лицензированных работ и модификаций, которые включают в себя более крупные работы с использованием лицензированной работы, по той же лицензии. Уведомления об авторском праве и лицензии должны быть сохранены. Авторы предоставляют явный грант патентных прав.

 Telescope
Copyright (C) 2017  QCB Collaboratory, et al

This material is a free software: you can redistribute it and/or modify
it under the terms of the GNU General Public License as published by
the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
(at your option) any later version.

This program is distributed in the hope that it will be useful,
but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
GNU General Public License for more details.

You should have received a copy of the GNU General Public License
along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.