openfold Download - openfold Source Source Download

openfold

หลาม

New Documentation for Open

ดาวน์โหลด

ส่วนหัว รูป: การเปรียบเทียบการคาดการณ์ของ OpenFold และ Alphafold2 กับโครงสร้างการทดลองของ PDB 7KDX, Chain B.

openfold

การทำซ้ำ pytorch ที่ซื่อสัตย์ แต่สามารถฝึกอบรมได้ของ DeepMind's Alphafold 2

เอกสาร

ดูบ้านใหม่ของเราสำหรับเอกสารที่ openfold.readthedocs.io พร้อมคำแนะนำสำหรับการติดตั้งและการอนุมาน/การฝึกอบรมแบบจำลอง

เนื้อหาส่วนใหญ่จากหน้านี้อาจพบได้ที่นี่

ประกาศลิขสิทธิ์

ในขณะที่ Alphafold's และโดยการขยายซอร์สโค้ดของ OpenFold ได้รับอนุญาตภายใต้ใบอนุญาต Apache ที่ได้รับอนุญาตเวอร์ชัน 2.0 พารามิเตอร์ Pretraned ของ DeepMind อยู่ภายใต้ใบอนุญาต CC โดย 4.0 ซึ่งเป็นสำเนาที่ดาวน์โหลดไปยัง openfold/resources/params โดยสคริปต์การติดตั้ง โปรดทราบว่าหลังแทนที่ใบอนุญาต CC BY-NC 4.0 ที่เข้มงวดมากขึ้นและ จำกัด มากขึ้น ณ เดือนมกราคม 2565

การบริจาค

หากคุณประสบปัญหาในการใช้ OpenFold อย่าลังเลที่จะสร้างปัญหา! นอกจากนี้เรายังยินดีต้อนรับคำขอดึงจากชุมชน

อ้างถึงงานนี้

กรุณาอ้างอิงกระดาษของเรา:

 @article { Ahdritz2022.11.20.517210 ,
	author = { Ahdritz, Gustaf and Bouatta, Nazim and Floristean, Christina and Kadyan, Sachin and Xia, Qinghui and Gerecke, William and O{textquoteright}Donnell, Timothy J and Berenberg, Daniel and Fisk, Ian and Zanichelli, Niccolò and Zhang, Bo and Nowaczynski, Arkadiusz and Wang, Bei and Stepniewska-Dziubinska, Marta M and Zhang, Shang and Ojewole, Adegoke and Guney, Murat Efe and Biderman, Stella and Watkins, Andrew M and Ra, Stephen and Lorenzo, Pablo Ribalta and Nivon, Lucas and Weitzner, Brian and Ban, Yih-En Andrew and Sorger, Peter K and Mostaque, Emad and Zhang, Zhao and Bonneau, Richard and AlQuraishi, Mohammed } ,
	title = { {O}pen{F}old: {R}etraining {A}lpha{F}old2 yields new insights into its learning mechanisms and capacity for generalization } ,
	elocation-id = { 2022.11.20.517210 } ,
	year = { 2022 } ,
	doi = { 10.1101/2022.11.20.517210 } ,
	publisher = { Cold Spring Harbor Laboratory } ,
	URL = { https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.11.20.517210 } ,
	eprint = { https://www.biorxiv.org/content/early/2022/11/22/2022.11.20.517210.full.pdf } ,
	journal = { bioRxiv }
}

หากคุณใช้ OpenProteInset โปรดอ้างอิงด้วย:

 @misc { ahdritz2023openproteinset ,
      title = { {O}pen{P}rotein{S}et: {T}raining data for structural biology at scale } , 
      author = { Gustaf Ahdritz and Nazim Bouatta and Sachin Kadyan and Lukas Jarosch and Daniel Berenberg and Ian Fisk and Andrew M. Watkins and Stephen Ra and Richard Bonneau and Mohammed AlQuraishi } ,
      year = { 2023 } ,
      eprint = { 2308.05326 } ,
      archivePrefix = { arXiv } ,
      primaryClass = { q-bio.BM }
}