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그림 : PDB 7KDX, 체인 B의 실험 구조와 개방 및 알파 폴드 2 예측 비교.

오픈 폴드

Deepmind 's Alphafold 2의 충실하지만 훈련 가능한 Pytorch 재생산.

선적 서류 비치

설치 및 모델 추론/훈련에 대한 지침이있는 Openfold.readthedocs.io의 문서에 대한 새 집을 참조하십시오.

이 페이지의 많은 내용이 여기에서 찾을 수 있습니다.

저작권 통지

Alphafold 's와 Extension에 의해 Openfold의 소스 코드는 허용 된 Apache 라이센스, 버전 2.0에 따라 라이센스가 부여되지만 DeepMind의 프리트먼트 매개 변수는 4.0 라이센스에 의해 CC에 해당하며, 사본은 설치 스크립트에 의해 openfold/resources/params 로 다운로드됩니다. 후자는 2022 년 1 월 현재 원래의 더 제한적인 CC By-NC 4.0 라이센스를 대체합니다.

기여

Openfold를 사용하여 문제가 발생하면 자유롭게 문제를 일으키십시오! 또한 커뮤니티의 풀 요청을 환영합니다.

이 작품을 인용합니다

우리 논문을 인용하십시오 :

 @article { Ahdritz2022.11.20.517210 ,
	author = { Ahdritz, Gustaf and Bouatta, Nazim and Floristean, Christina and Kadyan, Sachin and Xia, Qinghui and Gerecke, William and O{textquoteright}Donnell, Timothy J and Berenberg, Daniel and Fisk, Ian and Zanichelli, Niccolò and Zhang, Bo and Nowaczynski, Arkadiusz and Wang, Bei and Stepniewska-Dziubinska, Marta M and Zhang, Shang and Ojewole, Adegoke and Guney, Murat Efe and Biderman, Stella and Watkins, Andrew M and Ra, Stephen and Lorenzo, Pablo Ribalta and Nivon, Lucas and Weitzner, Brian and Ban, Yih-En Andrew and Sorger, Peter K and Mostaque, Emad and Zhang, Zhao and Bonneau, Richard and AlQuraishi, Mohammed } ,
	title = { {O}pen{F}old: {R}etraining {A}lpha{F}old2 yields new insights into its learning mechanisms and capacity for generalization } ,
	elocation-id = { 2022.11.20.517210 } ,
	year = { 2022 } ,
	doi = { 10.1101/2022.11.20.517210 } ,
	publisher = { Cold Spring Harbor Laboratory } ,
	URL = { https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.11.20.517210 } ,
	eprint = { https://www.biorxiv.org/content/early/2022/11/22/2022.11.20.517210.full.pdf } ,
	journal = { bioRxiv }
}

OpenProteInset을 사용하는 경우 다음을 인용하십시오.

 @misc { ahdritz2023openproteinset ,
      title = { {O}pen{P}rotein{S}et: {T}raining data for structural biology at scale } , 
      author = { Gustaf Ahdritz and Nazim Bouatta and Sachin Kadyan and Lukas Jarosch and Daniel Berenberg and Ian Fisk and Andrew M. Watkins and Stephen Ra and Richard Bonneau and Mohammed AlQuraishi } ,
      year = { 2023 } ,
      eprint = { 2308.05326 } ,
      archivePrefix = { arXiv } ,
      primaryClass = { q-bio.BM }
}